Независимость от масонского начальства предопределила дальнейшую судьбу русского просветителя. По сути дела, он был выдан на заклание, специально подставлен с тем, чтобы погубить просветительское дело, ради которого он жил. Из многих десятков высокопоставленных масонских руководителей, в том числе занимающих видное положение при Императорском Дворе, судебному преследованию подвергся только Новиков, хотя известны были масонские персоны и значительно важнее. В 1792 году он был арестован.
Из следственного дела Новикова видно, что многих преступных политических интриг, которые вели масоны против русского государства, Новиков просто не знал, более того, он не знал содержания некоторых масонских книг, которые печатались в его типографии по указанию масонских начальников. Ему объясняли, что он не готов к пониманию их таинств. Новиков не ведал, кто возглавляет орден розенкрейцеров, в котором состоял, а знал лишь своего непосредственного начальника. На допросе он показал: ’’Кто суть действительно из начальников... мне открыто не было, и я не знаю не только сих, но ниже того, который за моим первым или ближайшим, которого одного только и знать по введенному порядку в ордене я мог’’.
Вступающим в орден обещали со временем открыть все тайны бытия и умение управлять событиями с помощью магии и каббалы, а до этого послушно исполнять все указания масонских начальников. Шли годы, а русских ’’братьев’’ не спешили знакомить с высшими таинствами. Причем возникало естественное сомнение, а существовали ли эти высшие таинства вообще и не было ли постоянное упоминание о них приманкой для легковерных с целью придать высший смысл существованию ордена, на самом деле носившего чисто политический характер?
На допросе Новиков сообщил: ’’В магии и каббале и не могли из нас никто упражняться, как то по бумагам видно, находясь в нижних только еще градусах, и мне о сих науках, кроме названия их, неизвестно’’.
Из показаний Новикова следовало, что каждому вступающему в орден показывали чертеж ’’таинственного содержания со словами ’’Шесть великие дни дел’’ и на просьбу объяснить его говорили, ’’что сей чертеж расположен и писан каббалистически, и кто не упражнялся еще в нижних познаниях, тот не может понимать и разуметь вышних... а могут его разуметь только находящиеся в самых высших градусах’’. Рассуждения эти были чистой воды шарлатанством.
В общем, все материалы следствия говорили о том, что Новиков был сравнительно маловажной фигурой в масонской иерархии. И тот факт, что главный удар пришелся именно по нему, свидетельствует о сложной интриге, затеянной против него самими масонами из ближнего окружения Императрицы. Понимая, что удара не избежать, масонские конспираторы решили отвести его на второстепенное звено своей цепи, уничтожив одновременно один из центров русского просвещения. Механизм этой интриги требует еще специального изучения. Очень характерно, что в деле о масонстве не пострадал ни один высокопоставленный масон, ни один из руководителей масонских орденов. А имена их хорошо известны следствию. Это тем более удивительно, что Царице было доложено, что в берлинских ложах 1790—1791 годов поднимался вопрос о замене царствующей особы на русском престоле. В интриге этой были замешаны и русские масоны, пытавшиеся воспользоваться тяжелой военно-политической обстановкой в Европе для захвата власти в России. Дело против Новикова затеяно при участии московского генерал-губернатора графа Я. А. Брюса, известного своей принадлежностью к масонским ложам.