Королеву парализовали страх и непроходящая тревога. Она знала, что 26 декабря короля допрашивал Конвент и суд был неминуем. Так получилось, что Людовик сообщил ей о наказании, которому он будет подвергнут. Королева ожидала этого, тем более, что вечером 20 января 1793 года ей было, наконец, разрешено встретиться с ним, мадам Елизаветой и ее детьми. Все бросились в объятия короля: несколько минут никто не мог произнести ни слова из-за непрекращающихся рыданий. Наконец, они успокоились и в течение двух часов разговаривали полушепотом. Тюремщики, следившие за ними через стеклянную дверь, ничего не могли услышать. В четверть одиннадцатого король встал. Людовик XVI и Мария-Антуанетта, каждый держал дофина за руку. Принцессы обняли их. Все плакали. «Уверяю вас, — сказал им король, — завтра в девять утра я снова увижу вас». «Вы обещаете?» — в один момент, не сговариваясь, спросили они все вместе. — «Да, я обещаю». — «Почему не в семь часов?» — спросила королева. «Ах, да! Ну, конечно, в семь часов, — ответил король. — Прощайте». Он обнял их всех и ушел в свою комнату. Рыдая, принцессы разошлись по своим комнатам. Дрожа от ужаса, Мария-Антуанетта легла спать, не раздеваясь. С шести утра она ждала, что за ней придут, чтобы отвести ее к королю. Но никто не пришел. Аббат, который был с королем в последние минуты его жизни, посоветовал ему не встречаться с семьей. Это было бы ужасно! Послушав своего исповедника, король позвал к себе Клери: «Скажите королеве, моим любимым детям и моей сестре, что я обещал встретиться с ними утром, но я хочу избежать страданий от этой ужасной разлуки; сколько же это стоит мне — уехать и не проститься с ними, не обнять их в последний раз. […] Я поручаю вам… попрощаться с ними от моего имени». Он отдал ему шейный платок для сына и обручальное кольцо — для жены. «Скажите ей, я оставляю ее с большой мукой в сердце», — добавил он. И срезал локон — Марии-Антуанетте. Клери удалось обмануть охрану и передать послание короля.
Людовика XVI увезли на эшафот. Закрылись ворота, и королева уже больше никогда не увидела своего мужа. В Тампле, как обычно, подали обед. Молодые принцессы и дофин не могли прикоснуться к еде, несмотря на просьбы матери. Они застыли в ожидании известий. Ворота открылись и прошелестели колеса, им сообщили, что короля казнили, ему отрубили голову. Королевскую семью охватило полное отчаяние. Но спустя несколько минут королева встала на колени перед сыном и благословила его наследовать престол как Людовик XVII.
После смерти короля Мария-Антуанетта, казалось, тоже ушла из жизни. Она отказывалась от пищи, не выходила на прогулку. Частые приступы измучили ее, ее невозможно было узнать. Тридцатисемилетняя королева превратилась вдруг в дряхлую больную женщину. Один из тюремщиков был тронут ее горем настолько, что постоянно убеждал ее выходить на прогулки. Так как для нее было невыносимо спускаться во двор и проходить мимо двери в покои Людовика XVI, то, когда был на посту, он выводил ее по галерее, ведущей на вершину башни. Туда приводили детей и золовку. Она сидела на стуле, отрешенно и безучастно.
Во время процесса над королем никто не задавался вопросом о королеве. Жирондисты, получив власть, казалось, хотели всеми силами избежать этого. После казни Людовика XVI о королевской семье вообще забыли. Однако в глазах многих номинально она оставалась главой Франции. Обмен ее, о котором говорили иностранные державы, казался в общем, не обязательным. Ни император, ни другие монархи, слишком занятые созданием коалиции против республики, не думали о будущем королевы и ее детей. Один лишь Ферзен пе переставал беспокоиться о ее жизни. 26 января прошел ложный слух об убийстве не только короля, но и всей его семьи. «О! Не оставляйте меня, пишет Ферзен сестре Софии. — Единственное мое счастье, та, ради которой я живу… Да, любимая моя Софи, я никогда не переставал любить ее, я дал бы ей сотню жизней… […] Никогда ее образ не исчезнет из моей памяти».