Практических инструкций по кинопроизводству в Нью-Йоркском университете давали мало. Мало было и оборудования — всего лишь 16-мм камеры Arriflex и Cine-Special, но в конце первого года обучения Манукян провел летнюю мастерскую: тридцать шесть учащихся получили шесть недель на то, чтобы написать сценарии, срежиссировать, снять, смонтировать и выпустить свои собственные фильмы. Студенты разбились на шесть групп, причем профессор давал каждому участнику определенное амплуа: режиссер, оператор, постановщик и т. п. Скорсезе заметил, что те, кто писал сценарии, обычно становились режиссерами, поэтому написал сценарий и возглавил съемочную группу — первую в его жизни.
Он поставил фильм за пять дней и снял его за шесть: это была короткая пародия под длинным названием «Что такая красивая девушка делает в таком месте?». Скорсезе вдохновлял новый стиль сюрреализма, который практиковали на телевидении Мэл Брукс и Карл Райнер. Фильм состоял из быстро меняющихся кадров с парнем по имени Элджернон, который впадает в зависимость от фотографии с видом лодки на озере и перестает функционировать в социальном плане. В течение длительного времени он пытается преодолеть свою фобию и даже женится на симпатичной девушке, но в итоге у него развивается рецидив зависимости, и они растворяются в этой самой картине…
Режиссер дает указания Зефу Мишелису на съемках своего первого короткометражного фильма «Что такая красивая девушка делает в таком месте?» (1963)
В центре действия — на съемочной площадке фильма о красивой девушке
Следующим студенческим фильмом Скорсезе стала криминальная драма «Дело не только в тебе, Мюррей!» (1964)
«Из всех моих фильмов только в „Мюррее“ старый район показан так, как он выглядел в шестидесятых, прямо перед тем, как начал вымирать».
Это был скорее не рассказ о «чистой паранойе», вспоминал Скорсезе, а «довольно глупо и по-детски сформулированные идеи о клише». Но он наполнил ленту сумасшедшими ракурсами камеры и шуточными эффектами — замедленная или ускоренная съемка и неподвижные фотографии чередовались со всплесками живого действия, звучал закадровый голос à la «Жюль и Джим». В результате фильм принес ему стипендию, которую его отец смог использовать для оплаты второго курса обучения, что привело к возникновению еще одного короткометражного фильма — «Дело не только в тебе, Мюррей!». Фильм был снят в 1964 году, во втором семестре первого года обучения. Когда мы смотрим эти ранние короткометражки сегодня, то они напоминают нам о невротическом юморе, присущем более поздним работам Скорсезе. В частности, фильм «Дело не только в тебе, Мюррей!» (в нем два неумелых маленьких обманщика по имени Джо и Мюррей незаконно гонят джин на заднем дворе и в конце концов попадаются копам) служит предвестником ленты «Славные парни». Вдыхание атмосферы фильмов Франсуа Трюффо окупилось с лихвой. Полный быстрых диалогов и дерзких монтажных находок фильм обладает смелостью, живой энергией и инстинктивным пониманием того, как нужно использовать голос за кадром — не для того, чтобы повторить изображение, а для того, чтобы дать возможность объяснить, как он оказался за решеткой («Меня неправильно поняли… и из-за этого недоразумения… у меня не оказалось достаточно свободного времени для того, чтобы побывать во многих местах…»). Рейд полиции снят одним длинным, непрерывным кадром. Фильм Скорсезе получил премию имени Джесси Л. Ласки от Гильдии продюсеров за 1965 год, в результате чего 23-летнего начинающего режиссера пригласили на неделю в Лос-Анджелес для работы над эпизодом фильма «Обезьяны». «Он уже тогда был звездой, — говорил позже о Скорсезе его однокашник Джим Макбрайд. — Он находился на совершенно ином уровне, чем остальные. Он мог процитировать вам множество фильмов, описать их кадр за кадром. Пока мы толкались на съемочных площадках, пытаясь найти правильную экспозицию, он уже снимал свои маленькие шедевры».
В это время он также установил контакты со многими сотрудниками, которые окажутся жизненно важными для его карьеры. Так, Тельма Шунмейкер помогала ему восстанавливать фильм «Что делает…» после того, как выяснилось, что его пленка была обрезана неправильно. Помогал ему и Мардик Мартин, его соавтор по сценарию «Мюррея», армянин, выросший в Ираке, который бежал из страны, чтобы избежать призыва в армию, и с трудом мог говорить по-английски. Скорсезе был единственным, кто понимал, что он говорит, и между ним и этим невысоким нервным иммигрантом мгновенно установилась прочная связь. Благодаря успеху «Мюррея» они решили продолжить сотрудничество и снять нечто еще более автобиографическое, опираясь на «уличный» опыт Скорсезе. Первоначально задуманный фильм назывался «Сезон ведьмы», но в итоге его переименовали в «Злые улицы».