Между тем над Родосом сгущались тучи; после того как госпитальеры неоднократно (в 1462, 1464 и 1466 гг.) отклоняли требования Мехмеда II платить ему дань, последовал полный разрыв отношений между орденом и Турцией. Правда, после захвата османами о. Лесбос (1462 г.) великий магистр Раймон Закоста (1461—1467) вынужден был пойти на некоторые уступки султану и преподнести ему богатый подарок; однако рыцарская спесь и на сей раз не позволила братьям назвать вещи своими именами: в сопроводительном послании ордена специально подчеркивалось, что этот дар ни в коей мере не может рассматриваться как факт признания его данником мусульман.
Мера эта, хотя и не вписывалась в рыцарский кодекс чести, была жизненно необходимой, так как на Родосе в то время находилось всего немногим более 300 рыцарей. Но очередь острова, видимо, еще не подошла, и военные действия Османской империи в Боснии, Валахии и Крымском ханстве, как и прежде, отвлекли внимание Мехмеда II. Более того, через одного из своих сыновей, правившего Карией — областью империи, ближайшей к Родосу, — он обращается к иоаннитам с предложением заключить мирный договор. Переговоры тянулись почти полтора года (1478—1479), но ни к чему не привели. Госпитальеры, которым только что удалось продлить соглашение с Египтом (1478 г.), упорно держались за свой статус «защитников христианства», не идя ни на какие уступки, за что и поплатились в недалеком будущем.
4 декабря 1479 г. турки произвели «разведку боем»: опустошили несколько деревень на о. Тилос и на самом Родосе, а 23 мая 1480 г. огромная флотилия турок подошла к цитадели иоаннитов и осадила ее. Положение защитников крепости не назовешь даже затруднительным, скорее всего оно было почти безнадежным: ведь прекрасно вооруженному и обученному, но крайне малочисленному гарнизону противостояло более 50 тыс. первоклассных турецких воинов, в том числе 3 тыс. янычар. Турки привезли с собой стенобитные машины, способные стрелять каменными ядрами до 600 кг весом, мины, инженеров для рытья подкопов. Во главе этого внушительного войска стоял сераскер Месих-паша (грек-ренегат Мануил Палеолог).
Решающая атака, в которой участвовали 40 тыс. человек, была предпринята Месих-пашой 27—28 июля после длительной и кропотливой подготовки. Осаждающим уже удалось прорвать в одном месте оборону противника; казалось, что еще одно последнее усилие и победа будет на их стороне. Но тут великий магистр ордена Пьер д'Обюссон (1476—1503), уже неоднократно раненный в бою, сам возглавил оборону и личным примером сумел воодушевить рыцарей, стойко защищавших крепость. Существует, правда, и другая версия: в самый разгар битвы над рядами турок пронесся грозный приказ Месих-паши: «Грабить запрещаю! Все пойдет в казну султана!», который и расхолодил энтузиазм нападавших.
17 августа 1480 г. Месих-паша, видя бесплодность всех усилий, велел прекратить осаду и увел остатки своей армии (за одну июльскую кампанию рыцари вывели из строя 35 тыс. турок) в Анатолию и далее в Стамбул. Итак, ордену удалось отстоять свой остров, но какой ценой: цветущий Родос превратился в груду развалин! И все же главное было сделано — у рыцарей осталось «свое» государство, и они с новыми силами бросились восстанавливать разрушенное. В честь замечательной победы капитул принял решение о строительстве церкви, посвященной Мадонне-победительнице.
В 1481 г. Мехмед II умер, так и не дождавшись искоренения «оплота христианства» прямо у границ своей империи, а его наследники тут же бросились делить имущество. Первым успел усесться на трон отца старший сын Баязид II Дервиш, не пожелавший разделить власть с младшим братом Джемом, как предлагал последний. Джем не смирился и, собрав своих приверженцев, начал военные действия против Баязида в Анатолии, которую хотел отторгнуть от империи. Воспользовавшись ситуацией, иоанниты повели двойную игру, которая принесла им известные выгоды. С одной стороны, дав обещание султану Баязиду не помогать его брату в междоусобной войне, они добиваются от него столь необходимого им перемирия. С другой — рыцари тотчас вступают в контакт с Джемом (или как они его именовали «Зам-Солданом, сыном Махумета, бывшего Великого Турка»), в результате чего претендент на трон, потерпевший поражение, получает возможность укрыться на Родосе от гнева царственного брата.
