У багатьох селах та містах України збиралися запорожці, присягалися відновленому війську, записуючись у курені. Вже йшла російсько-турецька війна, і козакам у ній потрібно було відстояти право на своє існування. Пішими козаками керував Білий, кіннотою — Чепіга, а флотом — Головатий; всього брало участь у війську 2829 кінних козаків і 9681 піший.
У червні під турецькою фортецею Очаків козаки знищили ворожу флотилію, але під час абордажного бою був тяжко поранений отаман Білий і через декілька днів, 19 червня, помер, Багато козаків загинуло у цій війні.
На козацькій раді з двох претендентів — Головатого і Чепіги — обрали більш відважного і близького козакам Захарія Чепігу. Російське командування не дуже берегло козаків — доки одна частина козаків билася з турками й гинула від їхніх куль та ятаганів, інших примушували будувати сторожі на Бузькому Лимані. Без їжі і теплих речей до березня 1789 р. на будівництві померло близько 500 козаків.
У цій війні запорожці відзначились як справжні лицарі військової майстерності та відваги.
Найважчим завданням для російського війська була облога Очакова. Очаків постачала харчами турецька фортеця Хаджибей (сучасна Одеса), і всі спроби російських загонів захопити склади міцної Очаківської фортеці з хлібом закінчувалися тяжкою поразкою. Але те, що не вдалося солдатським полкам, зробив козацький кошовий Чепіга з кількома козаками. 29 жовтня вони таємно підпалили береговий цейхгауз, а 7 листопада кошовий пробрався в Хаджибей і спалив там склади з продуктами. Так ніхто й не зрозумів, як вдалося це зробити запорозькому характернику.
Підходи до Очакова закривала могутня фортеця Березань. Один за одним розбивалися тут напади російських солдат об вогонь турецьких численних гармат. Потьомкін був у відчаї. Тоді на Березань вирушив козацький флот — на передньому байдаку стояв Антін Головатий. Тривалий час на мурах фортеці йшла запекла різанина, потім запорожці, розвернувши гармати, почали обстрілювати Очаків і 6 грудня здобули перемогу.
Згідно з легендою звістку про взяття Березані Потьомкіну приніс опалений вогнем, скривавлений козак. Спочатку його не хотіли пускати до князя, і доки козак досить гучно лаяв ад'ютантів, з'явився сам Потьомкін: "Что за шум?" — "Та взяли!" — "Что взяли?" — "Березань". — "Что ж, лучшего не могли ко мне прислать?" — "Та були там, мабуть, і ліпші за мене, так тих до ліпших послали, а мене ось до твоєї милості".
Саме тоді козацьке військо отримало свою нову назву — Чорноморське. Під час бойових дій зустрілися козаки і зі своїми колишніми запорозькими братчиками, котрі заснували за Дунаєм нову Січ і воювали за Султана. Чорноморець Павло Помело зустрів там свого рідного брата, котрий втік за Дунай після руйнування Січі, І той попередив його про ворожу засідку, що чекала на козаків. Зібравшись із силами, чорноморці розігнали турків і татар, а через деякий час відсвяткували з задунайцями радісну зустріч. Рік провоювали козаки з турками. Під Бендерами вершники на чолі з Чепігою рубалися 5 годин з п'ятитисячним турецьким загоном, і хоч було козаків уп'ятеро менше, перемога була за ними. 11 грудня 1790 р, штурмуючи Ізмаїл, чорноморці Головатого вдерлися на його мури й захопили турецькі гармати.
"Полковник Головатый с беспредельной храбростью й неусыпностью не только побеждал, но й лично действуя, вышел на берег, вступил с неприятелем в бой й разбил оного".
Після закінчення війни чорноморців відзначили особливим ордером, вони отримали великий кут землі за Бугом по Дністру і Телігулу, на річці Березані при Лимані Очаківському. Там і почало осідати новоутворене Чорноморське козацьке військо.
У містечку Слободзея козаки розбили свій Кіш, поділивши землі на три паланки — Подністрянську, Березанську і Кінбурнську.
І потяглися у новоутворену Січ за Бугом колишні запорожці. Хоча пани не відпускали козаків, відбирали їхнє майно, примушували працювати на панщині, саджали в холодні ями, катували голодом і канчуками, а родини тих, хто втік, віддавали на безкінечні муки й поталу. На це Чепіга неодноразово скаржився в столицю. Але в Петербурзі мовчали. І знову на политі козацькою кров'ю землі потяглися панські руки. Та ще й до того 5 жовтня 1791 р. по дорозі в глухому бессарабському степу помер Григорій Потьомкін. Хоч так і не простили йому козаки зруйновану Січ, але все ж він був єдиним покровителем Чорноморського війська.
Чорноморська старшина, козаки добре розуміли, що історія, яка відбулася шістнадцять років тому на Дніпрі, може повторитися й за Бугом.