Дампьер, сменивший бежавшего к австрийцам генерала Дюмурье, предложил князю Саксен-Кобургскому обменять королеву и ее сына на пленных французских комиссаров и начать переговоры. Князь отказался, сославшись на то, что не знает, какая власть сейчас во Франции и сколько она продержится. В дело вмешался Мерси, попытавшийся найти поддержку у других генералов антифранцузской коалиции, но столь же безрезультатно.
3 июля согласно постановлению Конвента Луи Шарля забрали у матери. Несмотря на запись в журнале Тампля, что сына разлучили с матерью «со всем возможным мягкосердечием», Мадам Руаяль писала, что брат плакал и цеплялся за мать, а королева умоляла убить ее, только не забирать сына, и не выпускала его из объятий до тех пор, пока сторожа не пригрозили застрелить его. Мадам Елизавета и Мадам Руаяль одели мальчика (дело происходило после девяти вечера, когда Луи Шарль уже лежал в кровати), он со слезами расцеловал всех и, не переставая плакать, пошел за комиссарами. Королева попросила дозволения видеться с сыном хотя бы за трапезами, и ей обещали передать ее просьбу в комитет, но, видимо, позабыли. Мальчика отдали на воспитание, а точнее, на перевоспитание сапожнику Симону, велев ему «сделать из маленького Капета доброго санкюлота». О трагической судьбе Людовика XVII написано немало книг; историки в основном сходятся на том, что голод и дурное обращение сделали свое дело: 8 июня 1795 года в Тампле ребенок скончался от туберкулеза. Легенда же гласит, что друзья королевы сумели устроить ему побег…
После разлуки с сыном Мария Антуанетта, вся в черном, превратилась в тень, а когда дочь или Мадам Елизавета пытались растормошить ее, лишь глубже замыкалась в себе. Предполагают, что авантюрист и темная личность барон де Батц пытался освободить королеву, направив при содействии тюремного администратора Мишони своих людей в Тампль, чтобы те под видом патруля вывели узниц из башни, но предупрежденный анонимной запиской сапожник Симон (тот самый, которому передали маленького Луи Шарля) сорвал этот план. Есть основания считать, что преданные королеве люди начинали переговоры о спасении королевы с Дантоном, но тоже безуспешно, ибо Марию Антуанетту охраняли столько людей, что вождь революции побоялся, как бы его причастность к такому предприятию не стала достоянием гласности. Убедившись, что королева как заложница ценности не представляет, якобинцы решили начать процесс. 1 августа Барер, поднявшись на трибуну Конвента и разоблачая «заговор монархов Европы», воскликнул: «Неужели мы забыли о преступлениях Австриячки, неужели наше равнодушие к семье Капет ввело в заблуждение наших врагов? Настало время истребить все побеги королевской власти!» Депутаты единогласно постановили: «Марию Антуанетту предать суду чрезвычайного трибунала; немедленно перевести означенную Антуанетту в Консьержери». В то время тюрьму Консьержери называли «прихожей гильотины».
В ночь на 3 августа узниц Тампля разбудили и зачитали им декрет Конвента, согласно которому по требованию прокурора Коммуны королеву переводили в Консьержери, где ее ждал суд. Как писала Мадам Руаяль, королева с невозмутимым видом выслушала комиссаров и быстро собрала свой нехитрый скарб. Одеваться ей пришлось под бдительным оком сторожей и комиссаров Коммуны. Когда она оделась, ее обыскали, забрали все мелкие вещицы, оставив только носовой платок и флакон с нюхательной солью. Прощаясь с дочерью, Мария Антуанетта велела ей слушаться тетку как вторую мать. Обнимая Елизавету, она поручила ей детей. Потом, резко повернувшись, быстро зашагала к двери. Выходя из комнаты, она, забывшись, ударилась головой о притолку, а на вопрос сторожа, не больно ли ей, ответила: «Мне уже ничто не может причинить боль».
Консьержери разительно отличалась от Тампля. В Тампле, кроме королевской семьи, иных узников не было; Консьержери наводнял самый разный люд, оттуда уводили на допросы и увозили на площадь Республики очередных жертв гильотины, по коридорам сновали писцы и канцеляристы, бродили посетители, словом, стоял постоянный гомон. Для королевы наспех подготовили камеру (бывшее помещение заседаний совета), состоявшую из двух небольших комнат, в одной из которых поместили двух караульных. Жена тюремщика мадам Ришар, предупрежденная о прибытии королевы, с помощью молоденькой служанки Розали Ламорльер сумела раздобыть складную кровать и новое постельное белье; Розали отдала свою подушку с кружевами, и обе женщины ужасно переживали, что королева окажется в совершенно неподходящих для нее условиях. Караульные оказались вполне добродушными, но, конечно, их постоянное присутствие удручало королеву. Во всех камерах старинного, расположенного на берегу реки тюремного замка было сыро. Заполняя свои дни, королева читала все, что приносила ей сострадательная мадам Ришар. Особенно королеве нравилось читать о путешествиях, и она читала так долго, как позволял сочившийся в окна свет. От долгого чтения при плохом освещении у нее краснели глаза, ухудшилось зрение. Здоровье ее также оставляло желать лучшего; особенно мучили ее частые и обильные кровотечения, справляться с которыми при практическом отсутствии гигиенических принадлежностей (самых обыкновенных тряпок) было крайне сложно. Как и прежде, вставала она около семи, потом, насколько позволяли обстоятельства, приводила себя в порядок. У нее сохранились пудреница с пуховкой и баночка с помадой, и Розали принесла ей коробку, чтобы она могла сложить в нее свои вещицы. Платьев у Марии Антуанетты осталось всего два — черное и белое. Она научилась ловко причесывать волосы, слегка их припудривая. Ей запретили иметь иголки, так что заниматься любимым рукоделием она не могла. Тогда она сплела шнурок из толстых ниток, надерганных из старого гобелена, висевшего на стене для защиты от сырости. Еда, которую приносила ей мадам Ришар, была свежа и вполне съедобна: на обед — суп, вареное мясо, тушеные овощи, жаркое, десерт; на ужин — жаркое или котлеты и то, что осталось от обеда. Пишут, когда Розали, покупая на рынке продукты, говорила, что отбирает их для королевы, торговки предлагали ей самое лучшее: они не держали зла на королеву и очень ей сочувствовали. Мария Антуанетта никогда не была набожной, но после смерти мужа стала проводить много времени в благочестивых размышлениях. Она не расставалась с висевшим у нее на шее медальоном, где сохранились миниатюрный портрет сына и локон его волос. Розали вспоминала: о чем бы ни говорили с королевой, та всегда отвечала ровно, не выказывая ни волнения, ни горечи. Но о детях она не могла говорить спокойно и тотчас начинала плакать. Когда однажды мадам Ришар привела с собой сына, который был примерно одного возраста с Луи Шарлем, королева разрыдалась и принялась осыпать его поцелуями. К королеве часто приходили посетители: и супруги Ришар, и караульные (скорее всего, не бесплатно) пускали сочувствующих и любопытных посмотреть на необычную узницу. Говорят, ее дважды тайно посетил неприсягнувший священник аббат Шарль Маньен, он исповедал королеву и даже отслужил мессу. Но, вероятнее всего, королеве удалось получить духовное утешение от кого-то из содержавшихся в тюрьме неприсягнувших священников.