22 января 1945 года в резиденции финского президента состоялось большое совещание, на которое приехали А. А. Жданов, Г. М. Савоненков, контр-адмирал А. П. Александров, а также другие советские офицеры. Маннергейм пригласил группу высших финских офицеров во главе с Э. Хейнриксом. Несколько высокопоставленных гостей президента уединились в его салоне, где вели приятную, а порой и веселую беседу. Маннергейм попросил Хейнрикса подготовить к этому совещанию дипломатический документ с изложением финских взглядов на будущий договор Финляндии и Советского Союза.
Маннергейм лично, на русском языке, на основе полученных от Жданова документов, составил проект договора о дружбе и сотрудничестве.
Об этом совещании позднее президент проинформировал Паасикиви и Карла Энкеля. Появилась надежда на более крупные советские уступки, но она, к сожалению, не оправдалась. Прежде чем такой договор может быть заключен — необходим настоящий мир, а его пока не было.
Для Маннергейма как президента Финляндии самым щепетильным оставался вопрос о военных преступниках и их наказании. Специально созданная комиссия и привлеченный в качестве эксперта бывший президент Каарло Юхо Стольберг заявили, что по законам Финляндии никто из государственных деятелей страны к ответственности привлекаться не может. Однако пункт 13-й соглашения о перемирии надо было выполнять. Канцлер юстиции Финляндии предложил, а правительство разработало проект закона о военных преступниках. Маннергейм, с некоторыми поправками, подписал этот закон, а парламент утвердил.
В конце апреля 1945 года генерал-полковник Жданов потребовал от Маннергейма ареста и выдачи в качестве военных преступников 22 человек русской национальности, имеющих и не имеющих финское гражданство. Одновременно министр внутренних дел, без согласия президента и правительства, арестовал этих людей, которых тайно увезли в Ленинград, где их следы и затерялись. Узнав об этом, Маннергейм предупреждает руководителей Союза бывших юнкеров Николаевского кавалерийского училища в Хельсинки Эдуарда Менда и Михаила Небо о советской опасности и помогает им скрыться.
Все эти действия «ищеек Жданова» окончательно развенчали в глазах Маннергейма «русский патриотизм» генерал-полковника, который на деле оказался пустыми словами.
Президент Финляндии, сославшись на состояние своего здоровья, отказался от всех контактов со Ждановым, поручив их премьер-министру.
6 июня 1945 года по требованию Союзной контрольной комиссии главнокомандующий Вооруженными силами Финляндии генерал от инфантерии Эрик Хейнрикс был снят со своего поста, как и генерал-лейтенант Аксель Айро.
10 августа 1945 года были восстановлены дипломатические отношения Советского Союза с Финляндией. Чрезвычайным и полномочным послом стал Павел Орлов.
13 сентября в Хельсинки были избраны 12 членов суда и назначена следственная комиссия по делам ответственности за войну. Когда Маннергейм получил для утверждения список виновников войны, он сказал: «Я не могу такого подписать. Могу только поставить свое имя первым в списке».
В четверг 18 октября 1945 года маршал Маннергейм по состоянию своего здоровья, что подтвердил медицинский консилиум, перестал выполнять обязанности президента Финляндии, возложив их на премьер-министра Паасикиви. Через четыре дня маршала в частном порядке у него дома допросили члены следственной комиссии, задав 25 вопросов.
Как президент, Маннергейм пользовался неприкосновенностью, правда, это не имело большого значения для Москвы. Однако Сталин понимал, что предать суду старого маршала — значит бросить на скамью подсудимых саму идею независимости Финляндии, а этого он не хотел.
Суд над финскими виновниками войны начался в Хельсинки на Шнельманкату в Доме сословий в четверг 15 ноября 1945 года — на следующий день после начала Нюрнбергского процесса. Во многом этот процесс был сведением внутриполитических счетов.
По доносу в Финляндии была раскрыта военизированная организация, имеющая большие склады оружия, подготовленные для ведения партизанской войны в случае оккупации страны русскими. Суду были преданы 1500 человек, во главе с ближайшим помощником Маннергейма генерал-лейтенантом Айро, который пробыл в тюрьме три года.
В больнице Красного Креста, где лежал Маннергейм, его посетил генерал-лейтенант Г. М. Савоненков, который сообщил маршалу, что он не будет привлечен к суду как военный преступник и советское руководство не требует его отставки, а тем более — ухода из политической жизни страны.
В начале осени 1945 года состояние здоровья Маннергейма резко ухудшилось. Его мучили острые боли в желудке, и он опасался, что, подобно трем своим сестрам, болен раком. Однако врачи установили, что у него язва желудка, и предложили ему отдых в Португалии. От санатория в Крыму, который ему настоятельно рекомендовал советский посол Орлов, маршал отказался. Тогда Жданов, к которому обратился Паасикиви, запретил поездку в Португалию, но через четыре часа изменил свое решение. Что произошло за это время — стало известно недавно. Барон у себя дома принял двух неожиданных посетителей — личного представителя Сталина и переводчика лейтенанта Петрова. Полковник передал Маннергейму конфиденциальное послание генералиссимуса, о котором Жданов не знал. Сталин писал, что Маннергейма не привлекут к суду как военного преступника и он может свободно ехать за границу.