Однако у отправленного в ссылку капитана остались во Франции преданные защитники — его братья, которые решили сделать все, чтобы найти настоящего шпиона и вернуть Альфреду свободу. Со своей стороны полковник Пикар, новый начальник разведывательного бюро, в ходе своего расследования пришел к выводу, что Дрейфус невиновен и что настоящим предателем является другой офицер — майор Эстергази. Пикар обратился к правительству с просьбой пересмотреть дело. Однако его предложение вызвало недовольство правящих кругов, и чтобы избавиться от слишком докучливого офицера, Пикара сначала отправили на юг Франции, а затем в Северную Африку в Тунис.
Тем не менее скрыть новые факты не удалось; сначала за границей, а потом и в самой Франции появляется все больше публикаций, требующих пересмотреть дело. У Дрейфуса возникают все новые и новые сторонники. При этом в стане противников пересмотра дела позиции тоже радикализируются: в 1896 году подполковник Анри, офицер из службы разведки, в порыве патриотизма фабрикует фальшивый документ, который должен окончательно доказать виновность Дрейфуса (позже Анри будет арестован и покончит с собой в тюрьме, а в деле будет обнаружено множество других подложных документов). Новая комиссия заново рассматривает дело. Но надежды на справедливое решение не оправдались: наказание, назначенное Дрейфусу, не было отменено, более того, полковник Пикар, последовательный защитник капитана, заключен в тюрьму.
13 января 1898 года, на следующий день после несправедливого решения, Эмиль Золя публикует свое знаменитое «Я обвиняю» — открытое письмо президенту Феликсу Фору, в котором высказывается в поддержку невиновности Дрейфуса. Пруст, который внимательно следит за развитием событий, вместе со многими своими знакомыми подписывает манифест в поддержку капитана. Однако ни манифест, ни заявление писателя-натуралиста не только не приводят к пересмотру решений комиссии, но и провоцируют начало нового расследования и обвинение в клевете самого Золя. Заседания суда по его делу носят открытый характер. Они длятся две недели, по их итогам Золя приговорен к году заключения и к штрафу в три тысячи франков. Чтобы избежать наказания, Золя вынужден бежать в Англию.
Марсель Пруст присутствовал на заседаниях, и именно их он описал в романе «Жан Сантей». В основе судебного разбирательства, представленного Прустом, находится противопоставление двух участников процесса: генерала Буадеффра (начальника Генерального штаба и противника Дрейфуса) и полковника Пикара (его защитника). Сам Дрейфус упомянут под именем Дальтоцци. Особенно интересен образ полковника Пикара, который построен Прустом на контрасте между его внешностью и содержанием его поступков. Жан Сантей заранее представляет себе Пикара в облике вдохновенного борца за справедливость. Но оказывается, что у полковника самая обычная внешность, ничем не выдающая его страстной привязанности к истине, ради которой он готов отправиться в тюремное заключение. Таким образом, в описании процесса Эмиля Золя Пруст делает акцент на исследовании психологии участников, а также особенностей видения Жаном Сантеем происходящих вокруг него событий. Этот интерес к психологии, и в частности к психологии восприятия, является одной из главных особенностей письма Пруста, которое принимает в его юношеском романе все более близкие к зрелому стилю формы.
Восхищение полковником Пикаром выразится у Пруста не только в художественной форме. В сентябре 1898 года он будет собирать подписи под требованием выпустить капитана на свободу. Когда же петицию опубликуют, но без его фамилии, Марсель напишет в редакцию письмо с требованием исправить ошибку. Он объяснит свою позицию так: конечно, его имя ничего не добавит к списку, объединившему таких известных личностей, но зато присутствие в списке добавит что-то важное к его собственному имени.
По всей видимости, Пруст был в курсе того, что капитан Дрейфус невиновен, с 1897 года благодаря своей близости к мадам Строс, которая получила информацию о махинациях, приведших к обвинению капитана, от Жозефа Рейнаха, журналиста, убежденного в невиновности Дрейфуса с 1894 года. Среди сторонников Дрейфуса было много прежних одноклассников Пруста по лицею Кондорсе: Даниэль Галеви, Жак Бизе, Робер Дрейфюс. В собственной семье убеждения Марселя разделяли его мать и брат. А вот отец, слишком близкий к правящим кругам, не посмел занять оппозиционную к правительству позицию.
Как видим, наибольший интерес у молодого автора вызвал процесс Золя. В дальнейшем внимание Пруста отчасти переключилось на другие сюжеты, хотя дело Дрейфуса навсегда останется для него одним из важнейших событий в его собственной биографии. Когда в 1899 году во время очередного пересмотра дела на адвоката Лабори будет совершенно покушение, Пруст отправит юристу телеграмму поддержки. Он также будет регулярно подписывать разнообразные манифесты и письма в помощь капитану.