Похожая на девочку императрица за пятнадцать лет супружества подарила жизнь шести детям, четверо из которых умерли уже в первый год после рождения. Выжили только дочь по имени Кунигунда и сын Максимилиан. Дети нуждались в ее заботе, на них она перенесла всю любовь, недостающую ей самой. За короткое время, отпущенное ей на развитие и воспитание сына и дочери, она приучила детей к христианскому образу жизни и старалась всеми силами уберечь и защитить их от возможных опасностей. Политическая обстановка, сложившаяся вокруг императора, ни в коем случае не способствовала беззаботной семейной жизни. Элеонора ни от чего не пряталась, в критических ситуациях она держалась мужественно и решительно и поддерживала мужа как могла. При этом Фридрих очень скептично относился к деятельности жены. Он не понимал, как Элеонора, урожденная португалка, смогла не только завести друзей, но и заслужить симпатию врагов. Император, не отличавшийся утонченностью чувств, не постигал влияния красивой женщины на грубых вояк того времени.
Элеонора, выросшая при роскошном королевском дворе, по прибытии в венский Нейштадт с удивлением обнаружила: Фридрих совсем не соответствует ее представлениям об императоре. Его простой образ жизни абсолютно не подходил властителю. Вначале Элеонора пыталась приспособиться к привычкам мужа, но в конце концов решила позволить себе вести другой стиль жизни, даже вопреки воле Фридриха. Будучи императрицей, она желала по крайней мере достойно представлять свой двор, насколько это позволяли скромные средства, выделяемые ей Фридрихом. Император никак не поддерживал усилий жены. В каждом приеме, устраиваемом Элеонорой в честь иностранных дипломатов или приглашенных гостей, он видел лишь чрезмерные денежные траты и бессмысленную помеху для своих ученых занятий. Он не понимал необходимости тесных контактов с другими правителями, способствующих усилению его императорского положения и позволяющих, завоевав международный авторитет, избежать многих неприятностей. Но Фридрих во всем следовал раз и навсегда установленным им самим твердым принципам. Широта души, отличавшая его сына Максимилиана, досталась тому в наследство от матери, так же как и общительный характер.
Элеоноре нелегко жилось с неразговорчивым, вечно недовольным супругом: ей приходилось терпеть и плохое настроение Фридриха, и его упреки, почти ежедневно высказываемые им по поводу воспитания детей. По мнению Фридриха, Элеонора слишком баловала их, особенно Максимилиана. Мальчик должен стать его наследником на королевском, а возможно, и императорском троне. Для такого высокого положения нужен настоящий мужчина, а не изнеженный, избалованный матерью человек, закормленный деликатесами и сладостями. Он должен есть плотную и здоровую пищу из местного зерна и овощей. Когда Максимилиан заболел, Фридрих, не сдерживаясь, обвинил Элеонору в недомогании мальчика, утверждая, что неправильным питанием она подвергает опасности здоровье ребенка. После счастливого выздоровления сына — Фридрих решил сам заботиться о нем. Это распоряжение явилось тяжелым ударом для Элеоноры. Еще больше она страдала от попреков мужа из-за смерти их шестого ребенка, маленького сына Йоханна. Молодая мать после тяжелых родов не смогла сама кормить младенца и взяла кормилицу. Но мальчик, появившийся слабым на свет, прожил лишь несколько недель.
От этого удара судьбы и от несправедливой бессердечной реакции мужа Элеонора уже не сумела оправиться. Несмотря на усилия врачей, сделавших все возможное для спасения жизни императрицы, ее воля к жизни оказалась сломленной. Слишком поздно Фридрих отправил ее на лечение на воды, и горячие ванны не принесли Элеоноре улучшения. Напротив, состояние больной ухудшалось день ото дня, и все с ужасом поняли: ей суждено вскоре умереть. Глаза императрицы закрылись навсегда 3 сентября 1467 г. в венском Нейштадте, ей исполнился 31 год. Всю жизнь Максимилиан скорбел о ней. В лице матери он потерял единственного человека, неизменно окружавшего его любовью.
Элеонора нашла последнее место упокоения в Нейклостере. Памятник из аднетского мрамора — творение известного скульптора Никласа Герхерта ван Лейдена — представляет умершую императрицу в образе святой. Эпитафия «Столь смиренной жены, как я, еще никогда не знала земля» идеально подходит ей.