В ходе Великого похода на пленуме ЦК КПК в Цзуньи в январе 1935 г. руководство партией перешло в руки Мао. Это был поворотный пункт как в истории Великого похода, так и китайской революции в целом. Тогда было решено продолжать Великий поход на север, чтобы лучше координировать общенациональное антияпонское движение, которое непрерывно разрасталось после японского нападения и оккупации северо-восточного Китая в 1931 г.
В ходе Великого похода помимо постоянных атак со стороны войск Гоминьдана партии также пришлось противостоять линии Чжан Готао, который проповедовал тактику паникёрства и милитаризма. На двух конференциях Центрального комитета, которые состоялись во время Великого похода, было отвергнуто предложение Чжан Готао отступить в районы национальных меньшинств — Синьцзян и Тибет. Он отказался подчиниться решению партии и попытался сформировать новый партийный центр. Чжан Готао повёл часть Красной Армии в другом направлении, что закончилось их разгромом войсками Гоминьдана. Сам Чжан стал предателем и присоединился к Гоминьдану. Основные силы Красной Армии достигли своего конечного пункта назначения в провинции Шэньси на севере Китая в октябре 1935 г., спустя год после начала Великого похода. Численность Красной Армии, которая достигала 300 тысяч перед началом пятой кампании Гоминьдана по её окружению, сократилась теперь всего лишь до 20 тысяч человек. Они основали опорную базу Шэньси — Ганьсу — Нинся (на стыке границ этих трёх провинций в северном Китае). Она получила известность как Яньань, по названию своей столицы. Из этой базы Мао привёл партию и Красную Армию к победе в 1945 г. в войне против Японии.
В этот период, в 1938 году Мао и Хэ Цзычжэнь разошлись. В апреле 1939 г. он женился на Цзян Цин. Цзян Цин — это партийное имя Лань Пин, актрисы театра и кино, которая вступила в партию в 1933 г. и прибыла в Яньань в 1937 г., чтобы преподавать театральное искусство в академии искусств и работать в пропагандистских группах среди крестьян. Мао, который живо интересовался искусством и литературой, встретился с ней, они полюбили друг друга и решили пожениться.
Война сопротивления японским захватчикам
Сразу после завершения Великого похода Мао занялся разработкой и воплощением в жизнь новой тактики по прекращению гражданской войны и объединению всех сил в войне сопротивления японским захватчикам. Его доклад «О тактике борьбы против японского империализма» был крупным вкладом в развитие марксистско-ленинской тактики единого фронта. Его положения были в дальнейшем развиты в докладе «Задачи КПК в период антияпонской войны». Блестяще показав, на каком этапе развития находятся внешние и внутренние противоречия в Китае, Мао объяснил, что главное противоречие изменилось с началом японской агрессии и, следовательно, необходимо изменить тактику единого фронта перед лицом новой ситуации. Он призвал к единому фронту с Гоминьданом для того, чтобы выгнать из страны японских захватчиков. Чан Кайши, однако, не соглашался на это предложение, пока не был вынужден изменить свою позицию под давлением пропаганды КПК и определённых факторов внутри его собственной партии. Он дал своё согласие в декабре 1936 г. после того, как его арестовали два его собственных генерала, которые настаивали на создании единого фронта с КПК. Антияпонский единый фронт был оформлен в августе 1937 г.
В период войны сопротивления Мао снова пришлось бороться с неправильными тенденциями вне и внутри партии, хотя на этот раз им не удалось захватить руководство. Одной из них была пессимистическая тенденция национального подчинения, представленная некоторыми группами в Гоминьдане. Эти люди после поражений от японцев решили, что китайцам суждено быть покорёнными японскими и другими империалистами. Одна фракция даже готовилась капитулировать. С другой стороны, в КПК были группы, которые считали, что с созданием единого фронта возможна быстрая победа над японцами. Эти товарищи переоценили силу единого фронта и не видели реакционную сторону клики Чан Кайши. Чтобы разгромить эти ошибочные теории и дать правильную оценку войны, Мао в мае 1938 г. написал книгу «О затяжной войне», в которой он подчеркнул, что победа в войне против Японии неизбежна, но она не будет быстрой. В этой и других работах Мао сформулировал свою военную теорию.