Власть великого магистра, официально правившего на Родосе, фактически распространялась на все владения иоаннитов, разбросанные по европейским странам. Как любой крупный феодал, он являлся одновременно и верховным судьей для подвластных ему рыцарей, и вершителем судеб своих подданных. Орден чеканил собственные монеты, издавал законы и назначал послов ко дворам королей и князей.
Конечно, все это не означало, что жизнь внутри ордена текла легко и спокойно, а отношения между братьями носили идиллический характер. Влиятельные госпитальеры боролись за власть и выгодные назначения точно так же, как и светские бароны. Многие приезжали на Родос для несения тяжелой службы на Востоке только для того, чтобы заработать себе хорошую должность, а через три-четыре года возвращались в европейские командорства в качестве прецепторов или приоров. Великие магистры постоянно испытывали затруднения с личным составом орденского войска, а рыцари предпочитали сытое и безбедное житье во французских, английских, португальских и других командорствах.
Большую роль в делах иоаннитов в этот период играли папы, которые вмешивались во все стороны деятельности капитула — от раздачи постов своим любимцам до прямых указаний, когда, где и против кого должны быть направлены военные усилия ордена. В 1371 г. после поражения сербов от турецкого султана Мурада I в битве на берегу Марицы папа Григорий XI задумал очередной поход против мусульман. Естественно, нашлось в этом плане место и госпитальерам, в задачу которым было вменено собственными силами продолжать оборону Смирны, где еще велись боевые действия.
В 1373 г. в Фивах собрался своего рода международный конгресс по выработке единой программы борьбы с османской опасностью. В нем приняли участие папа Григорий XI, Венеция, Генуя, орден св. Иоанна Иерусалимского, викарий графства Афинского, кипрский, венгерский и сицилийский короли, а также император Византии. Орден занялся приготовлениями к совместной кампании. Он обязался выставить к концу 1375 г. 400 рыцарей с оруженосцами и частично оплатить расходы по коалиции, для чего великому магистру пришлось распорядиться заложить или отдать в аренду ряд земель и добиться крупного займа от банкиров Альберти во Флоренции. Но все его приготовления оказались лишними: коалиция распалась, едва возникнув. Венгерский король Лайош I оказался втянутым во внутренний династический конфликт, а Генуя и Венеция не смогли преодолеть своих разногласий из-за торгового соперничества.
В 70-е годы XIV в. интересы иоаннитов все больше перемещаются на Европейский континент. В 1376 или 1377 г. им удалось осуществить свою давнишнюю мечту — приобрести в аренду сроком на пять лет Ахейское княжество, а еще через некоторое время — порт Воница на западном побережье Балканского полуострова. Все это предпринималось под флагом борьбы с турками, которую рыцарям якобы легче было вести, имея опорные пункты на материке. Однако последующие действия великого магистра ордена Хуана Фернандеса де Хередиа (1377—1396), пользовавшегося особым расположением папы, в рамки этой борьбы никак не укладывались. Вместо того чтобы выступить против Мурада I, он двинулся во главе рыцарей на завоевание Арты — столицы незадолго до того сформировавшейся албанской сеньории Этолия, под стенами которой потерпел жестокое поражение и был захвачен в плен. Правда, в плену он не задержался: иоанниты заплатили за своего магистра огромный выкуп, и в июне 1379 г. де Хередиа уже вернулся на Родос.
В результате этой бесславной кампании госпитальерам пришлось не только отказаться от Воницы, но и постепенно уступить все остальные владения на Балканах. Потеря доходных земель, расходы на военные операции, баснословная сумма, заплаченная за де Хередиа, печально отразились на финансах ордена. Документы свидетельствуют, что в начале 1382 г. капитул вынужден был отослать назад в Европу 60 рыцарей, которых он не мог содержать на Родосе.
