Самые серьезные интуиции мысли о.Сергия берут исток в глубоко пер–соналистичном духовном опыте. Начиная со «Света Невечернего», итогового труда дореволюционного периода творчества, на страницы булгаковских сочинений попадают фрагменты личных дневников, в которых рождаются темы будущих сочинений и которые сообщают философии и богословию Булгакова уникальность его экзистенциального опыта.
Богословской мысли о. С. Булгакова свойствен не только грандиозный систематизм, временами напоминающий шедевры средневековой схоластики, но и прорывающийся сквозь броню систем лиризм, подчас обнаруживающий «человеческое, слишком человеческое», перекликающийся с романтическими исканиями культуры Серебряного века, «нового религиозного сознания». Его богословие оказывается любомудрием «горячего сердца», склонного психологизировать сложные богословские вопросы, вносить в богословие «тяжелые думы», навеянные интеллигентским периодом творчества о. Сергия. К числу таких, несомненно, ярких произведений относится большая статья «Иуда Искариот, апостол–предатель», как бы вторая часть диптиха к работе «Петр и Иоанн: два первоапостола», а может быть впечатляющий своей диалектической противоположностью «антифон» к ней.
Последний этап творчества о. Сергия связан преимущественно с богословием, но и в богословии, попрощавшись с философией, он, по словам прот. Иоанна Мейендорфа, остается философом.
Все позднее богословие Булгакова представляло собой грандиозный со–фиологический синтез. Ему принадлежат две догматические трилогии — малая и большая «О Богочеловечестве», в которую вошли труды «Агнец Божий» (1933), «Утешитель» (1936) и «Невеста Агнца» (1945). По сути, этот замысел — дерзновенная попытка отца Сергия дать софиологическую интерпретацию основным церковным догматам, посвятив части этой трилогии двум ипостасям Пресвятой Троицы — Сыну и Святому Духу — и Церкви. Софиологические взгляды о. Сергия не нашли поддержки в стенах официальной Церкви, причем как Русской православной церкви заграницей, так и Московской Патриархии. По выходу «Агнца Божьего» последовало осуждение Архиерейского Собора РПЦЗ в Сремских Карловцах и Указ Московской Патриархии, изданный местоблюстителем патриаршего престола митр. Сергием (Страгородским), известным своими богословскими трудами иерархом. Негласным вдохновителем последнего стало Фотиевское братство, созданное в эмиграции в 1925 г. и объединявшее в своих рядах православную молодежь, в числе которой был В. Н. Лосский, в будущем видный православный богослов. В 1936 г. он выпустил по поручению братства брошюру «Спор о Софии» (на обложке издания после имени автора выставлен криптоним названия братства, по подобию католических орденов), в которой подверг критике взгляды о. Сергия и его докладную записку, направленную митр. Евлогию в связи с обвинениями. Со стороны карловчан ударным обвинителем был митрополит Серафим (Соболев), живший в то время в Болгарии и канонически подчинявшийся карловацкой Церкви. Он издал три критических сочинения, направленных против о. Сергия Булгакова, два из которых — «Новое учение о Софии» и «Защита софианской ереси» — были посвящены критике софиологических взглядов. Указ Московской Патриархии от 7 сентября 1935 г. был выпущен на основе докладной записки, составленной председателем Фотиевского братства А. В. Ставровским, не закончившим свое богословское образование молодым человеком, близким к евразийским кругам. Местоблюститель Патриаршего престола митр. Сергий получил и прочел книгу «Агнец Божий» уже после вынесенного вердикта. Существенным моментом Указа было обвинения системы о. Сергия в гностицизме.
Ситуация «спора о Софии» обозначилась довольно отчетливо: с одной стороны, были те, кто занимал позицию ревностного охранения церковного предания, с другой — приверженцы «живого предания» и церковные интеллектуалы, впитавшие в себя дух «серебряного века» и русского религиозного ренессанса. Для последних свобода оказывалась выше принуждения, выше догматики, во имя церковной свободы они призывали пожертвовать буквой закона. В этом отношении важно, что этот спор был не просто спором по поводу одной богословской книжки, но и барометром самого отношения к церковной традиции. Не случайно один из самых жестких критиков о. С. Булгакова, Владимир Лосский, в последующих своих трудах, начиная со «Спора о Софии», развивал тему церковного предания как того, что отличается от буквы трактатов Отцов Церкви и от буквы святоотеческого наследия, а передается в живом, непрерывном и преемственном апостольском духе. В пылу полемик трудно было достичь научной объективности и сдержанности в оценках. Как свидетельствует в своих воспоминаниях Н. О. Лосский, по завершении одного из заседаний Религиозно–философской академии после обсуждения сложившейся вокруг о. Сергия ситуации разразилась настоящая драка между Б. П. Вышеславцевым и членом Фотиевского братства Максимом Ковалевским. Довольно немногие современники сумели занять интеллектуально выдержанную позицию по отношении к полемизирующим сторонам (отчасти совпадавшим с границами церковно–юрисдикционных разделений в эмиграции).