Но началась в Москве эпидемия чумы – и Убогие дома стали страшным источником заразы. Тогда и было принято решение убрать их, чтобы построить на этом месте мужской монастырь в честь Покрова Пресвятой Матери Божией. Появились здесь две каменные церкви – пятиглавая во имя Всех святых и одноглавая Покрова Божьей Матери, была построена и шатровая колокольня, и семинария, и трапезная, и настоятельские и братские кельи. А еще на территории монастыря был заложен прекрасный фруктовый сад.
Монастырь был небольшим, но ухоженным, и даже приносил доход от принадлежавших ему часовен, земельных угодий и кладбища. Но этих денег со временем оказалось явно недостаточно для поддержания зданий монастыря в надлежащем состоянии. К концу XVIII века обе церкви и каменная ограда монастыря так сильно разрушились, что пришлось их разобрать. Но разруха царила недолго, среди представителей московского купечества нашлись те, кто не поскупился и вложил немалые средства в возрождение обители. И снова засияли во всей красе купола его церквей – да ненадолго. Пришла на Русь новая беда, война 1812 года. Французские солдаты, ворвавшись в Москву, вволю бесчинствовали в ее монастырях. Досталось и Покровскому монастырю, где они поджигали и разрушали здания. На первом этаже Покровского храма устроили конюшню и держали лошадей, а второй этаж занял генерал-француз.
Воинствующие варвары оскверняли святыни православия, кололи штыками и жгли чудесные образа, протыкали гвоздями лики святых, уничтожали прекрасную роспись храма, а престолы, расположенные в алтаре, использовали в качестве столов, а после рубили и жгли.
Но сразу после победы России над Наполеоном снова нашлись щедрые люди – благотворители, и уже к 1815 году обе церкви обители были восстановлены. Засияли новые образа, засверкали красками возобновленные росписи. А к концу XIX века монастырь был основательно перестроен, и расцвел в новом великолепии. Часть старой церкви включил в себя новый пятикупольный Воскресенский храм, стройный и величественный, построенный в романском стиле. Особой пышностью отличался алтарь с пятиярусным иконостасом, со старинными иконами, великолепными росписями, богатой позолотой.
Но главные беды были еще впереди. После революции 1917 года участь большинства храмов и монастырей России была, увы, плачевной. По приказу новой богоборческой власти в 1926 году была взорвана колокольня Покровского монастыря, разобрана его каменная ограда. Вскоре закрылись и оба храма, Покровский и Воскресенский. Разрушить их не разрушили, но изуродовали основательно. В годы советской власти стояли церкви без куполов, без крестов, обезображенные нелепыми пристройками. Рядом разбили парк культуры, а в монастырских строениях разместили всевозможные предприятия и организации.
И лишь тогда, когда ушли в прошлое страшные годы безбожия в нашей стране, началось долгожданное возрождение обители. В 1994 году Священным Синодом Русской Православной Церкви было принято решение о возобновлении Покровского монастыря, но теперь уже в качестве женской обители. Но здания монастыря все еще были заняты арендаторами, и были полностью освобождены, чтобы наконец-то оказаться в распоряжении обители, лишь в 1997 году.
Конечно же, монастырь пришлось практически воссоздавать заново – покалеченные в послереволюционные годы, его постройки на протяжении семи десятилетий не знали ремонта. Но вопреки всем сложностям и вечной нехватке денег храмы с Божьей помощью восстанавливались и освещались, монастырь заселялся насельницами, вновь обретал святыни…