В соответствии с Наказом Морскому Генеральному штабу (основной документ, регламентировавший структуру и организацию деятельности Морского Генерального штаба) он включал в себя оперативную часть, отделения русской и иностранной статистики, военно-историческое отделение, а также делопроизводство по мобилизации флота. А.В. Шталю приходилось больше заниматься оперативной частью, в которых разрабатывали оперативные планы для Балтийского и Черноморского флотов и Сибирской флотилии. Однако ему приходилось много работать и в области военно-морской истории и истории военно-морского искусства. В эти годы специально созданной комиссией при Морском Генеральном штабе разрабатывался многотомный труд по описанию действий флота в русско-японскую войну 1904–1905 гг. и составлялись сборники документов по истории этой войны. Общее руководство авторскими коллективами осуществлял помощник начальника Морского Генерального штаба, то есть А.В. Шталь.
Крупным достижением русской военно-морской науки явилось создание концепции ведения боя на минно-артиллерийской позиции, практическая реализация которой была осуществлена на Балтийском флоте в годы Первой мировой войны.
В 1910 г. капитана 1 ранга Шталя назначили на должность помощника начальника Николаевской Морской академии, а в 1913 г. произвели в генерал-майоры флота. Это назначение было не случайным. Шталю предстояло в соответствии с новыми требованиями, предъявляемыми к офицерскому корпусу, организовать проведение военно-морских игр и взять под личный контроль подготовку офицеров дополнительного курса военно-морского отдела, готовившихся для дальнейшего прохождения службы в Морском Генеральном штабе. Все приходилось начинать с чистого листа. Методика работы штаба над составлением планов операций находилась в зачаточном состоянии, не были отработаны типовые штабные документы, теория военно-морского искусства только формировалась. Начальник Академии профессор Н.Л. Кладо работал над разработкой основ морской стратегии. Шталь занимался разработкой методики проведения военно-морской игры и основательно изучал работу штабов в английском, французском и германском флотах. Многие преподаватели посвятили свои исследования проблемам морской тактики. Среди слушателей дополнительного курса военно-морских наук выделялись М.А. Петров, М.И. Смирнов и М.Б. Черкасский. В 1914 г. под руководством А.В. Шталя Смирнов и Черкасский разработали «Наставление для боевой деятельности высших соединений флота», явившееся первым проектом боевого устава русского флота (этот документ мною проанализирован в книге «История военно-морского искусства: История теории стратегии, оперативного искусства и тактики военно-морского флота»; СПб, 1999). В 1913 г. работа Петрова «Маневренная гибкость флота» Конференцией Николаевской Морской академии была удостоена премии лейтенанта Свербеева. В этой работе автор высказал передовые взгляды на проблему эскадренного боя.
После Октябрьского переворота 1917 г. А.В. Шталь оставался в Морской академии, где вначале был преподавателем, а в 1922–1923 гг. возглавлял академическую фундаментальную библиотеку. Кстати, с 1910 г. Шталь был членом комиссии при библиотеке Морского министерства, где курировал приобретение книг по тематике военно-морского дела. Он собрал прекрасную морскую библиотеку, насчитывавшую около 2 тысяч томов, в том числе раритеты, такие, как первый русский Морской устав 1720 г., труды военно-морских теоретиков Пола Госта и Джона Клерка и др.
А.В. Шталь был помощником председателя созданной при Академии Морской исторической комиссии по исследованию и использованию опыта войны 1914–1918 гг. на море. Председателем этой комиссии был начальник академии профессор генерал-майор Н.Л. Кладо. В вышедшем в 1920 г. сборнике статей он опубликовал работу «Военно-морские исторические комиссии 1904–1955 и 1914–1918 гг.», в которой подвел итоги деятельности этих комиссий по исследованию боевого опыта и внедрению его в практику флотов. Поскольку Александру Викторовичу приходилось руководить обеими историческими комиссиями, его публикации представляют огромный интерес.
До 1917 г. в Николаевской Морской академии организацию штабов и их работу читали в курсе лекций но военно-морской администрации. А.В. Шталь предложил выделить это направление в самостоятельный раздел. В 1919–1922 гг. он разработал программу курса и написал лекции, а в 1923 г. стал старшим руководителем цикла предметов «Служба штаба» на военно-морском (командном) факультете (некоторое время исполнял обязанности начальника военно-морского факультета). На этой должности со всей полнотой раскрылся его талант педагога высшей военной школы, В сжатые сроки он разработал курс лекций, которые были положены в основу вышедшего в 1928 г. в Военно-морской академии РККА фундаментального труда «Служба штаба морских сил», явившегося первым по этой проблеме в отечественной историографии.