В ту эпоху одним из основных аргументов против теории эволюции считалось отсутствие у человека межчелюстной кости. Такая кость имеется в челюсти всех позвоночных, включая приматов, но в черепе человека ее в то время идентифицировать не могли. На этом основании делался вывод, что человек не мог произойти от обезьяны, а создан иным образом, по воле Бога. Убежденный, что все в природе взаимосвязано, Гёте с такой гипотезой смириться не мог. Он провел свое исследование, скрупулезно сопоставляя кости множества разных животных, и в результате сумел обнаружить зачатки межчелюстной кости в верхней челюсти человека, неопровержимо доказав тем самым связь с другими формами жизни.
Подход Гёте к науке был необычен для его времени. Взять хотя бы идею о том, что должно существовать некое архетипическое растение, объединяющее в себе формы и развитие всех растений. Исследуя кости, Гёте любил сравнивать между собой разные виды животных, пытаясь обнаружить черты сходства отдельных частей их скелета, например позвоночника. Он был буквально одержим идеей сходства и связи всего живого, являвшейся отголоском фаустовского желания познать суть жизни. Гёте чувствовал, что разгадка всех явлений природы заключена в самих этих явлениях, в их собственной структуре, и остается только уловить ее, познать с помощью органов чувств или интеллекта.
Современники не принимали Гёте как ученого, и только спустя десятилетия было признано, что, возможно, он стоял на пороге открытия теории эволюции, а другие его исследования стали предшественниками таких появившихся позднее направлений науки, как морфология и сравнительная анатомия.
В Веймаре Гёте стал, казалось, другим человеком — благоразумным и рассудительным, ученым и философом. Однако в 1801 году новый приступ болезни едва не свел его в могилу. Чтобы полностью восстановить здоровье, потребовалось несколько лет, но к 1805 году Гёте, наконец, понял, что силы возвращаются, а с ними вернулись ощущения, забытые со времен юности. Тот год ознаменовался поразительным, фантастическим подъемом творческих сил; начавшись у Гёте в пятьдесят с небольшим, он продлился почти до семидесяти. Даймон, столько лет подавляемый, снова вырвался наружу, но на сей раз его удалось направить в созидательное русло, на работу. Стихи, романы и драмы изливались на бумагу словно сами собой. Гёте вернулся к «Фаусту», написав за этот период большую часть произведения. Его дни напоминали безумную мешанину разных занятий — утром он писал, днем ставил эксперименты или вел наблюдения (которыми внес вклад в химию и метеорологию), вечерами вел с друзьями беседы об эстетике, науке или политике. Казалось, этот человек не знает устали и переживает вторую молодость.
Гёте пришел к выводу о том, что все формы человеческого знания суть проявления одной и той же жизненной энергии, существование которой он интуитивно ощутил в юности, оказавшись на пороге смерти. Проблема большинства людей, размышлял Гёте-философ, состоит в том, что они воздвигают вокруг предметов и идей искусственные стены. Трезвый, реальный мыслитель видит связи и улавливает суть жизненной силы, действующей в каждом отдельном случае. Почему люди упираются в поэзию или искусство, не связанные с наукой, зачем сужают свои интеллектуальные интересы? Ум создан для того, чтобы находить связи между предметами, соединять их, как ткацкий станок соединяет нити в полотно. Если жизнь существует как единая органическая сущность и расчленить ее, не утратив ощущения целостности, невозможно, то и мышление должно стремиться стать равным этому целому.
Друзья и знакомые Гёте в тот период замечали за ним странные вещи — он любил рассуждать о будущем, о том, что ждет человечество через десятилетия и века. В Веймаре, читая много литературы по экономике, истории и политике, он серьезно дополнил свое образование. Такой широкий кругозор в сочетании с выдающимися интеллектуальными способностями позволили Гёте подняться на недосягаемые высоты. Он развлекался, предсказывая исходы исторических событий и повергая в шок очевидцев, когда прогнозы сбывались в точности. За годы до Французской революции Гёте предсказал падение династии Бурбонов, интуитивно почувствовав, что монархия лишилась доверия и поддержки народов. В качестве наблюдателя Гёте принимал участие в сражениях прусской армии с повстанцами и, став свидетелем победы французской революционной армии при Вальми, воскликнул: «Отсюда и с сегодняшнего дня начинается новая эпоха всемирной истории». Провидец говорил о наступлении эры демократии.