После событий у озера Хасан управление Дальневосточного фронта было расформировано, а из его войск созданы две отдельные армии с непосредственным подчинением Наркому обороны. Командующим 1-й Отдельной Краснознаменной армией (штаб в Уссурийске) назначается комкор Г. М. Штерн. 2-ю Отдельную Краснознаменную армию (штаб в Хабаровске) возглавил комкор, а с марта 1939 года — командарм 2-го ранга И. С. Конев. Членом Военного совета этой армии стал дивизионный комиссар Н. И. Бирюков, начальником штаба — комбриг К. С. Мельник.
Новый, 1939 год Иван Степанович встретил в кругу семьи и товарищей по работе.
Несмотря на праздничное настроение, беспокоило положение в Европе и на Дальнем Востоке. Ведь именно в эти дни на антисоветском митинге в Токио редактор газеты «Кокумин» генерал-лейтенант Моридзи Сики заявил: «Япония решила вступить в столкновение с Советским Союзом. Она уверена в своей победе над ним». Депутат верхней палаты барон Риоицу Асада пошел еще дальше. «Красный революционный флаг советского народа, — возвестил он, — Япония должна заменить флагом восходящего солнца. Мы должны ударить по этой стране молотом справедливости. Еще до объявления японо-советской войны мы должны подготовиться к ней».
Все это требовало укрепления обороноспособности страны, чтобы в случае необходимости дать сокрушительный отпор захватчику.
В целях укрепления обороноспособности СССР форсировалось развитие оборонной промышленности, создавались топливные, энергетические и другие производственные резервы в восточных районах страны, строились предприятия-дублеры на Урале, в Поволжье, Сибири и Средней Азии. В связи с обострением международного положения Советское государство увеличило расходы на военные нужды.
В армии проводится ряд учений, в том числе опытных. Одним из них стало учение, проведенное по плану Главного военного совета под руководством командующего на реке Зее по использованию созданных образцов тяжелых понтонов для установки железнодорожных мостов, получивших наименование СП-19. Кстати, они нашли широкое применение в войсках 2-го Украинского фронта при форсировании Днепра осенью 1943 года. Успешно решались также задачи совершенствования оперативной подготовки штабов, боевой подготовки войск, инженерного оборудования театра военных действий, глубокого изучения вероятного противника, повышения уровня методического мастерства командиров всех звеньев. Военный совет армии значительное внимание уделял вопросам мобилизационного развертывания, работе с призывным составом.
Труд сплоченного единством цели коллектива, упорный и повседневный, не замедлил сказаться. Инспекторская группа Наркома обороны дала высокую оценку подготовке войск 2-й Отдельной Краснознаменной армии.
Масштабность задач, решаемых в соединениях армии, их сложность и многообразие способствовали тому, что командарм И. С. Конев становится крупным военным руководителем оперативного звена. Это требовало от него глубоких знаний военного дела, умения ставить и разрешать сложные организационные вопросы, и прежде всего обучения и воспитания личного состава, его подготовки к предстоящим боям. И он настойчиво учился. Именно в эти годы будущий полководец углубленно изучает военную историю, читает труды по военному делу.
В служебной библиотеке Конева появляется все больше специальной «танковой» литературы. По его просьбе штаб округа запросил Военную академию имени М. В. Фрунзе прислать новые разработки по использованию в операции больших масс танков. На их основе Конев разрабатывает замысел командно-штабного учения полевого управления.
А тем временем обстановка на границе Маньчжоу-Го с каждым днем становилась все более сложной и напряженной.
В январе 1939 года начались провокационные налеты на монгольские пограничные заставы. В мае того же года соединения, вошедшие впоследствии в состав 6-й японской армии, вторглись в пределы Монгольской Республики. Они стремились захватить часть территории МНР, перехватить Транссибирскую магистраль и тем самым отрезать советский Дальний Восток от остальной территории страны. Части Красной Армии и войска МНР дали достойный отпор захватчикам. К 5 июля они изгнали противника с монгольской территории.
Однако авантюра у реки Халхин-Гол продолжалась. Сосредоточив к началу августа около 75 тысяч солдат и офицеров, более 500 орудий, 182 танка, 300–350 самолетов, японцы вновь напали на Монголию.