Командующий округом отдал указания по дальнейшей организации оперативной и боевой подготовки в армии, бытового устройства войск. Он приказал уточнить план прикрытия государственной границы, согласовать его с командованием Монгольской народно-революционной армии и не позднее 1 августа представить ему на утверждение. В воскресенье И. С. Конев вместе с командующим армией и маршалом X. Чойбалсаном присутствовал на «надоме» — национальном празднике Монголии. На следующий день он вылетел в Читу, где ждали его неотложные дела.
Осенью 1940 года решался вопрос перестройки местных органов военного управления. К этому времени почти в три с половиной раза расширилась сеть районных военных комиссариатов. На территории округа создаются Бурят-Монгольский и Якутский республиканские, Читинский и Иркутский областные военные комиссариаты. Совершенствовалась организационная структура войск. Летом 1940 года начинает формироваться 5-й механизированный корпус. Создается Забайкальская зона ПВО. Улучшается система авиационного тыла частей округа.
В начале 1941 года по предложению И. С. Конева Военный совет активизировал работу с командным составом. К этому времени были разработаны и введены новые уставы — Боевой устав пехоты, Боевой устав танковых войск, Устав тыла, Строевой устав, Устав гарнизонной и караульной служб. В феврале Иван Степанович был вновь вызван в Москву. Он получил назначение на должность командующего войсками Северо-Кавказского военного округа. В Генеральном штабе Конев ознакомился с материалами, свидетельствующими о подготовке Германии к нападению на Советский Союз, узнал о разработке постановления СНК «Об усилении противовоздушной обороны СССР», о ближайших мероприятиях по реорганизации бронетанковых и механизированных войск. Вернувшись в Читу, Конев передал дела своему преемнику Павлу Алексеевичу Курочкину, распрощался с сослуживцами и убыл в Ростов-на-Дону. Спустя неделю экспресс Владивосток — Москва увозил на Северный Кавказ и семью Ивана Степановича: жену Анну Ефимовну, дочь Майю и сына Гелия.
Северо-Кавказский военный округ был одним из старейших в стране. Его история начинается 4 мая 1918 года. И. С. Конев вступил в командование округом в дни, когда в стадии формирования находились стрелковые в кавалерийские дивизии, танковые бригады, артиллерийские части и авиационные дивизии, переходившие на новый штат. Войска округа получали лучшую по тому времени технику. Все это требовало напряженной организаторской работы Военного совета округа, его штаба. Основное внимание было уделено боевой и политической подготовке войск. Делалось это с учетом опыта, полученного советскими войсками на реке Халхин-Гол и во время вооруженного конфликта с Финляндией. Анализировалась также работа по изучению опыта начавшейся Второй мировой войны.
Обстановка в мире становилась все более угрожающей. В июле 1940 года главное командование сухопутных войск Германии приступило к разработке плана войны с Советским Союзом. С 29 ноября по 7 декабря в штабе германского главнокомандования проводится оперативно-стратегическая военная игра по одному из его вариантов, а 18 декабря Гитлер подписал директиву № 21, так называемый план «Барбаросса» — план нападения на Советский Союз.
Зимой 1940/41 года в войсках округа проводится ряд командно-штабных и войсковых учений, оперативных игр, полевых поездок. Иван Степанович стремился применить на практике основные положения теории глубокой наступательной операции, требования приказа Наркома обороны «учить войска тому, что необходимо на войне».
«Мы, — вспоминал генерал Н. М. Хлебников, в то время начальник артиллерии округа, — тотчас почувствовали твердый характер и целевую направленность нашего нового командующего».
Проводилось первое окружное учение с выходом в поле. Наглядно, в обстановке, максимально приближенной к боевой, отрабатывалось взаимодействие войск, проверялось умение всех звеньев командного состава действовать в обороне и наступлении.
Учение предполагалось завершить прорывом заранее подготовленной обороны условного противника. Ему, как старшему артиллерийскому начальнику наступающей стороны, командующий приказал обеспечить атаку пехоты и танков огневым валом.