Заменив Лафайета на посту командующего северной армией, Дюмурье предпринял первые дипломатические шаги в переговорах с Пруссией в надежде разрушить Австрийский альянс. Судьба короля и его семьи зависела от переговоров, которые начались 21 сентября. 23 сентября в части генерала Келлермана Дюмурье принял пруссака Манпггейна, который уведомил его, что король Пруссии готов подписать мир лишь в случае, если во Франции вновь установится монархия. Было решено объявить перемирие, хотя Дюмурье не имел никакого желания уступать Пруссии. Его помощник встретился с самим Брунсвиком. Генералиссимус заявил, что очень обеспокоен судьбой короля и его семьи, и пообещал реставрацию монархии или хотя бы нормальное положение для королевской семьи, чего достаточно, чтобы положить конец войне между Францией и Пруссией. Конвент ничего и слышать не желал о реставрации монархии, так что война продолжалась. Людовик XVI оставался заложником, однако вопроса о переговорах с врагом по поводу его освобождения больше не возникало.
Король и его семья отныне считались политическими преступниками, их вина с каждым днем становилась все тяжелее. 29 сентября им передали решение о переводе короля в тюремную башню. На следующий день Марии-Антуанетте не разрешили ужинать с мужем. После долгих просьб королева получила разрешение находиться вместе со своей семьей, по крайней мере, на время обеда. Через три недели уже всех узников перевели в тюремную башню. Новые апартаменты состояли из двух этажей, первый и второй в общей сложности по четыре комнаты, меблированные довольно просто. Обои в гостиной навевали мысли о тюрьме. Окна забраны толстыми решетками, тяжелые занавеси совсем не пропускали воздух. Несмотря на печное отопление, там было холодно, и король заболел. Королева и Елизавета ухаживали за ним вместе с Клери, пока тот тоже не свалился. Женщинам добавилось работы.
Новый муниципалитет, избранный 2 декабря, ужесточил содержание заключенных. У них отобрали ножи, ножницы и все режущие предметы. Несмотря на строгий контроль и притеснения властей, королевская семья получала известия, которые их вовсе не радовали (эвакуация союзных войск из Лонги и Вердена, оккупация Майнца и Франкфурта французскими войсками). А вот о том, что Конвент готовил процесс над Людовиком XVI, они не знали. В то время, как депутаты обсуждали правомочность этого процесса, Ролан, министр внутренних дел, заявил, что он неизбежен. Во дворце Тюильри, в апартаментах короля, он нашел тайник с компрометирующими документами, в частности письма Мирабо. Документы доказывали, что Людовик XVI предпринимал подрыв революционной политики. Они доказали отношения короля с эмигрантами и тайные переговоры с Австрией. Итак, положение короля, мягко выражаясь, ухудшилось. 3 декабря Конвент принял решение вызвать Людовика XVI на заседание. Была организована комиссия по расследованию «преступлений» Людовика, которые легли в основу обвинения. Таковы были новости, которые Клери передал своему хозяину. Ни король, ни королева не подозревали, что на процессе Конвентом будут поставлены политические и юридические вопросы. Они вообще ничего не знали о желаниях Конвента в том декабре 1792 года.
11 декабря с 5 часов утра послышался шум. Король, королева и Елизавета поняли, что процесс начался. Завтрак прошел в полной тишине под неусыпным надзором стражей. Людовик XVI и его близкие смогли переброситься лишь несколькими словами. Дофинчик с умилительным выражением лица попросил отца поиграть с ним. Король согласился, однако идиллия длилась недолго. За Людовиком пришли. Ребенка отвели к матери. Король должен был подчиняться мэру Парижа, который сопровождал его до Конвента. Марии-Антуанетте было объявлено лишь, что ее муж отправился на заседание Конвента. Вечером, несмотря на выраженный королем протест, ему запретили вернуться к жене и детям. Мария-Антуанетта ничего не знала из того, что происходило в Собрании. Все следующие дни короля по-прежнему запирали в его комнате, не давая возможности перемолвиться словом с близкими. Клери отчаянно пытался узнать хоть что-нибудь. Правдами и неправдами ему удалось передать несколько записок. 14 декабря Мария-Антуанетта узнала, что король встречался с Малезербом. Только и всего. С тех пор как короля заперли, у королевы часто случались нервные припадки, она часами плакала навзрыд, не имея возможности взять себя в руки. Клери удалось поговорить с королем и он изо всех сил старался убедить Марию-Антуанетту, что депутаты заинтересованы в депортации короля в какую-то нейтральную страну, например Испанию. 19 декабря Людовику XVI было разрешено встретиться с дочерью по случаю ее дня рождения. Принцессе исполнилось 14 лет. Первого января преданный Клери от имени короля пожелал всей семье счастливого Нового года…