Джон несколько раз ездил в Пальмиру, погода была промозглая, он заболел пневмонией и умер 24 марта. Здоровье его всегда было слабым, а медицина, особенно фармакология, находилась в зачаточном состоянии и «лечила» преимущественно ядами: Джон много лет принимал «пилюли Кука», которые могли убить любого здоровяка, так как содержали хлорид ртути. По воспоминаниям Твена, близости с отцом у него никогда не было: они «едва замечали существование друг друга» и «соблюдали вооруженный нейтралитет». (Известную фразу «Когда мне было 14, мой отец был так невежествен, что я едва мог его выносить, но когда мне стукнуло 21, я удивился, обнаружив, как поумнел старик за эти семь лет» ему приписывают ошибочно.) Ничего плохого отец ему не делал, почти не наказывал, но мало, как казалось Сэму, им интересовался. Но теперь ребенок испытал очередной приступ раскаяния: и в этой смерти был виноват он, холодно относившийся к отцу.
Врач произвел вскрытие. Некоторые изыскатели предполагают, что этого требовала вдова, подозревавшая у мужа сифилис или наркоманию. Это перенос современных представлений на прошлое: тогда вскрытия полагались независимо от того, по какой причине человек умер, нет никаких подтверждений тому, что Клеменс страдал венерическим заболеванием, а о наркомании никто не слыхивал, ибо до начала XX века все нынешние наркотики считались лекарствами. Орион наблюдал за процессом, и Сэм, как считают многие, тоже: существует дневниковая запись от 10 октября 1903 года, где говорится, что в 1847-м он «подсмотрел через замочную скважину, как вскрывали моего дядю», а никакой дядя у него в том году не умирал — только отец. Как это любопытство согласуется с раскаянием и жалостью? Да прекрасно согласуется — у детей.
14 апреля Сэма отдали в школу Доусона, скучного педагога — похожий описан в «Томе Сойере». Там он «впервые увидел евреев и с трудом преодолевал страх перед ними», обзавелся близким другом, Джоном Бриггсом, положил глаз на семнадцатилетнюю Мэри Нэш, а также безуспешно подговаривал приятелей бежать на войну с Мексикой — из-за Техаса, который в 1836 году отделился от Мексики. (Войну США выиграли и получили лишний штат, но, поскольку он был рабовладельческим, раскол в Союзе усилился.) Доучиться ему не удалось. Орион и Памела, преподававшая музыку во Флориде и Париже, присылали деньги, Джейн пускала жильцов, но на жизнь не хватало, летом и двенадцатилетнему Сэму пришлось работать: учеником приказчика, кузнеца, аптекаря. «Лекарства, которые я составлял, оказались не особенно удачны, в результате на слабительные был больший спрос, нежели на содовую воду, и мне пришлось уйти». Осенью и зимой он ходил в школу урывками, потом переболел корью, а весной 1848 года мать решила, что пора ему приобрести профессию.
В Ганнибал переехал из Пальмиры Джозеф Эмент, издатель газеты «Миссури курьер»; он купил «Ганнибал газетт», объединил издания и назвал новую газету «Ганнибал курьер». Сэма взяли учеником наборщика, без оплаты, но можно было жить и столоваться в доме Эмента. Ко всеобщему удивлению, работал он лучше взрослых: внимательный, выносливый, руки ловкие, соображает быстро. В 1849-м он окончательно бросил школу — с грехом пополам окончивший шесть классов, он один из самых «необразованных» великих писателей. Но когда исчезло принуждение к учебе — появился интерес. По собственной инициативе брал уроки немецкого у местного сапожника, пытался учить французский, читал Дефо, Сервантеса, Диккенса, увлекся средневековой историей и Жанной д'Арк.
В пресвитерианской церкви к тому времени сменился проповедник — новый, Джозеф Беннет, был аболиционистом, и Сэм впервые задумался о рабстве. Религиозная жизнь Ганнибала бурлила: помимо трех обычных церквей имелись масонские ложи и общины нетрадиционных религий — евангелисты, проповедовавшие на улице, спиритуалисты, кэмпбеллиты, которые верили, что спасти душу может любой человек, а ребенок до тринадцати лет не может быть грешником, ибо не отличает дурное от хорошего; наслушавшись их, вспоминал Марк Твен, «все спасли свои души за неделю, кроме меня». Были жуткие случаи: в неоконченном фрагменте «Сельские жители в 1840–1841» Твен вспоминает человека, отрубившего себе руку «за то, что она согрешила», но в целом атмосфера была терпимой, и подросток ходил слушать всех проповедников по очереди, пока не встретил богохульника, затмившего их всех, — восемнадцатилетнего Уэйлса Маккормика, одного из учеников Эмента (типографскому рабочему было трудно почитать Бога: в одном месте печатались брошюры для всех церквей, яростно поносивших друг друга); набирая проповедь, Маккормик для экономии места обозначил главное действующее лицо инициалами «И. X.», а когда заказчик возмутился, исправил на «Иисус Н. Христос».