Тем более что торопиться его заставляла сама напряженная обстановка в районе, где столкнулись интересы могущественных противников: Габсбурга и Сулеймана I Великолепного. Обстоятельства диктовали необходимость создать на Мальте мощный форпост, не уступающий Родосской цитадели. Помимо декларированного орденом принципа защиты христианства этого требовала и элементарная предосторожность, поскольку Мальту нужно было суметь не только получить, но и удержать.
Времени для этого было мало. Уже в 1535 г. Карл V напомнил рыцарям об их обещаниях служить «стражами истинной веры» в Средиземноморье и потребовал, чтобы иоанниты приняли участие в его кампании против правителя Алжира Хайреддина Барбароссы. Этот предприимчивый морской пират, воспользовавшись борьбой алжирцев против испанских колонизаторов, захватил власть в стране, но, чувствуя свою слабость, вынужден был обратиться за помощью к Турции, чьим вассалом он и стал в 1519 г. с титулом бейлербея. Имея за спиной столь сильную поддержку, Хайреддин осмелел и стал совершать все более частые набеги на испанские владения в Северной Африке. Борьба против него становилась крайне необходимой еще и потому, что, нанося удары алжирскому правителю, Карл V одновременно весьма чувствительно задевал и Османскую империю, уже распространившую свою власть практически на все африканское побережье от Алжира до Египта и пытавшуюся прибрать к рукам Марокко.
Турецкие галеры вели себя в Средиземном море как в своей вотчине, не отставали от них и алжирские пираты, наводившие страх на европейские страны бассейна. Они убивали и грабили прибрежное население, опустошая целые районы, увозили в плен тысячи рабов, захватывали суда и добычу, постоянно угрожая торговому мореплаванию. Вот против этой-то «заразы» и призвал глава Священной Римской империи выступить орден, ставший отныне «Мальтийским».
Военно-морская экспедиция рыцарей против алжирского бейлербея на сей раз прошла успешно: по некоторым источникам, было освобождено десять тысяч пленников-христиан. Однако через шесть лет Хайреддин взял убедительный реванш, разбив силы Карла V под г. Алжиром. В кампании вновь участвовали госпитальеры, понесшие ощутимые потери: испанский флот, в который влились их корабли, был разметен и практически уничтожен жестоким штормом. Рыцарям приходилось туго: в военных предприятиях их преследовали неудачи; еще хуже обстояло дело с финансами, и уж совсем плохо складывались внутренние дела ордена. За десятилетие, прошедшее с момента воцарения ордена на Мальте, значительно обострились разногласия рядовых рыцарей с орденской верхушкой, вызванные чрезмерными притязаниями великого магистра с его окружением и стремлением молодых членов братства освободиться от суровой дисциплины и мелочной опеки.
Все это накладывалось на неприятности внешнего порядка, справиться с которыми было еще сложнее. В 1540 г. орден постигла двойная неудача, усугубившая его трудное положение: он одновременно потерял свои владения, и, следовательно, огромные доходы, в Англии и Германии. Предлогом для конфискации в этих странах его бальяжей послужили события Реформации, в которых местные монархи и князья увидели прекрасную возможность укрепить свою власть и освободиться от диктата Рима.
Конечно, по-разному складывалась судьба разобщенных германских княжеств и английского королевства, в котором укрепление абсолютизма привело к созданию единого мощного государства. Однако и Генрих VIII в Англии, и немецкие феодалы сумели перевести стихийное движение протеста против католической церкви в нужное им русло и секуляризовать земли монастырей и орденов, подорвав их авторитет и лишив их колоссальных денежных поступлений. В этом свете становятся понятными и акции против мальтийских рыцарей, которых в странах Реформации справедливо рассматривали как папскую гвардию.
