Лион, историк Эдинбургской ложи (Lyon. History ofthe loge of Edinburg. 1873), ставил это проникновение постороннего элемента в шотландские ложи в связь с церковной реформацией XVI в. — гипотеза сама по себе очень правдоподобна.
Реформация носила в Шотландии народный характер и не могла не отразиться на судьбе доживших до этой эпохи ремесленных братств, каковыми были, прежде всего, масонские ложи. В XVI в. они находились уже в состоянии упадка: реформация влила в них новую жизнь и привлекла к ним внимание высших классов, которые в лице шотландского дворянства и сами играли в реформационном движении видную роль, а с каменщиками соприкасались отчасти и по служебному положению. Есть указания на широкое участие в масонстве шотландского пресвитерианского духовенства, а в 1641 г., когда восставшие в защиту протестантизма шотландцы занимают северную часть Англии, в их армии в Ньюкэстле было, очевидно, немало членов масонских лож. По крайней мере, члены Эдинбургской ложи устроили здесь свое собрание и приняли в звании «цехового мастера» главного квартирмейстера армии Роберта Морэя.
О собственно английских ложах XVII в. дошедшие до нас сведения крайне скудны. Не подлежит, однако, сомнению, что в это время они не сливались уже с цеховой организацией, а образовали отдельное целое, связанное с ней лишь общностью ремесленных традиций и тождественным еще отчасти составом членов. По старым счетоводным книгам лондонских масонов видно, что такая отдельная от цеха организация существовала в Лондоне уже около 1620 г., и в одной рукописи 1686 г. именно она названа, вероятно, «Почетным обществом франкмасонов города Лондона» (The worshipful societu of the freemasons of London). В середине XVII в. подобные организации существовали, несомненно, в Уоррингтоне и Честере, а по всей вероятности, и в других городах. В «Описании Стаффордшайра», около 1680 г., составленном доктором Робертом Плотом (R. Plot. The Natural History of Staffordshire. 1686), рассказывается, между прочим, об очень популярном «в болотах этого графства» Обществе Франкмасонов. В него не отказывались вступать самые высокопоставленные лица, которые в силу их собственной знатности, казалось, могли бы и не гоняться за той древностью и почетностью ремесла, о которых рассказывает написанная на пергаменте «Книга масонских уставов». Очевидно, были, однако, мотивы, побуждающие знатных особ брататься с простыми каменщиками — быть может, обаяние старины и легенды или веселые традиционные пирушки, а может быть, и самое удовольствие видеть себя покровителями меньшей братии. В льготной грамоте 1671 г., выданной Дюргэмским епископом «Обществу, братству и компании франкмасонов, кровельщиков, плотников и других ремесел города Гейтсхеда» (всего 18 наименований), среди списка лиц, ходатайствовавших перед епископом о ее выдаче и, вероятно, принимавших также участие и в связанных с ней расходах, значились виднейшие представители местных помещиков, баронов и богатого духовенства. Для них мотивом участия в делах простых рабочих, очевидно, было именно честолюбие.
Кроме знати к каменщикам примыкали в отдельных случаях представители интеллигенции и ученого мира, привлекаемые, как думает Бегеман, фантастической историей масонства, возбуждавшей их научную любознательность.
По описанию Плота, для приема в общество новых членов требовалось собрание, по крайней мере, пяти или шести франкмасонов. «Эти собрания, — замечает Плот, — называются в некоторых местах ложами». Вступительные обряды заключались и здесь в сообщении тайных знаков, «посредством которых члены общества узнают друг друга, где бы они ни находились», и сопровождались банкетами по установленному ритуалу. Новички, как и в Шотландии, в день приема дарили «братьям» перчатки, а взаимные обязанности членов заключались в помощи на случай старости, безработицы и болезни.
Документальные данные об английских ложах относятся уже к XVIII в. «В древнем и почетном обществе франкмасонов города Йорка» преобладают в это время (1705—1706) посторонние цеху лица. Председателями его выступают богатые негоцианты, лорды, баронеты и сквайры, хотя на заседаниях отводятся еще обязательные часы «для бесед о каменно-строительном деле». Ложа в Ольнуике (в Нортумберланде), напротив, и в XVIII в. сохранила свой чисто рабочий характер, и еще в 1757 г. в ней ассигнуются суммы на профессиональные путешествия братьев.