Чарлзу удалось склонить на свою сторону дядюшку, и вдвоем они уломали отца. Накануне отплытия Чарлз писал капитану «Бигля», Роберту Фицрою, что для него начинается новая жизнь, и это событие повлияет на весь его дальнейший жизненный путь.
Корабль вышел из гавани в декабре 1831 года, и почти немедленно после этого Дарвин раскаялся в своем решении. «Бигль», оказавшийся не таким уж большим судном, боролся со штормом, волны бросали его во все стороны. Чарлз страдал морской болезнью, его организм не мог усвоить ничего из съеденного. К тому же у него начались боли в области сердца, давало о себе знать и учащенное сердцебиение. В результате молодой человек решил, что серьезно болен, и совсем пал духом при мысли о том, что еще очень долго он не увидит свою семью, вынужденный провести не один год среди чужих ему людей.
Моряки, заметив, что пассажир плохо переносит качку, поглядывали на него с подозрением. Фицрой оказался человеком с непредсказуемым характером, он то и дело выходил из себя по совершенно, казалось бы, пустяковым поводам. К тому же он был религиозным фанатиком, трактующим Библию буквально. Капитан дал Дарвину поручение: найти в Южной Америке доказательства, подтверждающие, что Всемирный потоп действительно имел место, а мир сотворен именно так, как описано в книге Бытия. Дарвин чувствовал себя одураченным и жалел, что не послушался отца. Одиночество давило его. Возможно ли, что он справится с тяготами путешествия и выдержит все до конца, живя бок о бок с капитаном, впавшим, кажется, в безумие?
После первых недель плавания Дарвин, близкий к отчаянию, все-таки нашел выход. Дома, если ему становилось так же тяжело и тоскливо, успокоиться помогали прогулки и наблюдения за окружающей природой. За этим занятием он забывал обо всем, чувствуя себя в своей стихии. Теперь условия изменились, но ведь можно наблюдать за жизнью на корабле, изучать характеры моряков, включая самого капитана, и изучать столь же внимательно, как, бывало, он рассматривал рисунки на крылышках бабочек. Чарлз заметил, к примеру, что никто из экипажа не жалуется на плохую еду, погоду или тяжелую работу: у моряков ценился стоицизм. Юноша решил, что будет следовать их примеру. Ему показалось также, что Фицрой не уверен в себе и нуждается в постоянном самоутверждении, доказывая себе и окружающим, что занимает высокий пост заслуженно и по праву. Дарвин стал подыгрывать капитану в этом. Мало-помалу он начал осваиваться, приспосабливаться к быту на судне, даже перенял у моряков некоторые манеры. Все это помогало ему отвлечься от тоски по дому.
Спустя несколько месяцев «Бигль» прибыл в Бразилию, и здесь Дарвин ясно понял, ради чего он так стремился в это плавание. Поразительное разнообразие растительности и животного мира завораживало — здесь был истинный рай для натуралиста. Все это даже отдаленно не напоминало то, что он наблюдал или коллекционировал в Англии.
Однажды во время прогулки по тропическому лесу Чарлз стал свидетелем удивительного и страшноватого зрелища: мелкие черные муравьи двигались колонной, длина которой превышала сотню метров, и пожирали все живое у них на пути. На каждом шагу в этих лесах с их обилием жизни Дарвину встречались все новые и новые примеры жестокой борьбы за выживание.
Приступив к выполнению своей работы, он скоро осознал, что столкнулся с проблемой: все эти птицы, бабочки, крабы и пауки, пойманные им, казались ему необычными. Одной из его обязанностей было определять, какие образцы следует отослать в Англию, но как же решить, что именно заслуживает того, чтобы быть отобранным? Дарвин понял: необходимо расширять свои познания. Нужно не просто часы напролет знакомиться с тем, что попадало в поле его зрения во время высадок на берег, не только делать детальные записи, но и изыскать способ, как привести собранную информацию в систему, составить каталог на все образцы, как упорядочить и сами наблюдения. Задача почти непосильная, но, в отличие от академических занятий, она приводила его в восторг. Куда интереснее иметь дело с живыми существами, чем с пространными книжными текстами!
Корабль двигался к югу вдоль побережья, а Дарвин заинтересовался природой материковых регионов Южной Америки, которую еще не приходилось исследовать никому из европейских натуралистов. Полный решимости увидеть и описать все формы жизни, какие возможно, он, в сопровождении местных пастухов гаучос, предпринял несколько вылазок в аргентинские пампасы, где собрал образцы всевозможных экзотических насекомых и прочих животных. Применив тот же научный подход, что и на корабле, он наблюдал и за гаучос и их нравами, так что в результате они стали принимать его как своего. Во время этих и последующих экспедиций Дарвин храбро бросался навстречу индейцам, без дрожи смотрел на ядовитых насекомых и не боялся ягуаров, таящихся в зарослях. Он и сам не заметил, как полюбил опасные приключения, которые привели бы в ужас его родных и друзей.