Приобретя столь ценный залог, госпитальеры используют его как козырный туз в своих отношениях с Османской империей. Они тут же подписывают с Джемом соглашение, по которому неудавшийся претендент гарантирует им вечный мир с Турцией «на все времена», а также обещает после воцарения выплатить ордену за свое содержание 150 тыс. скудо золотом и предоставить им право свободной торговли на территории Турции. Затем для полной безопасности они отсылают Джема в Европу фактически в качестве своего пленника. После этого «высокочтимый повелитель Пьер д'Обюссон, великий магистр Родоса и благородной религии Иерусалима», 2 декабря 1482 г. заключает мирный договор с «прославленным непревзойденным и могущественным Баязид-Султаном».
По достигнутой договоренности каждая из сторон получает право свободной торговли на территории обоих государств, а орден к тому же может принимать в замке св. Петра в Бодруме (Анатолия) беглых рабов-христиан без выдачи их местным властям. Кроме того, Баязид II признает опеку иоаннитов над Джемом и выделяет им для содержания брата 35 тыс. венецианских дукатов ежегодно, придя, видимо, к мнению, что уж если ему и суждено иметь брата-беглеца, претендующего на трон, то лучше тому жить в «золотой клетке» у родосских рыцарей, чем интриговать при дворах европейских монархов в надежде вымолить поддержку в борьбе за титул султана.
Для подкрепления договора, и главное — неписаной его части о почетном плене его ретивого родственника, Баязид II передал в 1484 г. в дар ордену «святую реликвию»: правую руку Иоанна Крестителя, основного покровителя ордена иоаннитов. Однако подлинного дружелюбия или хотя бы лояльных отношений не было и быть не могло: основной целью турок было завоевание новых земель для «упрочения власти пророка», а рыцари заведомо выступали под знаменем борьбы с исламом.
В 1489 г. госпитальеры выменивают Джема на новые привилегии от римской курии. Великий магистр передает незадачливого претендента под опеку папы Иннокентия VIII, за что сам д'Обюссон приобретает кардинальскую шапку, а возглавляемый им орден — владения еще двух распущенных духовно-рыцарских братств: «Гроба Господня» и «св. Лазаря». Дальнейшая судьба высокого пленника напрямую с орденом уже не связана; однако, чтобы покончить с этой историей, следует вкратце упомянуть, чем закончилось для него своекорыстие иоаннитов. «Зам-Солдан» переходил из рук пап в руки французского короля и обратно до тех пор, пока Баязиду II не удался ловкий дипломатический маневр: он договорился с очередным папой, развратным и сребролюбивым Александром VI, о том, что его брат будет отравлен. За «устранение» принца Баязид пообещал папе 300 тыс. дукатов, и последний не устоял: в 1495 г. по дороге из Рима в Неаполь Джем внезапно заболел и в страшных мучениях скончался.
Несмотря на то что с Турцией был установлен мир, а с Египтом он был продлен (1484 г.), родосские рыцари не переоценивали их значение и продолжали заботиться об обороноспособности острова. Особую активность они развили в 1496 г., подозревая, что теперь, когда после смерти брата Баязид ничем не связан, он вполне может начать военные действия против Родоса. В марте великий магистр дал указания приору Мессины Паоло ди Салома пригласить на службу к ордену «вооруженные корабли любой нации и в любом состоянии, владельцы и капитаны которых имеют намерение и священное желание вредить разного рода неверным». При этом он обещал добровольцам радушный прием на острове и право «торговать захваченными товарами, но только теми, что отняты у неверных, а не у христиан». В сентябре того же года капитул ордена поручает еще трем своим членам зафрахтовать и привести на Родос две галеры с различными товарами и материалами, необходимыми для строительства новых судов.
В 1498 г. госпитальеры подтвердили приверженность соглашению с султаном, что, однако, не помешало им включиться в подготовку будущего крестового похода против турок. В 1501 г. союз христианских государств против турецкой угрозы оформился окончательно. Папа Александр VI обещал выделять 40 тыс. дукатов ежегодно на «святое дело истребления неверных» и снарядил эскадру из семи галер во главе с епископом Пафосским адмиралом Джакопо да Пезаро и пяти под командованием госпитальера Фабрицио дель Карретто. К ней присоединились шесть судов из Венеции, возглавляемые братом адмирала Бенедиктом да Пезаро; наконец, Родос выставил еще три галеры, не считая «большого корабля и барки». Главнокомандующим представительным флотом римская курия назначила великого магистра Родосского ордена.