К денежным затруднениям прибавился внутренний «правительственный» кризис, отразивший Великий раскол (1378—1417) в правящей верхушке католической церкви. В начале XIV в. борьба пап за главенство над светской властью окончилась для них весьма плачевно. Решительные меры французского короля Филиппа IV, не желавшего мириться с притязаниями Рима на всемирное господство, привели его к победе над папством, которое под давлением королевского дома перенесло свою резиденцию из «вечного города» в Авиньон (1309 г.), где на протяжении почти 70 лет на «святой престол» избирались ставленники Франции. «Авиньонское пленение» пап закончилось лишь в 1377 г., когда, воспользовавшись тем, что Франция была поглощена Столетней войной с Англией, папа Григорий XI вернулся в Рим. После его смерти новым папой был избран итальянец Урбан VI, которого поддерживали государства Северной и Средней Италии, Англия, скандинавские и немецкие правители. В противовес ему кардиналы, ориентировавшиеся на Францию, Испанию, Шотландию и Неаполь, избрали в Авиньоне своего папу Климента VII (1378—1394). Таким образом, создалось два центра, претендовавшие на верховную власть в католическом мире.
Поначалу иоанниты, среди которых превалировали французы, а во главе стоял арагонец де Хередиа, поддержали «антипапу» Климента VII. Великий магистр покинул Родос и переселился в Авиньон, чтобы своим влиянием на курию заставлять ее действовать в интересах ордена. Все это, естественно, не понравилось Урбану VI, который предпринял контрмеры, назначив в 1383 г. неаполитанского рыцаря Риккардо Караччоло, приора Капуи, «антимагистром». Караччоло добился поддержки у немецких и английских и даже части итальянских братьев.
Единство ордена было подорвано, но открытый раскол относительно быстро удалось ликвидировать: после смерти Караччоло в 1395 г. власть великого магистра опять сосредоточилась в одних руках. Тем не менее раскол внутри ордена в основном отразился на его изрядно опустевшей казне, а не на захватнических планах. Уже в 1384 г. «законный» глава ордена де Хередиа опять разрабатывает программу экспансии ордена в Морее.
В 1386 г. он покупает за 20 тыс. флоринов Ахейское княжество у его наследников и направляет туда своего управляющего, но уже в 1389 г. изменившаяся ситуация заставляет иоаннитов расстаться со своими претензиями на Пелопоннес.
Оказалось, что тройные военные издержки (в Смирне, на Родосе и на Пелопоннесе) были ордену не «по карману». Дальнейшее продвижение Османского государства на юго-восток Европы, историческая победа турок на Косовом поле (1389 г.), сделавшая Сербию их данницей, заставили рыцарей всерьез задуматься об их собственной безопасности. В 1392 г. султан Баязид I запретил подвоз продовольствия на Родос, что привело к тяжелым последствиям, так как остров весьма зависел от импорта. Начались длительные и безрезультатные переговоры: турки требовали разрешить им здесь работорговлю, что было неприемлемо с точки зрения «христианской морали». Одновременно госпитальеры тайно готовили рыцарское пополнение из Европы с целью защиты столицы своего государства.
Иоаннитам, можно сказать, «повезло» в том, что борьба с Родосом являлась лишь незначительным эпизодом в грандиозных агрессивных проектах турецкого султана. Турки упорно расширяли свои владения на Балканах: они покорили Болгарское царство, Фессалию и Македонию.
В 1396 г. произошло решающее сражение между европейскими рыцарями, объявившими новый крестовый поход против «неверных», и двухсоттысячным войском Баязида I, за стремительные действия прозванного Молниеносным. В битве при болгарском городе Никопол против турок участвовали представители практически всех христианских народов: французы и чехи, итальянцы и англичане, испанцы и венгры. Как всегда самоотверженно бились с мусульманами госпитальеры, искусные и мужественные воины. Объединенная рыцарская армия была наголову разбита; из 70 тыс. крестоносцев около 10 тыс. попали в плен, лишь немногим удалось бежать, остальные пали на поле сражения.