19 и 20 сентября в районе Красно-Медведовской 4-я горнострелковая дивизия отражала атаки пехоты и танков противника. 91-й горнострелковый полк уничтожил шесть прорвавшихся танков противника.
В ночь на 21 сентября все три немецких корпуса отошли на «рубеж Хагена».
Советское командование сосредоточило крупные силы в полосе 5-го армейского корпуса. 21 сентября они пошли в наступление против южного фланга, чтобы встретить немецкие войска на выходе из горно-лесного района у Анапы. Советское командование предусматривало также одновременно высадить десант в тылу 5-го армейского корпуса, а в ходе дальнейшего наступления отрезать два немецких корпуса, находящихся севернее, прежде чем они успеют уйти на «Малую голову гота».
21 сентября в наступление перешла советская 18-я армия. Ожесточенные атаки танков и пехоты противника отражали роты 4-й горнострелковой дивизии. Пока 1-й батальон 13-го горнострелкового полка занимал оборону севернее Анапской, главные силы дивизии вели тяжелые бои на промежуточной позиции восточнее Гайкадзоры и на высотах к северу от этого населенного пункта. Превосходящие силы противника быстро оттесняли румынские части, находившиеся на побережье, и несколько раз пытались обойти 4-ю горнострелковую дивизию. 94-й горный разведывательный батальон ротмистра Торея с большим трудом отражал атаки с открытого южного фланга. Одновременно приходилось отбивать атаки советских частей из лесов севернее Красно-Медведовской. Несмотря на большие потери от огня дивизиона тяжелых полевых гаубиц, русские постоянно атаковали и в нескольких местах вклинились в оборону. В этой обстановке командир дивизии генерал-майор Браун взял под свое командование части румынских 19-й пехотной и 6-й кавалерийской дивизий, чтобы обеспечить единое командование войсками на побережье. После того как 13-й горнострелковый полк принял румынский участок обороны, 94-й горнострелковый батальон и 3-й батальон 13-го горнострелкового полка ликвидировали вклинения у Политода. Во второй половине дня, раньше, чем было предусмотрено, румыны оставили Анапу. Через два часа после их ухода в порту уже высаживались русские части.
В полосе 44-го егерского корпуса 21—22 сентября возобновились атаки противника, которые увенчались прорывом танков до Пиленко. Немецкие штурмовые орудия и налет пикирующих бомбардировщиков отбросили советские войска назад, при этом были уничтожены все восемь прорвавшихся танков. Но из-за того, что в Пиленко была разрушена железнодорожная станция, 3-й инженерный железнодорожный полк не смог эвакуировать находившиеся в Пиленко склады.
Вечером 23 сентября войска отошли с выдающегося на юго-восток «рубежа Хаген» на «рубеж Рюдигер», который теперь, с примыкающим к нему с севера «рубежом Рён», имел существенно меньшую протяженность по фронту. Освободившиеся войска шли маршем в направлении Ильича для переправы через Керченский пролив или поступали в распоряжение командира 50-й пехотной дивизии генерал-майора Зикста и включались в его боевую группу, которой была поставлена задача оборудовать за удерживаемым рубежом оборонительные позиции в южной части Таманского полуострова. 370-я и часть 50-й пехотных дивизий были объединены под командованием командира 370-й пехотной дивизии генерал-лейтенанта Беккера. Задача его группы заключалась в обороне рубежа Темрюк, Голубицкая.
24 сентября все три немецких корпуса отражали атаки противника на рубеже «Рён—Рюдигер». На главном направлении, в центре перешейка, стояла 97-я егерская дивизия.
В ночь на 25 сентября русские войска высадились в 6 километрах западнее Благовещенской. На следующее утро последовала фронтальная атака советских войск при поддержке 15 танков на узкой косе у Благовещенской. Части румынской 9-й кавалерийской дивизии полковника Грунау были опрокинуты, и отход их был серьезно затруднен. В полдень находившийся на привале в Уташе 1-й батальон 13-го горнострелкового полка был поднят по тревоге и направлен на помощь румынам. Немцы и румыны дрались плечом к плечу и отходили к следующей позиции.
