В том же 1800 году в книжных лавках появился анонимный роман под названием «Золоэ и две ее приспешницы», в котором в слегка завуалированной форме подавалась сатира на Наполеона Бонапарта, его жену Жозефину и их окружение. Автора не нашли, но вспомнили о самом знаменитом «анониме» — гражданине маркизе де Саде. 6 марта 1801 года в контору издателя Николя Массе, куда де Сад пришел, прихватив с собой рукопись «Новой Жюстины», ворвалась полиция и устроила там настоящий разгром. Судя по обрывкам фраз, полиция получила приказ найти рукописи именно гражданина де Сада. Приказ был выполнен: помимо крамольных рассказов о двух непохожих сестрах были найдены еще несколько сочинений, принадлежавших тому же автору: «Французский Боккаччо», «Развлечения либертена, или Девятины Киферы», «Мои причуды, или Всего понемножку». В дальнейшем часть этих рукописей была затеряна, часть уничтожена полицией. Верный своей политике, де Сад гневно опровергал авторство «Жюстины», а когда ему указали на сходство почерка, заявил, что выступил в роли переписчика, чтобы заработать денег. Ответ не убедительный: аристократ, сочинитель — и вдруг берется из-за денег переписывать чужие труды? Тем более что к этому времени материальное положение де Сада было вполне удовлетворительным: они с Констанс жили в собственном доме в Сент-Уэне, небольшом городе близ Парижа. Дом, купленный де Садом на один из гонораров, был записан не на него, а на гражданку Мари-Констанс Кене — из соображений конспирации, чтобы Рене-Пелажи не проведала об увеличившихся доходах бывшего супруга и вечного должника.
Объяснения де Сада приняты не были, полиция арестовала его и поместила в Сент-Пелажи, бывший монастырь для заблудших девиц, во время революции превращенный в тюрьму для политических противников, а за время Директории ставший местом заключения жуликов и несостоятельных должников. И как когда-то, в другом веке и при другом правлении, де Саду вновь не предъявили никакого обвинения. В самом деле, «Новая Жюстина» и «Преуспеяния порока» уже не один год продавались в книжных лавках, и за них держать человека в тюрьме было как-то незаконно. Вытаскивать на суд опус под названием «Золоэ» также не было никакой возможности: он затрагивал слишком высокопоставленных лиц. И де Сада просто оставили в тюрьме, без объяснений. Единственным его утешением стали свидания с Констанс, которой разрешили навещать его три раза в десять дней. А утешение де Саду было совершенно необходимо: 15 июля 1801 года Бонапарт подписал с папой Пием VII конкордат, официально восстанавливавший во Франции культ католической церкви, поддерживаемой государством. Атеизм де Сада вновь шел вразрез с государственной политикой.
Де Сад сдаваться не собирался. Приходя в ярость от каждой несправедливости со стороны правосудия, он брал перо и сочинял прошения, протесты, жалобы… и яростные, раскаленные философские трактаты, источавшие смрадное дыхание порока, и маскировал их под романы. Де Сад написал министру юстиции прошение, завершив его следующими словами: «Я хочу быть свободным или же предстать перед судом. И я имею право говорить так. Мои несчастья и законы дают мне это право, и у меня есть все основания полагать, что я правильно обращаюсь с моей просьбой именно к вам. Привет и почтение». Гражданин де Сад апеллировал к законам, но его не слышали. Может быть, это была месть со стороны законов, против которых он так яростно выступал в своих сочинениях?
Два года провел де Сад в Сент-Пелажи, рифмуя стихи и активно общаясь с собратьями по литературной музе, создавшими в тюрьме своеобразный литературный кружок. Но, как свидетельствуют полицейские донесения, де Сад не только наслаждался духовным общением с товарищами по несчастью, но и пытался вступить с ними в более тесные контакты, за что и был переведен в Бисетр, пенитенциарное заведение, бывшее одновременно тюрьмой и приютом для умалишенных. К счастью, де Сад пробыл там недолго: мадам де Сад направила в министерство прошение о переводе его в более достойное место заключения — пребывание такого знатного дворянина, как де Сад, среди безумцев и убийц бросало тень на всю семью. За десять лет, прошедших после казни Людовика XVI, и за полтора года, остававшиеся до коронации Наполеона, отношение к дворянству существенно изменилось: слово «дворянин», еще недавно звучавшее как бранное, приобрело оттенок ностальгической грусти. Принадлежность к дворянскому роду становилась лучшей рекомендацией.