Бесконечная вражда трех высших должностных лиц прежде всего неблагоприятно отражалась на местном населении, которое подвергалось нещадной эксплуатации и постоянно втягивалось в никому не нужные конфликты. При великом магистре Хьюге Лубенксе де Вердале (1582—1595) — первом избранном на этот пост с подачи Рима — были упразднены все органы самоуправления, существовавшие на Мальте. Его преемники в начале XVII в., следуя примеру монархов таких великих держав, как Англия и Франция, пытались подчинить себе мальтийскую церковь.
Роскошный образ жизни Вердаля, его стремление утвердить себя в качестве полноправного властителя не могли не вызвать нарекания как среди простых мальтийцев, так и среди средних священнослужителей. Апогеем безрассудного поведения главы ордена явились пиршества в его новом поистине царском дворце, где его слух услаждали отборные музыканты, а вкус — изысканные яства, в тот момент, когда на острове свирепствовала чума (1592 г.), а затем — голодные годы. Трудно сказать, чем бы закончилось все это для потерявшего голову от чувства безнаказанности великого магистра, если бы он не умер практически сразу после этих мрачных событий, причем не дома в Ла-Валлетте, а в резиденции папы в Риме.
В борьбе с орденом епископ Мальты тоже не сидел сложа руки. В 1592 г. он пригласил на остров в качестве союзника орден иезуитов, уже достаточно «зарекомендовавший» себя в других странах. Беспринципные, ловкие, умные и хитрые иезуиты вскоре заняли на Мальте те же позиции, что и во всех остальных местах, где они внедрялись. Остров все больше опутывался цепями католицизма.
Беспристрастно шаг за шагом анализируя историю ордена св. Иоанна, можно увидеть очевидный факт — где бы он ни появлялся, какой бы статус ни приобретал, вокруг него постоянно вспыхивали склоки. В Палестине он поочередно перессорился со всеми феодалами и с орденом тамплиеров, с Кипра его просто попросили, на Родосе он враждовал с греками и римской курией, на Мальте рыцари вообще заняли круговую оборону против светских владык и простого люда, епископа и папского трибунала, вице-короля и иезуитов.
Шестьдесят три инквизитора сменилось на острове за время пребывания там госпитальеров, и абсолютно со всеми орденская верхушка сумела испортить отношения, которые колебались от легкой неприязни до открытых схваток. Между тем именно с теми, кто занимал этот пост, великим магистрам меньше всего следовало вступать в коллизии: двадцать пять из этих шестидесяти трех мальтийских инквизиторов впоследствии стали кардиналами, а двое даже римскими папами, остальные же получили сан епископов. Иными словами, это все были люди, высоко стоявшие на иерархической лестнице католической церкви, которые могли или содействовать, или мешать ордену иоаннитов.
Если впоследствии мальтийские рыцари опять набрали силу и пользовались определенной независимостью в европейских делах, то во второй половине XVI в. им приходилось действовать с большой оглядкой. Борясь за престиж, отступая перед натиском папской курии или доказывая свои права, они не смели ни на минуту забывать о своей основной миссии, под предлогом которой орден утвердился на Мальте. Поэтому на протяжении 1565—1595 гг. флот госпитальеров неоднократно принимал участие в военных кампаниях европейских государств против турецкой экспансии. Участвуя в битвах с турками, в каком бы районе Средиземноморья они ни происходили, орден тем самым ограждал и свои владения от новых нашествий. Каждый умелый удар, нанесенный по врагу, увеличивал шансы иоаннитов отстоять Мальту и уменьшал возможность непосредственной прямой атаки османского флота, как это было в 1565 г.
Большой резонанс в Европе получило морское сражение при Лепанто (старинное название греческого города Навпактос) в 1571 г., в ходе которого объединенная эскадра антитурецкой коалиции Священной лиги нанесла сокрушительный удар флоту Османской империи, надолго похоронив мысль превратить Средиземное море в «султанов пруд». В Священную лигу входили Испания, Рим, Венеция, Генуя, Неаполь, Парма и другие мелкие итальянские государства, а также иоанниты. Правда, последние выставили всего три галеры, однако сражались они, как всегда, достаточно самоотверженно, подтвердив высокую воинскую репутацию ордена.
