Мария встретилась с матерью 25 сентября 1550 года, а в октябре прибыла в Руан в составе королевского кортежа, прибывшего ради устроенной Генрихом II entrée joyuse, чтобы ознаменовать возвращение Булони Франции и окончательное умиротворение Шотландии, что означало вывод французских войск и экономию значительных средств. Но даже без этого желанного довеска Мария де Гиз и ее дочь были почетными гостями. Однако теперь дочь затмевала мать. Марии было семь лет и десять месяцев, и она была высокой для своего возраста, так что портной Никола де Монсель снабдил не по годам развитую девочку нарядами из фиолетового, алого и желтого бархата, голландского полотна, белого и синего венецианского атласа, фиолетовой и черной тафты, а также розовыми и белыми чепцами и расшитыми передниками, надевавшимися поверх юбок из серебряной парчи. Мария блистала шелками и драгоценностями, сидя по правую руку от Генриха II на королевских подмостках, пока перед ними шла процессия, возглавлявшаяся магистратами Руана. Проходя мимо, они обнажали головы и кланялись. За ними следовали две тысячи солдат, охранявших оборванных и закованных в цепи английских пленников — этими «пленниками» скорее всего были горожане Руана, переодетые в новенькие «лохмотья». Четыре слона, сооруженных из дерева и холстины, везли на спинах горшки с пылающими углями, а их окружали римские гладиаторы, склонявшиеся в поклоне перед огромной платформой, которую влекли украшенные плюмажами лошади. На ней везли «Генриха» и его «семью» — горожан-добровольцев, тоже украшенных перьями. За ней следовала платформа, которую тащили крылатые лошади; на ней стояли фигуры Славы и Победы. Античные воины несли модели фортов Булони и Кале и огромные стяги, на которых художники изобразили Хаддингтон, Данди и замок Брути. Наконец, там был плавучий остров, на котором обнаженные «бразильские» туземцы — жители Руана, выкрашенные в розовый цвет, — подобающим образом покорились французским солдатам. (Генрих желал основать колонию в Бразилии, и в 1555 году адмирал Вильгеньон отправится в неудачную экспедицию к нынешнему Рио-де-Жанейро.) Было организовано и потешное морское сражение на Сене, а в соборе исполняли торжественный гимн «Тебя, Господи, славим». Генрих II и Мария наслаждались каждой минутой праздника. На следующий день представление повторили для королевы Екатерины, однако на этот раз оно было омрачено, так как один из кораблей пошел ко дну и изображавшие моряков актеры утонули в быстрых водах Сены.
Именно во время визита матери — на стоянке в Амбуазе — Мария впервые почувствовала опасность. Роберт Стюарт, один из лучников шотландской гвардии, был беглым пленником, некогда захваченным после осады замка в Сент-Эндрюсе. Он изменил имя и теперь имел доступ в королевские покои в Амбуазе. Он попытался отравить еду Марии, но попытку раскрыли. Стюарт бежал в Англию, однако его схватили и вернули во Францию, где он под пыткой признался в преступлении и был казнен. Марии не сообщили о случившемся, но усиленная охрана замка и расходившиеся по дворцу слухи, несомненно, заинтриговали юную королеву и возбудили ее любопытство.
Более мрачная нота прозвучала, когда в Амьене скончался сводный брат Марии — пятнадцатилетний Франсуа, герцог де Лонгвилль, пославший в свое время матери веревку с узлом, демонстрировавшим, насколько он вырос. Мария де Гиз ухаживала за ним в его болезни, а его смерть разбила ей сердце. Мария теперь стала ее единственным ребенком, а королеварегентша знала, что ей вскоре придется покинуть Францию и свое единственное дитя. Раздавались плохо завуалированные намеки на большие расходы на содержание ее шотландской свиты при королевском дворе, и поздней осенью 1551 года она уехала, пролив при расставании с дочерью немало слез. Мария де Гиз могла остаться в семейном доме в Жуан вилле и даже подумывала о том, чтобы удалиться в монастырь. Однако она сознавала, что ее долг — от имени дочери править Шотландией.
Мария Стюарт больше никогда не увидит свою мать.
Дофина Мария вела жизнь кочевницы, она постоянно перемещалась между королевскими дворцами. Но в целом все детские воспоминания Марии были связаны с дворцом Сен-Жермен, а Шотландия на расстоянии постепенно забывалась. Сен-Жермен находился достаточно близко от Парижа, чтобы Генрих II мог заниматься делами, но и довольно далеко от столицы, в приятной сельской местности; так же и в Шотландии дворец Линлитгоу находился на удобном расстоянии от Эдинбурга. Мария с энтузиазмом принимала участие в сен-жерменских маскарадах. Там она, одетая дельфийской сивиллой, обещала дофину любовь и счастье, когда станет королевой Британии, вызывая снисходительные аплодисменты двора. Поощрять ее династические амбиции начали очень рано.