Декілька років тривало слідство над ними. Доки козацьких депутатів катували у Петропавлівській фортеці, по кубанських куренях розпочалися нові арешти учасників виступу. Чорноморців кидали в ями Усть-Лаби і тримали в дуже жорстоких умовах. За короткий час з 222 заарештованих померло 55 чоловік. 30 козаків зробили підкоп і втекли на Задунайську Січ.
Так по-звірячому був придушений виступ чорноморців. Але заворушення на Кубані було настільки сильне, що влада не наважилася жорстоко покарати заарештованих депутатів, одні з яких були приречені на страту, інші — на каторгу на галерах. Тільки депутати Собакар і Половий пішли до Сибіру, решта козаків була звільнена.
Після того старшина вже боялася зачіпати козацтво, а чорноморці засвідчили, що вони до кінця стоятимуть за свої привілеї і волю.
Тимофій Котляревський потім жив у Петербурзі і в 1799 р. передав свою булаву здібному військовому скарбничому Федору Яковичу Бурсаку. Син священика, він прийшов на Січ у 1764 р. і разом з усіма запорожцями пройшов шлях з Дніпра на Кубань.
Отаман Бурсак перший ходив за Кубань воювати з черкеськими нападниками. Завдяки йому на Кубані почали з'являтися кінні та овчарні заводи, суконна фабрика, а 14 грудня 1806 р. відкрилося перше училище для дітей в Катеринодарі.
1807 р. чорноморці воювали з турками на Дунаї, де загинув відомий козацький полковник Паливода.
Не минула козаків і війна з Наполеонам 1812 р. Ще в березні того ж року для служби в Петербурзі отаман Бурсак сформував імператорську чорноморську сотню з могутніх і показних козаків. Сотником був призначений син отамана Афанасій Бурсак.
Сотня Афанасія Бурсака брала участь майже в усіх баталіях 1812—1814 рр. Тільки на початку війни, наприкінці червня, чорноморці на очах у Наполеона порубали багато французьких кіннотників і захопили гарматну батарею.
Під час Бородинського бою Афанасій Бурсак із сотнею знищили декілька ворожих батарей. За відвагу під час цієї атаки хорунжий Заводовський і осавул Перехрест отримали нагороди. 28 жовтня на Єльнинському шляху чорноморці захопили в полон генерала Ожеро з його бригадою, потім розігнали французький відділ в 500 чоловік, який ішов на допомогу генералу. Після перемоги козаки привезли як трофеї 700 кірас.
У 1813 р. козаки брали участь у "битві народів" під Лейпцігом, Разом з двома донськими сотнями вони зупинили прорив французької кавалерії, за що сотник Бурсак отримав від пруського короля орден "За заслуги". Наприкінці війни козаки 2 місяці стояли биваком у Парижі.
Подальша доля полковника Бурсака склалася трагічно. Повернувшись на Кубань, молодий, прославлений чорноморець намагався поліпшити долю козаків, яких розорювали безперервні війни та чиновницьке свавілля. Не маючи змоги відстояти перед вельможами чорноморців, а особливо їхній демократизм і волелюбність, полковник Афанасій Бурсак 28 березня 1825 р, покінчив життя самогубством. "Какую последнюю думу думал бувалий казак, осталось на дне глубоких кубанских водоворотов", — писав про це історик Іван Попко.
Місце на березі Кубані, з якого кинувся козацький полковник у річку, й досі називають "Бурсакова скачка". Далекий нащадок отаманського роду Бурсаків живе нині у Франції.
Після смерті отамана Федора Бурсака у 1816 р. отаманську булаву отримав колишній кріпак графів Розумовських Григорій Матвеєв, він ще юнаком втік до чорноморців. Під час одного з походів козацькі старшини випадково зустріли серед солдатів рідного брата Матвєєва, але решту родини вже сам козацький отаман у всевладних поміщиків так і не зміг викупити.
На відміну від Бурсака, Матвєєв не мав ні військових, ні адміністративних здібностей. Козаки навіть підозрювали, що отаман за хабарі дозволяв черкесам нападати на козацькі землі. Коли черкеси знищили хутір Осічки, про Матвєєва казали: "Проміняв Осічки на срібляні жучки" (ґудзики).
Після Матвеєва у 1827 р. отаманом став Олексій Безкровний, який походив із старовинного запорозького роду. Козаком служити він почав з 1800 р., маючи лише 15 років. Бувалих запорожців Безкровний вражав своїм велетенським зростом і надлюдською силою. Йдучи завжди попереду, він як могутній таран пробивався з шаблею або з ратищем крізь ворожі ряди. Безкровний пройшов усю війну 1812 р. і разом з табором чорноморців два місяці стояв на Єлисейських полях у Парижі.
Особливо прославився отаман 28 травня 1828 р. при облозі турецької фортеці Анапи, коли з 300 чорноморцями відрізав від фортеці турків і в тяжкому рукопашному бою знищив їх.
Безліч разів ходив отаман Безкровний і проти черкесів. Неодноразово намагалися ті захопити казкового запорожця в полон. Одного разу це їм майже вдалося, але Безкровний, маючи вже декілька вогнепальних та рубаних ран, зміг відбитися від десятка нападників шаблею. З гордістю казали козаки про нього: "Та це ж у чорноморців отаман не Безкровний, а Безсмертний".