Екатерина конечно же стремилась взять воспитание королевских детей под собственный контроль, а Генрих, естественно, не желал нести расходы на содержание двора Марии. Шотландцы тоже не рвались платить за содержание отсутствующей королевы, ежегодные расходы которой составляли около 12 тысяч шотландских фунтов, почти половину всех доходов короны. Даже эта сумма не включала расходы Марии на лошадей и конюшни.
В конце концов Мария де Гиз убедила шотландцев продолжать выплаты, и 1 января 1554 года двенадцатилетняя Мария написала матери, что теперь у нее есть собственный двор и что она пригласила к обеду дядю Шарля, кардинала Лотарингского. Ему принадлежал решающий голос в ее воспитании, он был и ее духовным наставником. Мария присутствовала на мессе, которую он служил в ее часовне в сопровождении изысканной духовной музыки Жака Аркаделя. Однако Мария не получала от своих дядей никаких политических уроков. Они смотрели на нее просто как на ключ, который в один прекрасный день откроет семье Гизов путь к власти, carte d'entrée[24] к королевской власти.
Партия Гизов, и прежде всего Франсуа, герцог де Гиз, уже объединилась с Екатериной Медичи в своей враждебности к коннетаблю Монморанси, союзнику Дианы и фавориту Генриха II. Теперь, когда у Марии появился собственный двор, они могли использовать ее в открытых распрях. Кардинал Лотарингский всегда оказывался рядом с ней, чтобы дать совет, а благодаря этому вся семья Гизов усиливала свои и без того влиятельные позиции. Мария по наивности надеялась усидеть на двух стульях и уверяла мать в том, что и дяди, и Диана де Пуатье заботятся о ее интересах. Заставив признать свою племянницу совершеннолетней в возрасте «одиннадцати лет и одного дня», кардинал стал приводить в исполнение план по усилению влияния Гизов в Шотландии. Он был очень прост: поскольку Мария являлась теперь правящей королевой, отпадала нужда в Шательро, делившем полномочия регента с Марией де Гиз. Теперь Мария де Гиз могла править одна от имени дочери. Так как мудрый Генрих II совсем не доверял Шательро, он оказал плану поддержку, и в апреле 1554 года Мария де Гиз стала единственной регентшей. По совету кардинала Мария послала матери пустые листы со своей подписью: «MARIE». Эту подпись она ставила на протяжении всей жизни — всегда большими буквами и всегда с французским правописанием.
Во Франции Мария теперь могла сама выбирать себе опекунов, и никого не удивило, что она предпочла своих дядей Гизов и короля. Таким образом, семья Гизов по влиянию уступала лишь правящей династиии Валуа. Она написала матери: «Уверяю Вас, Мадам, ничто, от Вас исходящее, не будет мною обнародовано».
Траты Марии, однако, продолжали расти, а поскольку она и сама росла, ей требовались новые платья, в том числе и парчовые. Затем, к ужасу своей домоправительницы мадам де Паруа, Мария собралась отдать некоторые старые платья своим теткам, аббатисам монастырей Сен-Пьер и Фармутье, чтобы их разрезали и использовали как расшитые алтарные покрывала. Этот конфликт пришелся на конец 1555 года, и Мария рассказала о нем матери в письме от 28 декабря. Мадам де Паруа пришла в ярость, так как продажа обносков из королевского гардероба являлась одним из источников дохода королевских слуг. Мать или кардинал могли убедить Марию в том, что она — тринадцатилетний ребенок — превышает свою власть, но она знала, что правящей королеве нельзя противоречить. Поэтому она изложила свою версию истории как невинная сторона, оболганная прислугой, и мадам де Паруа после определенного нажима оставила свой пост. Первым случаем употребления Марией власти стал мелкий злобный выпад против беззащитной прислуги.
Мария ответила на жалобы мадам де Паруа утверждением своей королевской власти, но если бы ее приказ проигнорировали, она не знала бы, что делать. Тактикой Дианы де Пуатье было бы убедить кардинала в том, что ее желание — это и его желание тоже, и он бы уволил мадам де Паруа от ее имени. У Екатерины Медичи в запасе оказалась бы давно заготовленная альтернатива на случай конфликта. Поступок Марии был скорее детским капризом и привел ее к тяжелой болезни. Это часто происходило в случаях, когда ей противоречили; болезнь выражалась в приступах рвоты, головокружениях, глубокой депрессии и слезах и длилась от нескольких дней до нескольких недель. Ее обычно крепкое здоровье не выдерживало столкновения с реальностью, разрушавшего хрупкий придуманный мир сказочной принцессы. Впрочем, в данном случае — в 1556 году — она, похоже, заболела лихорадкой, представлявшей собой периодически возвращавшуюся летнюю лихорадку, сходную с малярией. Позднее она заболела оспой — серьезному риску подверглась не только ее жизнь, велики были шансы навсегда остаться обезображенной. Однако Екатерина Медичи вверила будущую невестку попечению личного врача, доктора Фернеля, который вылечил Марию, сохранив ее красоту.