Когда в сентябре 1939 года началась война, полицией безопасности Богемии и Моравии были арестованы тысячи известных чешских деятелей, большинство из которых были отправлены в концентрационные лагеря, где они были казнены или умерли от голода и пыток в гестаповских застенках.
В октябре и ноябре 1939 года чехословацкие студенты провели ряд демонстраций. Следствием этого был приказ Гитлера о закрытии всех университетов. 1200 студентов были брошены в тюрьмы, а девять студенческих руководителей демонстраций расстреляны полицией и службой безопасности. Именно Нейрат настойчиво проводил в жизнь идею ликвидации чехословацкой интеллигенции и других групп, которые в будущем могли бы оказать сопротивление германизации чешских территорий.
Основная политика протектората была направлена к единой цели: уничтожению независимости чехов как нации и присоединению их территории к империи. В развитие этой политики предусматривались меры по ассимиляции чешской нации. Она должна была проводиться путем распыления сосредоточенной в одном месте чешской национальности. Другая половина чехов должна быть лишена всяких прав, уничтожена или вывезена из страны различными способами. Их место должны были занять немцы.
Нейрат в августе 1939 года положил начало массовому террору против народов Чехословакии, это на нем лежит кровь многих тысяч женщин и мужчин, стариков и детей, убитых и замученных.
Семья Нейрата, жена и дочь Винифред фон Макензен, жили в Вюрттемберге в фамильной усадьбе в местечке Лейнфельдгоф. Дочь Нейрата родилась в Лондоне, когда ее отец, будучи молодым дипломатом, работал вице-консулом в посольстве Германии. Выйдя замуж, она стала невесткой фельдмаршала фон Макензена, который в свое время возглавлял воинские кайзеровские формирования “Мертвая голова”.
Муж дочери Нейрата тоже был дипломатом и умер в 1949 году. Всю свою энергию и активность Винифред направила на то, чтобы изменить условия содержания военных преступников в тюрьме Шпандау и добиться досрочного их освобождения. После смерти мужа ее единственной заботой стали отец, мать и усадьба в Вюрттенберге.
Имение Нейрата с домами и приусадебными постройками уютно раскинулось по берегу небольшой, стремительно текущей речки у подножия невысокого холма. В центре усадьбы возвышался огромный, богатый особняк с жалюзями на окнах. (Вскоре после войны имение было конфисковано. — М.Н.)
Стены комнат дома были увешаны фотографиями, миниатюрами и картинами, связанными с родовым древом Нейратов. Самая большая картина — портрет молодого Нейрата, когда он был дипломатом в Турции, висела в гостиной.
На террасе были развешаны охотничьи трофеи самого Нейрата, протектора Богемии и Моравии, — рожок и рога оленя с надписью: “Убит в ноябре 1940 года в Моравии” (в Моравии были расстреляны и замучены в концентрационных лагерях тысячи женщин и мужчин во время его правления).
Рядом с гостиной был большой зал для приемов с написанными в полный рост портретами Нейрата и его дочери. В углу на пьедестале был установлен бюст фрау Макензен из белого мрамора. Дочь Нейрата считала, что “было бы лучше для отца, если бы он в Нюрнберге был казнен, чем такая жизнь, какой он живет в Шпандау. Я его дочь, я люблю его и поэтому могу это сказать, зная, что это было бы справедливо… Я не защищаю его. Он совершил ошибку, был осужден и признан виновным. Никто не спорит, но мой отец такой старый и больной, что даже если и был когда-то опасен, то сейчас не может принести никакого вреда. Если бы ему разрешили вернуться домой, то за ним можно было бы установить какой-то надзор. Я знаю, что у него единственная мечта — быть рядом со своей женой, на которой он женился 52 года назад, и умереть дома”. При этом она вопреки очевидному утверждала: “Общеизвестно, что мой отец никогда не был членом какой-либо партии, он был просто немцем”.
В процессе работы Международного Военного Трибунала была полностью доказана вина Нейрата в преступлениях против мира, а также его преступная деятельность в Чехословакии. Однако смягчающим вину обстоятельством суд счел возможным признать то, что Нейрат вмешался в действия полиции безопасности и службы безопасности (СД), потребовав освобождения большого количества чехословаков, арестованных в сентябре 1939 года, и студентов, арестованных осенью того же года. Эти действия вызвали недовольство Гитлера, и Нейрат вынужден был подать в отставку. Когда отставка не была принята, он в сентябре 1941 года ушел в отпуск и с этого времени отказался выполнять обязанности протектора.