Преодолевая серьезные препятствия, исследователи осмотрели все обнаруженные ими здания и попытались как можно точнее нанести на карту контуры разрушенных сооружений. Основной комплекс построек Копана располагался на вершине террасовидного «акрополя», занимавшего площадь в 12 акров. Он возвышался над окружающей местностью на 125 футов. Эту огромную искусственную платформу увенчивала массивная пирамида, которая состояла из ряда постепенно уменьшавшихся террас. У западной стороны основания пирамиды находился дворик, окруженный небольшими храмами, а к востоку от пирамиды еще одна площадь, которую окружало множество рухнувших построек. У края этого «восточного дворика» стоял храм. Его дверной проем был обрамлен сгорбленными человеческими фигурами, поддерживающими массивные гирлянды скульптурных украшений. Наиболее крупным достижением строителей Копана можно считать, вероятно, так называемую «иероглифическую лестницу». Она вела от вершины «акрополя» вниз по направлению к «главной площади» у северной границы города. Эта лестница имела 33 фута ширины и состояла из 62 крутых ступеней. Все камни, входящие в этот ансамбль, были украшены знаками, глубоко врезанными в поверхность. Всего здесь насчитывалось почти 2000 отдельных знаков.
На многих камнях разрушенных зданий и почти на каждом крупном обломке скульптуры имелись те же характерные знаки. Они появлялись в самых различных сочетаниях, но встречались постоянно. Стефенс был убежден, что это буквы, а не просто декоративные мотивы, т. е. иероглифы, с помощью которых жители Копана хотели увековечить свою историю и накопленные знания. Ему также пришла в голову мысль, что скульптурные колонны, или «идолы», разбросанные по дворику, воздвигнуты в честь конкретных исторических событий или же для того, чтобы отметить определенные циклы календаря. Исследования последующих лет подтвердили оба эти предположения. В равной степени пленяла воображение Стефенса та атмосфера, которая окутывала руины Копана. Она наводила на мысль, что этот город — произведение чародеев, а не обыкновенных людей.
Подобное впечатление создавалось не только окружавшими его джунглями, мрачными криками быстрых, как тени, обезьян и необыкновенным ощущением, что каждый находящийся здесь может перенестись в глубь веков, а чем-то более реальным. Копан не являлся, по-видимому, торговым центром. Скорее, он был городом пышных памятников, угловатых пирамид и многокомнатных храмов. С их фасадов лица безымянных богов взирали на ритуальные дворики — место встречи знати, высших жрецов и прорицателей, занимавшихся вопросами пауки, искусства, философии и религии. В целом город напоминал гигантское святилище. Стефенс заметил, что чаще всего встречались изображения черепов: «На внешней стене они образовывали длинные ряды, усиливая мрачную таинственность этого места и постоянно напоминая живым о могиле и смерти. Они наводили на мысль о священном городе — Мекке или Иерусалиме неведомого народа».
Но прежде чем начались систематические исследования, возникла серьезная дипломатическая проблема, связанная с растущим негодованием дона Грегорио. «Увлекшись своими делами,— писал Стефенс,— мы почти не думали о том, какую сенсацию произвели в деревне. Не довольствуясь тем, что он выжил нас из своего дома, дон Грегорио хотел вообще избавиться от нашего присутствия.
К несчастью, в дополнение к его инстинктивной неприязни, мы оскорбили его и тем, что, будучи иностранцами, дали рабочим слишком высокую плату. Он стал смотреть на нас, как на соперников, говоря повсюду, что мы — люди подозрительные. Именно из-за нас был нарушен покой в Копане, появились солдаты и начались военные действия в его окрестностях. В подтверждение этого два индейца, проходившие через деревушку, сообщили, будто мы бежали из-под стражи и за нами гнался до границ Гондураса отряд из двадцати пяти солдат и что, если бы нас удалось схватить, то мы были бы расстреляны.