Нижняя граница высокогорий проходит на высоте 800 м. Южные высокогорья расположены между цепью вулканов, проходящей параллельно берегу, и огромным разломом, в котором расположены долины Мотагуа и Грихальва, — это место, где соприкасаются две континентальные плиты. Таким образом, это одновременно область частых извержений и сейсмических сдвигов. В конце II в. н.э. извержение вулкана Илопанго (на западе Сальвадора) уничтожило все живое в радиусе 20—30 км и примерно на два века сделало нежилым и не поддающимся обработке регион в три раза большей площади. В Серене (Сальвадор) сохранились остатки деревни, засыпанной густым слоем пепла в результате небольшого, средней силы извержения вулкана, происходившего около 600 г. н.э. В доколумбову эпоху землетрясения происходили довольно часто — это можно предположить судя по многократным подземным толчкам, засвидетельствованным в этом регионе между 1526-м и 1976 гг. (только во время последнего мощного землетрясения там погибли 24 000 человек). Несмотря на эти многочисленные природные катастрофы, плодородные вулканические почвы долин и бассейнов рек высокогорий создавали условия для существования многочисленного населения в течение нескольких тысячелетий: это бассейн Гватемалы, ее столица, долина Кецальтенанго на западе страны, а в Сальвадоре — бассейны рек Ауачапан и Сапотитан. В целом это регион с умеренным климатом (tierга templada), за исключением небольших участков у вершин вулканов. Влажный сезон (с мая по декабрь) и сухой (с января по апрель) четко разделены, и дождь идет в среднем меньше, чем над Тихоокеанской равниной. В этом регионе майя добывали, использовали и экспортировали обсидиан, наиважнейшие месторождения которого располагались в Гватемале — в Эль-Чайале и в Сальвадоре — в Иштепеке; к тому же метатес (ручные мельницы) и манос (зернотерки), которые можно найти во всех кухнях древних поселений Мезоамерики, изготавливались из местного базальта, после чего во множестве продавались населению низменностей.
К северу от зоны разлома, в высокогорьях преобладают метаморфические породы и минеральные богатства этой зоны заключаются главным образом в месторождениях зеленого камня (жадеита и серпентина) — материалов, наиболее ценимых народом майя. Еще дальше на север протянулись известковые образования Чьяпас и Альта-Верапас; в этом регионе осадков ежегодно выпадает больше 3000 мм. Он знаменит своим тропическим лесом, последним убежищем кетцаля, перья которого высоко ценились высшей знатью майя. Хотя склоны гор были, как правило, не слишком плодородны, богатые аллювиальные почвы долин и бассейнов рек могли прокормить значительное количество населения. Однако северные высокогорья никогда не были заселены так, как южные участки, и не пережили подобного культурного развития.
В долине Гватемалы в доклассический, а позднее и в классический периоды Каминальгуйю господствовал над всеми южными высокогорьями.
Другие, менее значительные центры, такие как Чьяпа-де-Корсо, Эль-Портон и Чальчуапа также демонстрировали подобные ранние успехи культурного развития.
Эти земли расположены ниже высоты 800 м, к северу от высокогорий, в климатической зоне tierra caliente — крае, где стоит жара. Там можно наблюдать значительное природное разнообразие: с юга на север они меняются от влажных тропических лесов до чахлых кустарниковых зарослей Юкатана. Листья на деревьях в этом лесу практически никогда не опадают, периоды сброса листвы очень кратки. Лес имеет три яруса: деревья верхнего достигают в высоту от 40 до 70 м над уровнем почвы, в нем господствуют гигантские деревья, такие как красное дерево и сейба или дерево капок; промежуточный ярус (25—50 м) составляют фикус, сапотовое дерево, испанский кедр. Нижний ярус (15—25 м) — рамон, каучуковое дерево, авокадо и многочисленные виды пальм. На деревьях этих живут все разновидности паразитарной флоры, представленной лианами, бромелиевыми и орхидеями. На уровне земли растут папоротники, молодые побеги деревьев и многочисленные травянистые растения с крупной листвой. Именно в лесах низменностей лучше всего сохранилась дикая фауна, которая позволяет нам составить представление о том, с чем имели дело майя в доколумбовую эпоху: два вида оленей, пекари, тапир, большие грызуны, такие как агути или пака, к которым можно добавить наиболее распространенные виды приматов (обезьяна-паук и обезьяна-ревун), коати, кинкажу, барсуки и лисы, тату, опоссум, муравьед и т.д. Среди кошачьих наряду с ягуарунди, оцелотом и пумой встречается и ягуар, который играл исключительную роль в символике майя. Его шкура была эмблемой власти. Майя охотились на многих крупных диких птиц — это курассоу, чачалака и глазастые индейки. К этому длинному перечню можно добавить несколько видов рептилий, таких, как аллигатор или игуана. Как и ягуар, гремучая змея играет значительную роль в иконографии майя. Земноводные, такие, как жаба, аллигатор или черепаха, связываются с плодородностью затопляемых низин бакос.