Правда, в различных государствах с орденом поступили по-разному. В пределах Англии Мальтийский орден, распущенный специальным королевским эдиктом, перестал существовать как таковой, а рыцарям было предоставлено право выехать на Мальту в качестве частных лиц или остаться на службе у Генриха VIII, что многие из них и сделали. В лоскутных немецких государствах судьба госпитальеров сложилась несколько иначе. В южных княжествах, оставшихся католическими, ордену удалось сохранить значительные преимущества; зато в землях, вошедших в так называемую протестантскую группировку, они не только потеряли принадлежавшие им бальяжи, но и вынуждены были признать образование совершенно самостоятельной ветви — Прусского ордена иоаннитов (1540 г.), исповедовавшего лютеранство.
Надежды госпитальеров на восстановление их прав на владение и на возврат «блудных сынов» в лоно католической церкви несколько оживились в связи с начавшейся в Западной Европе контрреформацией, в которой Мальтийский орден принял самое деятельное участие. Поддерживая все мероприятия римской курии и Габсбургов, рыцари, по существу, защищали свои собственные интересы и привилегии, поскольку, как бы ни кичились они своим «особым положением», на деле без поддержки пап и габсбургской династии орден просто не смог бы существовать.
Почти столетие в Западной Европе свирепствовала феодально-католическая реакция. И все это время Мальтийский орден уповал на то, что рано или поздно ему удастся вернуть хотя бы часть из сорока трех отобранных Генрихом VIII командорств и прецепторств. Иллюзии оказались столь живучими, что госпитальеры не только сохранили у себя номинально язык Англии, но и великого туркопилье неизменно выбирали из среды английских членов ордена, ряды которых значительно поредели.
Пока на материке бушевали политические, идеологические и военные бури, жизнь на вверенном рыцарям острове шла своим чередом. С конца 40-х годов XVI в. турки возобновили наступление на европейские позиции в Средиземноморье. В 1547 г. на Мальте неожиданно высадился турецкий отряд. Опустошив побережье, он также быстро и внезапно удалился, прежде чем госпитальеры смогли что-либо предпринять. Еще более серьезным предупреждением ордену явилось османское вторжение 1551 г., когда отряду Синан-паши удалось разорить значительную территорию самой Мальты и практически полностью остров Гоццо, увезя в плен около пяти тысяч человек.
В том же году пала крепость Триполи, что, с одной стороны, еще больше упрочило позиции Османской империи в Северной Африке и в Центральном Средиземноморье, а с другой — принесло некоторое облегчение госпитальерам, которым отныне уже не было нужды бороться на два фронта. Вместе с тем суровые испытания, последовавшие одно за другим в течение неполных четырех лет, заставили орден по-новому взглянуть на роль Мальты и на свои задачи, связанные с пребыванием на острове. Прежде всего, как показали турецкие рейды, Мальту следовало срочно укреплять. Следовало также позаботиться об оружии, амуниции и провианте, которого здесь явно не хватало, — словом, обо всем, что могло бы превратить остров в неприступный бастион.
В 1557 г. во главе ордена встал Жан Паризо де ла Валлетт (1557—1568), личность, по свидетельству современников, незаурядная. Впрочем, весьма вероятно, что человеком-легендой его сделали обстоятельства так называемой Великой осады (1565 г.), о которой речь пойдет ниже. Придя к власти уже убеленным сединами старцем 67 лет от роду, он, безусловно, обладал мудростью, опытом и большим организаторским талантом. При нем орден вновь на какое-то время обрел единство, более регулярно в казну стали поступать респонсии (доходы), начались широкомасштабные строительные работы.
К этому времени госпитальерам удалось уже обновить форт Сан-Анджело и построить еще один форт — Сан-Эльмо, названный так в память аналогичного укрепления на Родосе. Форт Сан-Эльмо был возведен на самой дальней оконечности скалистого полуострова, известного как гора Сцеберрас, и охранял подступы к порту и главной стоянке флота рыцарей — Большой Гавани. В дальнейшем сюда планировалось перенести штаб-квартиру ордена. На берегу Большой Гавани был сооружен еще и третий форт — Сан-Микеле.