Разгром турецкого флота в битве при Лепанто явился первым внешним проявлением начинавшейся слабости империи. Однако, несмотря на понесенное поражение, Турция продолжала еще оставаться могучей державой, заставлявшей трепетать даже более сильных противников, чем Мальтийский орден. Сложная, взрывоопасная ситуация в Средиземноморье заставляла рыцарей постоянно быть начеку и торопиться с возведением столицы, которая должна была стать «щитом» Мальты.
Нависшая над островом в 1574 г. опасность нового турецкого вторжения показала насущную необходимость скорейшего окончания строительных работ. Султан Селим II, сын Сулеймана и бывшей украинской рабыни, ставшей всесильной султаншей Хасеки по прозвищу Роксолана, намеревался вначале напасть на Мальту, но затем передумал и захватил г. Тунис (1574 г.). Преемники его постоянно держали маленький отважный остров под прицелом.
В 1571 г. резиденцию ордена перевели из Читта Витториоза в отстроенную Ла-Валлетту, а к концу столетия город в основном принял те очертания, которые сохранились до сих пор. Он поражает единством архитектурного ансамбля, миниатюрностью и изяществом, каким-то чудом совместившимися с монументальностью, функциональной целостностью. Большинство старинных зданий в центре Ла-Валлетты построены выдающимся мальтийским архитектором Джероламо Кассаром в последней четверти XVI в. в стиле Позднего Возрождения. Именно он является автором и большинства обержей — «подворий» языков, и величественного кафедрального собора св. Иоанна, бывшей главной церкви ордена. И хотя многие из творений Кассара претерпели изменения в XVIII столетии, когда господствовало барокко, и позднее, впечатление от города из-за этого не портится, а наоборот, приобретает приятное для глаза разнообразие.
В отличие от Родоса мальтийская резиденция ордена — Монастырь — не была обособлена от остальных светских построек, что придало столице, если можно так выразиться, характер более светский, более европейский. Ла-Валлетта росла и украшалась, чему не препятствовали даже денежные затруднения, время от времени испытываемые госпитальерами. На сооружение новой столицы средства выделили монархи Португалии (30 тыс. крузейрос), Испании (90 тыс. франц. ливров) и Франции (140 тыс. франц. ливров), а также папа, направивший ордену 15 тыс. крон. Орден начал чеканить свою медную монету, что, по мнению великого магистра и его окружения, должно было принести казне определенный доход. Еще в 1565—1566 гг. орденом были выпущены специальные мемориальные золотые и серебряные медали с изображением нового города и горделивой надписью Melita renascens — «Возрожденная Мальта».
Эта страсть к самовосхвалению двигала иоаннитами и в дальнейшем. Когда в 1604 г. капитул ордена решил выделить внутри собора св. Иоанна по приделу каждому языку, братья различных национальностей, соревнуясь между собой в пышности и великолепии, бросились украшать свои приделы, собирая туда лучшее из произведений искусства, что мог найти их взыскательный вкус в Европе.
Но главной достопримечательностью собора являются не фрески знаменитого итальянского художника Маттиа Прети и не фламандские гобелены по картонам Рубенса и Пуссена, а прекрасно исполненные надгробия великих магистров, ибо все они, начиная с основателя города ла Валлетта, захоронены здесь. Исключение составляют лишь Гомпеш, сдавший Мальту Наполеону, а также современные магистры.
Поражающее воображение богатство убранства интерьера резко контрастирует с исключительной простотой фасада собора. Такое сочетание было, видимо, характерно для всех строений той эпохи: для дворца великого магистра, для обержей, даже для здания непременного госпиталя, открытого на Мальте в 1573 г. (ныне — Конференс-холл). «Сакра Инфермерия», так называлась эта огромная больница, была расположена неподалеку от гавани, что облегчало доставку больных прямо с кораблей. Она состояла из госпиталя, где содержались обычные больные, приюта для незаконнорожденных и дома для умалишенных и умственно неполноценных.