В ночь на 25 сентября советские войска высадились в Темрюкской бухте, чтобы отрезать группе Беккера путь к отступлению. После ожесточенного боя десант был уничтожен, а продолжавшие подходить десантно-высадочные средства противника вынуждены были повернуть обратно. Генерал Конрад отметил в приказе части, участвовавшие в разгроме десанта противника:
«25 сентября 1943 года был полностью уничтожен противник численностью 800 человек (части 389-й стрелковой дивизии и 369-й батальон морской пехоты), высадившийся в тылу 49-го горнострелкового корпуса под Темрюком и Голубицкой. Благодаря этому удалось предотвратить выход противника на важнейшие пути снабжения. Результат этого боя является особой заслугой командира 123-го гренадерского полка полковника Бирмана и командира 666-го гренадерского полка полковника Бабеля...»
Утром того же дня советский 11-й стрелковый корпус начал наступление по обе стороны дороги Курчанская — Темрюк. Оно было отражено частями 50-й и 370-й пехотных дивизий и 101-й егерской дивизии. Последняя, после отхода из района Киевского частью сил обеспечивала охрану побережья Азовского моря и плавней.
К вечеру 25 сентября 5-й армейский корпус отошел на «Малую позицию гота». В ночь на 26 сентября группа Беккера заняла «Позицию Оденвальд», а через 24 часа отошла на «Малую голову гота». После того как был оставлен Темрюк и взорван мост через Кубань, оборона проходила восточнее Голубицкой по самому узкому участку северного перешейка.
С уходом на «Малую голову гота» удалось добиться большого сокращения линии фронта. Освободившиеся дивизии были переправлены в Крым. Кроме того, туда же направились управления 5-го армейского и 44-го егерского корпусов, 125-я пехотная дивизия (она начала переправу своих первых частей еще 7 сентября), 9-я пехотная, 101-я егерская дивизии, румынские 1-я горнострелковая и 10-я пехотная дивизии, 73-я и 79-я пехотные дивизии и румынская 9-я кавалерийская дивизия. Оборона «Малой головы гота» была поручена теперь только 49-му горнострелковому корпусу в составе групп Беккера и Сикста. Обороной центрального участка руководило непосредственно командование корпуса. Фронт обороняли (с севера на юг): 50-я и 370-я пехотные дивизии Беккера, 98-я пехотная и 97-я егерская дивизии (на центральном участке), 4-я горнострелковая и румынская 19-я дивизии Зикста.
В Керченском проливе царило оживление. По точным планам осуществлялась переправа подходивших соединений. Общее руководство перевозками осуществляли адмирал Черного моря вице-адмирал Кизерицки и морской комендант Кавказа капитан 1-го ранга Граттауэр. В переправе участвовали: 1-я (капитан-лейтенант Гиле), 3-я (капитан 2-го ранга Штремпель), 5-я (капитан 3-го ранга Мелер) и 7-я (капитан 3-го ранга Штельцер) десантные флотилии, а также 770-й саперный десантный полк полковника Хенке.
Перевозка войск осуществлялась на морских и саперных десантных паромах (паромах грузоподъемностью 60 т), саперных десантных катерах (грузоподъемностью 30 т), паромах Зибеля (силовая установка — 2 авиационных двигателя, грузоподъемность — 10 т) и лихтерах.
Конвои проходили по следующим маршрутам: Керчь — Темрюк (конвои «Тони» и «Теодор»), Керчь — Тамань (конвои «Банзин» внутреннего сообщения) и, первое время, Керчь — Анапа (конвои «Хаген»).
Охрану побережья и конвоев обеспечивали силы флота, состоявшие из мелких кораблей. Часто они заходили в порты только для пополнения запасов, а потом снова выходили в море. У экипажей мелких открытых кораблей часто не было возможности принимать горячую пищу и спать, особенно плохо им приходилось в непогоду.
Торпедные катера, которые обычно несли разведывательную службу, днем были беззащитны от налетов авиации. Так, 11 сентября в 4.30, когда произошла высадка советских войск под Новороссийском, катера, возвращавшиеся с патрульной службы в районе бухты Озерейка в базы Анапа и Иван Баба, были атакованы советскими штурмовиками. С катеров вызвали истребительное прикрытие. Советские самолеты снижались до высоты десяти метров и обстреливали торпедные катера. Огонь зенитного вооружения не помогал, так как 20-мм снаряды зенитных пушек отскакивали от бронированных штурмовиков. На S-46 из строя вышли машины, в торпедных аппаратах сдетонировали две торпеды, передняя часть катера была полностью разрушена. Несмотря на продолжавшиеся атаки, патрульному катеру удалось спасти с тонувшего S-46 экипаж, члены которого были почти все ранены, а также снять погибших. В 5.50 появилось истребительное прикрытие, прогнавшее советские штурмовики.