Сдержанное отношение Дальтона к самому знаменитому британскому научному учреждению не помешало ему стать членом других институтов, более соответствующих его взглядам на науку. В 1816 году, спустя несколько лет после публикации первого тома его главной книги, Дальтон согласился стать членом Французской академии наук. В 1822 году он первый и последний раз побывал во Франции, и эта исключительная поездка позволила ему познакомиться с цветом французской науки: со знаменитым математиком и астрономом Пьером Симоном Лапласом (1749-1827), натуралистом Жоржем Кювье (1769-1832) и физиком Андре-Мари Ампером (1775-1836), который вместе с французом Араго открыл электромагнит и в 1827 году сформулировал теорию электромагнетизма. Также Дальтон повстречался со своими научными оппонентами — и одновременно почитателями и друзьями — Клодом Луи Бертолле и его учеником Жозефом-Луи Гей-Люссаком, который в качестве президента Академии наук оказал самый радушный прием британскому коллеге. Через несколько лет, в 1830 году, после смерти сэра Гемфри Дэви, Дальтон унаследовал его титул почетного иностранного члена Академии.
The Manchester Literary and Philosophical Society — один из первых британских институтов, роль которых заключалась в популяризации науки и гуманитарных исследований, померкших в тени промышленной революции. Общество было основано в 1781 году, в его стенах работали самые крупные ученые, инженеры, физики и математики того времени. Оно даже составляло конкуренцию Лондонскому Королевскому обществу. Самым блестящим его членом был Джон Дальтон, однако в общество входили и другие видные ученые, такие как Джеймс Прескотт Джоуль (1818-1889), в честь которого названа единица измерения энергии и которому мы обязаны открытием эффекта Джоуля, то есть выделения тепла при прохождении электрического тока; химик Генри Роско (1833-1915) и новозеландец Эрнест Резерфорд, который во многом опирался на открытия Джона Дальтона. Здание общества было разрушено немецкими бомбежками во время Второй мировой войны: и в роковой день 24 декабря 1940 года все рукописи Джона Дальтона были утрачены. Впоследствии здание было восстановлено.
Логотип Литературно-философского общества Манчестера.
Прежде чем углубиться в то, как повлияла теория Дальтона на его французских коллег — и не только французских,— скажем несколько слов о последних годах жизни ученого. Его авторитет рос, в 1832 году он стал почетным доктором Оксфорда, хотя раньше этот университет был для него закрыт. Начиная с этого времени Дальтон целиком и полностью посвятил себя развитию науки в Британской Ассоциации, основанной в Йорке именно с этой целью. Он много чем занимался и входил в состав различных комитетов в области химии, минералогии, магнетизма и электричества, которое изучал с огромным интересом, особенно с появлением электролиза.
В 1833 году британское правительство назначило ученому пожизненную пенсию. В следующем, 1834 году он удостоился звания почетного доктора — на этот раз в области права — Университета Эдинбурга, который тоже раньше был закрыт для него, хоть и по другим причинам, нежели Оксфорд и Кембридж.
В апреле 1837 года у Дальтона случился первый инфаркт, в результате его парализовало, и ученый превратился практически в инвалида. Около года он не мог говорить. К концу жизни Дальтон практически перестал участвовать в жизни Манчестера, ограничил свою деятельность в Lit & Phil и общался с небольшим кругом друзей, с которыми встречался только на собраниях квакеров — их убеждения Дальтон разделял до последней минуты. Второй инфаркт 27 июля 1844 года унес его жизнь. Прощание с Дальтоном в зале мэрии Манчестера длилось четыре дня, последние почести ему отдали более 40 тысяч человек, а в день похорон все торговые точки и конторы в знак траура были закрыты.