Пребывая в Трире он втайне заключил помолвку с Женни фон Вестфален, дочерью барона фон Вестфален, вельможи и прусского правительственного чиновника, которая была четырьмя годами старше его. Женни и Карл дружили с детства и решили пожениться, когда он ещё ходил в школу. Теперь они заключили помолвку с согласия родителей Карла, но без согласия родителей Женни, которое было получено только в 1837 г.
В октябре 1836 г. Маркс едет в Берлинский университет, в столицу Пруссии. Этот университет, известный как главный учебный центр, был гораздо больше Боннского. Едва записавшись на университетские курсы, Маркс нырнул в гущу работы. Ночь за ночью он корпел, нерегулярно питаясь, много куря, штудируя толстые тома и заполняя тетради. Вместо формальных классных занятий Маркс учился сам. Интенсивно работая, он переходил от права к философии, поэзии, искусству, к литературному мастерству, а затем опять к философии и поэзии. Перенапряжение сказалось на здоровье, в частности, лёгкие поразил туберкулёз, так что он иногда был вынужден брать паузу. Но он всегда возвращался к своим привычкам чрезмерной работы, глотая книги от античных авторов до новейших трудов учёных и философов. Он питал склонность к философии, всегда ищущей универсального смысла, абсолюта в принципах, определениях и концепциях.
На втором году в этом университете Маркс присоединился к группе студентов и преподавателей философии, называвшейся младогегельянцами. Они были последователями знаменитого немецкого философа Фридриха Гегеля, преподававшего в Берлинском университете и скончавшегося в 1830 г. Они пытались дать гегелевской философии радикальное истолкование, за что их иногда называли левыми гегельянцами. Одним из друзей Маркса в этой группе, её интеллектуальным лидером, был профессор Бруно Бауэр, воинствующий атеист, постоянно нападавший на церковные учения. Эти нападки, вкупе с радикальными политическими взглядами младогегельянцев, сделали его мишенью прусских властей. Так что, когда Маркс завершил свою диссертацию, он не смог защититься в Берлинском университете, в котором господствовали реакционные назначенцы прусского правительства. Завершив свои исследования в Берлине, он получил степень в апреле 1841 г. в склонном к либерализму Йеннском университете, находившемся вне прусского контроля.
После этого он надеялся стать лектором в Боннском университете, куда в 1839 г. перешёл Бруно Бауэр. Но у самого Бауэра были проблемы из-за вызванных его антирелигиозными лекциями студенческих волнений. В конце концов, сам кайзер распорядился удалить Бауэра из Боннского университета. Это означало конец преподавательской карьеры Бауэра, как и каким-либо надеждам на место преподавателя для Маркса.
Маркс стал сосредотачиваться на журналистике, которой он занялся сразу же после окончания университета. Это также помогло ему плотнее участвовать в быстро растущем радикально-демократическом движении, появившемся тогда в его Рейнской и соседней Вестфальской областях. Эти области, испытавшие либеральное влияние французских антифеодальных реформ, были главными центрами оппозиции в прусском королевстве. Индустриализация также привела к росту буржуазии, особенно в Кёльне, богатейшем городе Рейнской области. Это означало мощную поддержку этого радикального оппозиционного движения со стороны промышленников, которые были сыты по горло чрезмерным контролем феодалов.
Маркс стал сначала автором, а в октябре 1842 г. и главным редактором «Райниш цайтунг», ежедневной газеты, поддерживаемой такими промышленниками. В руках Маркса газета скоро стала бойцом за радикально-демократические права. Это, однако, вовлекло Маркса в непрерывный конфликт со склонными к репрессиям прусскими цензорами. Наконец, когда газета выступила с критикой русского деспотизма, сам царь понудил прусского кайзера к действиям. Газета была запрещена и вынуждена была закрыться в марте 1843 г. Маркс включился в план выпуска нового журнала «Дойч-францёзиш ярбюхер».
В этот период, с 1841 по 1843 г., Маркс был глубоко вовлечён в бурную политическую жизнь. Однако он был в сущности радикальным демократом, и не придерживался коммунистических взглядов в то время. В философской области главное преобразование, которое он испытал в этот период, произошло в 1841 г. после прочтения «Сущности христианства» Людвига Фейербаха, представившей критику религии с позиций материализма. Эта книга сыграла главную роль в идейном переходе Маркса от идеализма младогегельянцев к материализму. Другой философский труд 1841 г. («Европейское троевластие»), повлиявший на Маркса, был попыткой его друга, Мозеса Хесса, разработать коммунистическую философию, скрестив идеи французского социализма и левых гегельянцев.