Марко Поло встречает их и в других областях Туркестана: одна из колоний обнаруживается на западе, в Яркенде, там, где начинается Великий Шелковый путь; другая — на востоке, у онгуров, на севере Турфана.
Манихейцы, которые противопоставляли бога добра богу зла, проникли в Китай в VIII веке и обосновались, в основном, в отдаленной провинции Фукиен. Управление было слабым, так что китайская цивилизация не оказала большого влияния на эту провинцию, расположенную между морем и горами. Марко Поло отчасти сближает их с еретиками — буддистами, сгруппированными в секты или секретные общества, такие как например, общество «Белого лотоса» или «Синий лотос».
Итак, в Китае во времена первых рейдов монголов традиционное конфуцианство было главенствующей религией. Представители этой конфессии контролировали все аспекты социальной жизни, в том числе судопроизводство. Другие религии делали только робкие шаги в очень изолированных социальных или религиозных группах.
Христианство представлено только еретическими сообществами, малоорганизованными, ищущими прибежища от преследования Копстантинополя. В связи с монгольским нашествием позиции конфуцианства пошатнулись. Впрочем, насилия в этой области не наблюдалось: никто не навязывал новой веры и не требовал обращения, подчинения другим религиям. Мы хорошо видим, например, что контингенты кавказских или анапских армий татар мало содействовали тому, чтобы распространять свою православную веру. В этом смысле даже там, где они обустраивались, они не оказывали большого влияния.
Даже ислам, за исключением нового мусульманского города Сьенмалин, построенного полностью из обломков Великой Китайской Стены недалеко от Калгана для депортированных из Самарканда — плохо приживается в Китае, и его влияние ограничивается в основном посещением торговцев-мусульман, путешественников, священников и проповедников ислама. Они появляются, главным образом, в крупных портах, связанных с Индией: в Кантоне, Чанфу, Нинг-по и в Ханг-чеу. Единственным регионом, принявшим ислам благодаря деятельности правителя по имени Саид Ажаль, мусульманина, выходца из центральной Азии, посланного сюда в 1274 году Кубилаем, была провинция Юньнань. Здесь были не очень сильны религиозные пристрастия, поэтому проникновение чужой доктрины не столкнулось с большими трудностями, хотя это и внесло некоторые изменения в социальную жизнь населения.
Несториане встречаются теперь по всему Китаю. Они многочисленны и могущественны в столице и в провинциях юга, в Хаигчсу, в дельте Янцзы, где правитель, названный Мар Саргис (Сергий) заставляет в 1278 году построить для них две церкви.
Это развитие христианской несторианской церкви, начиная с монгольской оккупации при правлении Кубилая, было в некотором роде поветрием. Несториане большей частью не были иностранцами: это был скорее выход на поверхность уже существующих традиций, чем действительно нововведение. Очевидно, что татары могли только приветствовать по имперским политическим причинам религию и духовенство, способные ослабить могущество конфуцианства и его приверженцев. Религиозное разнообразие помогало им решить проблемы управления, и несториане оценили, по крайней мере на первых порах, их заслуги.
Новые религии, пришедшие из других стран Азии и Дальнего Востока, связывались почти всегда исключительно с деятельностью предшественников — эмиссаров, приверженцев определенной религии, хорошо известных эрудитов, советников из близкого окружения императора, который доверял им большое количество поручений. Благодаря посланникам, правители поднимают свой авторитет и завоевывают себе доверие подданных. Очень часто именно этих людей — ученых, риторов или философов — монгольский хан делал ответственными за поддержание мира, урегулирование конфликтов между различными конфессиями. Они должны были «насаждать» смирение и терпимость.
Чингисхан вплоть до своей смерти в 1227 году защищал различными привилегиями (лишением налогов и выплат) адептов даосизма, который переживал в то время заметный расцвет в нескольких провинциях империи. Он поддерживал и другие культы, в частности, буддизм, храмы которого использовались не по назначению, а монахи были прогнаны. Он действовал под влиянием некоего монаха и философа по имени Чан-Чунь («Вечная весна»), пришедшего из Афганистана и принятого при дворе. Даосисты пользуются привилегиями долгое время: Марко Поло называет их sensin и описывает как «людей большого упорства».
После смерти Чингисхана предпочтения его наместников, Угудея, его вдовы, затем самого Кубилая (который принял троих Поло) — отдаются буддизму, ослабленному в Китае (особенно при правлении династии Сунов в XI–XII веках). В 1246 году при дворе монголов появляется посольство великого тибетского монастыря в сопровождении нескольких лам, и ламаисты все более активно внедряются в окружение хана. В 1254 году столица Великого хана, Каракорум, насчитывает две мечети, одну христианскую несторианскую церковь и двенадцать буддийских храмов. Кубилай настолько доверяет буддистам (замечает Марко Поло), что делает тибетского ламу административным главой буддистских провинций на юге Китая. Этот режим благоприятствовал всякого рода злоупотреблениям и коррупции. Монастыри жаловали налоговые привилегии, практиковали коммерцию и производство, снаряжали корабли с продуктами. Все это могло быть использовано в корыстных целях. Они безжалостно сводили счеты со своими противниками, в частности, разорили и осквернили могилы великих императоров и императриц династии Сун возле Чаокинга.