Картина "Трактористы" еще только появилась на широких экранах, когда Пырьев приступил к съемкам нового фильма - "Любимая девушка". На этот раз он решил изменить амплуа своей жены и снять ее в роли работницы московского завода (до этого Марине Ладыниной доставались роли колхозниц). Однако эта работа не принесла "звездной" паре того успеха, что сопутствовал им на двух первых картинах. Сам Пырьев объяснял это так: "Не желая долго простаивать, я взял для своей следующей постановки предложенный мне руководством киностудии готовый сценарий талантливого писателя Павла Нилина "Любимая девушка" и поступил, как впоследствии оказалось, опрометчиво... Доверившись авторитету писателя и увлекшись образным языком его произведения, я в производственной спешке не совсем разобрался в идейной сущности этого сценария, не увидел поверхностного скольжения по важной теме и целый ряд принципиальных ошибок, за что и был наказан. Фильм получился посредственный... Затрагивая ряд морально-бытовых проблем, волнующих нашего молодого зрителя, фильм не давал никакого решения этих проблем. В результате получился выстрел вхолостую, так как фильм остался в стороне от тех жгучих и насущных вопросов, которыми в то время жила, да и поныне живет, наша молодежь".
Потерпев неудачу с этим фильмом, Пырьев в 1940 году решил вновь вернуться к жанру музыкальной комедии, причем вновь из сельской жизни. Так появился фильм "Свинарка и пастух". Вот как режиссер вспоминает о том, как ему пришла в голову идея создания этой картины: "Однажды в Палехском павильоне я купил небольшую шкатулку. На ней яркими красками в иконописной манере народных художников Палеха были изображены ангелоподобный пастух, играющий на свирели, и босоногая девушка с прутиком, в сарафане, пасущая поросят... И вот все вместе - и эта шкатулка, и люди выставки (Пырьев в те дни часто бывал на только что открывшейся в Москве Выставке достижений народного хозяйства. - Ф. Р.), ее радостная, дружная атмосфера, и песни русских северных хоров, и героический труд вологодских девушек-свинарок, о которых тогда много писали в газетах, - подсказало тему, сюжет и жанр будущего фильма... Сценарий его мы написали совместно с поэтом В. М. Гусевым".
Съемки картины "Свинарка и пастух" начались в феврале 1941 года в Москве и в одной из деревень Вологодской области. Ладыниной в нем досталась главная роль - свинарки Глаши Новиковой. Кроме нее, в фильме были заняты актеры: Н. Крючков (Кузьма Петров), В. Зельдин (Мусаиб Гатуев). Последний попал в картину случайно. Пырьев собирался снять в этой роли непременно кавказца. Поэтому, когда его ассистенты сообщили, что видели в спектакле Театра Советской Армии "Генеральный консул" талантливого молодого артиста Владимира Зельдина, Пырьев от них отмахнулся. Однако ассистенты настояли на просмотре актера. Чтобы понравиться признанному мэтру, Зельдин напялил на себя огромную папаху. Пырьеву актер понравился, но он сказал: "Я не против взять тебя, но только после того, как такое же согласие дадут и наши женщины". Как гласит предание, дамы тоже оказались очарованы молодым актером и выразили ему свое полное доверие.
В мае вся съемочная группа отправилась в экспедицию на Кавказ, а точнее - к Клухорскому перевалу, в долину Домбай. В двадцатых числах июня съемки были завершены, и экспедиция отправилась в Москву. И в это время началась война. Иван Пырьев вспоминал: "Помню, двадцать второго июня, рано утром, на одной из станций после Ростова к нам в купе зашел проводник вагона и тихим взволнованным голосом сказал: "Немец на нас войной пошел..." Мы все встревожились, но не поверили. И когда немного погодя увидели на проносящихся мимо станциях толпы возбужденного народа, проводы солдат, поняли, что это правда..."
Естественно, что с началом войны ни у кого из участников съемок не возникало и мыслей, чтобы продолжить работу над картиной. Сам Пырьев отправился на сборный пункт, чтобы уйти на фронт. Однако высокое руководство решило иначе. Поэтому со сборного пункта режиссера вернули и дали указание: фильм закончить как можно скорее и выпустить на экран.
"Свинарка и пастух" появился в прокате в ноябре 1941 года, когда самого "Мосфильма" уже не было в Москве: картину сдали 12-го октября, а 14-го киностудия эвакуировалась в Казахстан. Стоит отметить, что в отличие от зрителей, которые приняли фильм с восторгом, коллеги Пырьева и Ладыниной оценили его скептически, назвав лубком, деревенским балаганом и дешевым зрелищем. Лишь только один А. Довженко прислал создателям фильма телеграмму с поздравлением: "Вы сделали восхитительную картину. Благодарю и поздравляю. Довженко".