Мария получила и образование, подобающее принцессе королевского рода. По приказу Генриха Екатерина позаботилась о том, чтобы Мария училась вместе с королевскими детьми у тех же наставников, Клода Милло и Антуана Фокелена, а духовные наставления были вверены Пьеру Лавану и Жаку Амио. На попечении собственного капеллана Марии Гийома де Лана находилась ее утварь для причастия, перевозившаяся за ней повсюду, где бы она ни пожелала посетить мессу. Таким образом старались избежать заражения, которое оказывалось возможным, если бы королева принимала причастие из общей чаши. Узкий круг придворных Екатерины Медичи придерживался строгих моральных принципов по сравнению с распущенностью двора Франциска I, и на случайные любовные интрижки здесь посматривали косо. Иметь постоянную любовницу — как в случае Генриха II — считалось приемлемым, но беспорядочные кратковременные связи воспринимались как вульгарная аморальность.
При дворе Мария теперь свободно говорила по-французски, с детской легкостью освоила итальянский и испанский и с несколько большими затруднениями — латинский и греческий. В двенадцатилетнем возрасте она писала латинские «сочинения» на заданные темы, имевшие форму писем — около ста слов в каждом — к «сестре» и лучшей подруге Елизавете, старшей дочери Генриха II. Эти письма полны классических аллюзий и выглядят так, словно вышли из-под пера ученого, прочитавшего все труды Цицерона, Платона и Плутарха, а также диалог Diluculum Эразма[22] и менее известные труды Полициана[23]. В целом главной темой сочинений было восхваление классического образования для женщин. Однако латинский текст, написанный четким почерком Марии, располагается с одной стороны листа, а с другой его стороны — французский текст, написанный кем-то иным. Предполагается, что французский текст был написан наставником, а Мария просто перевела его на латынь в качестве упражнения. Вряд ли ребенок, даже исключительно одаренный, мог в двенадцать лет похвастаться начитанностью, необходимой, чтобы самостоятельно писать такие сочинения.
Мария произнесла перед двором латинскую речь «собственного сочинения», к чему ее, несомненно, готовили учителя. Здесь избранным ею — или, что более вероятно, для нее — предметом была апология права женщин на образование. Льстец Брантом писал, каким чудом было «видеть, как ученая и прекрасная королева декламировала на латыни, языке, который она прекрасно понимала и на котором превосходно говорила». Маловероятно, впрочем, что он сам при этом присутствовал. В более поздние годы Мария, когда ей приходилось говорить на латыни, использовала переводчика; она не была любительницей учености как таковой. Кузина Марии, Елизавета Тюдор, прекрасно владела латынью и свободно говорила на греческом. По сравнению с ней Мария была просто добросовестной ученицей.
Однако Мария была покровительницей поэзии и поддерживала молодых поэтов, наводнявших двор в надежде получить заказ. Они отвергли классический стиль римских и греческих поэтов и ратовали за стихи, написанные на французском языке, достаточно гибком для отражения как светских, так и духовных тем, способном донести чувства до простых людей. Кружок семи поэтов, именовавших себя Плеядой (по названию группы из семи звезд), возглавляли Пьер де Ронсар и Жоашен дю Белле. Любопытно — учитывая то, что они отвергли античные образцы, — что они взяли себе то же имя, что и группа греческих поэтов, творивших в Александрии в III веке до н. э.
Ронсар некогда был пажом при дворе Мадлен, трагической королевы Якова V, а дю Белле сопровождал Марию по пути из Шотландии. Теперь оба они посвящали стихи молодой королеве. Так она и росла, привыкая к обожествлению поэтами.
Мария училась вышивать — к этому занятию на протяжении своей жизни она обращалась многократно. Она уже умела шить и вязать, и в 1551 году для нее заказали шерсти на 32 соля. Она училась музыке, играла на гитаре и вместе с сестрами-принцессами распевала псалмы Маро. Клеман Маро был поэтом и переводчиком псалмов на французский язык. Их положили на музыку Клод Гудимель и Луи Буржуа. Мария также училась «дамской» кулинарии — изготовлению варенья и засахаренных фруктов, прежде всего пирога с сахаром, корицей и молотыми фиалками — и вместе с другими принцессами разыгрывала роль простой горожанки, занятой стряпней.
Французский историк Мезере в XVII веке суммировал все то, что французские придворные и народ думали о Марии Стюарт: «Природа наделила ее всем необходимым для совершенной красоты. Помимо этого она была любезна, обладала хорошей памятью и живым воображением. Все эти природные качества она старательно усовершенствовала изучением наук и искусств, особенно живописи, музыки и поэзии, так что казалась самой любезной принцессой христианского мира». В 1551 году у этой любезной принцессы было шестнадцать платьев из разных тканей, от серебряной парчи до простого атласа, шесть хлопковых фартуков, три юбки из разных тканей, три чепца, две юбки с фижмами, две верхние юбки, накидка и меховая муфта. Ее меховщик Жеан дю Шовре присматривал за принадлежавшими ей собольими и волчьими шкурами, а вышивальщик Пьер Дожон пришивал к ее одежде изготовленные ювелиром Матюреном Люссо пуговицы из золота с черно-белой эмалью — геральдическими цветами Дианы де Пуатье, сортировал ее золотые цепи и воротники, а также распоряжался ее золотыми поясами, украшенными белой и красной эмалью. У Марии было так много нарядов и драгоценностей, что для их перевозки во время путешествий изготовили три латунных сундука. Другие принцессы не могли похвастаться такой роскошью, но поскольку не имели такого высокого ранга, то, казалось, не проявляли зависти. Находясь дома, Мария порой играла с дофином в карты и однажды выиграла у него незначительную сумму в 79 солей и 6 денье, а в другой раз, вспомнив совет Дианы де Пуатье, мудро проиграла ему 45 солей и 4 денье.