Как и почти все российские монастыри, Покровский монастырь не раз переживал тяжелейшие периоды в своей истории. Основанный в XVII веке царем Михаилом Федоровичем Романовым, монастырь был отстроен на месте так называемых Убогих домов – а попросту сараев, куда свозили тела тех, кого было принято, согласно установлению патриарха Филарета, хоронить без отпевания: «которые вина обопьются, или зарежутся, или с качелей убьются, или, купаючись, утонут, или сами себя отравят, или иное какое дурно сами над собою учинят». Вот и свозили туда останки всех, скончавшихся внезапной смертью, или тех, кого хоронить некому было: безвестных бродяг, бездомных, убогих и прочего пропащего люда. Согласно обычаю, хоронить таких людей можно было только в седьмой день после Пасхи либо в день Покрова Пресвятой Богородицы. Вот и лежали там месяцами сотни тел, и ладно бы еще зимой, в морозы… А когда наступал, наконец, день, в который дозволены похороны, шли туда и священнослужители, и простой народ, чтобы предать, наконец, земле всех безвестных покойников. Сердобольные русские люди несли и саваны, и гробы, чтобы по-людски похоронить тех, чьих имен и прегрешений они не знали, но верили, что Бог в своем милосердии примет и простит всех…
Но началась в Москве эпидемия чумы – и Убогие дома стали страшным источником заразы. Тогда и было принято решение убрать их, чтобы построить на этом месте мужской монастырь в честь Покрова Пресвятой Матери Божией. Появились здесь две каменные церкви – пятиглавая во имя Всех святых и одноглавая Покрова Божьей Матери, были построены и шатровая колокольня, и семинария, и трапезная, и настоятельские и братские кельи. А еще на территории монастыря был заложен прекрасный фруктовый сад.
Монастырь был небольшим, но ухоженным и даже приносил доход от принадлежавших ему часовен, земельных угодий и кладбища. Но этих денег со временем оказалось явно недостаточно для поддержания зданий монастыря в надлежащем состоянии. К концу XVIII века обе церкви и каменная ограда монастыря так сильно разрушились, что пришлось их разобрать. Но разруха царила недолго, среди представителей московского купечества нашлись те, кто не поскупился и вложил немалые средства в возрождение обители. И снова засияли во всей красе купола его церквей – да ненадолго. Пришла на Русь новая беда, война 1812 года. Французские солдаты, ворвавшись в Москву, вволю бесчинствовали в ее монастырях. Досталось и Покровскому монастырю, где они поджигали и разрушали здания. На первом этаже Покровского храма устроили конюшню и держали лошадей, а второй этаж занял французский генерал.
Воинствующие варвары оскверняли святыни православия, кололи штыками и жгли чудесные образа, протыкали гвоздями лики святых, уничтожали прекрасную роспись храма, а престолы, расположенные в алтаре, использовали в качестве столов, а после рубили и жгли.
Но сразу после победы России над Наполеоном снова нашлись щедрые люди – благотворители, и уже к 1815 году обе церкви обители были восстановлены. Засияли новые образа, засверкали красками возобновленные росписи. А к концу XIX века монастырь был основательно перестроен и расцвел в новом великолепии. Часть старой церкви включил в себя новый пятикупольный Воскресенский храм, стройный и величественный, построенный в романском стиле. Особой пышностью отличался алтарь с пятиярусным иконостасом, со старинными иконами, великолепными росписями, богатой позолотой.
Но главные беды были еще впереди. После революции 1917 года участь большинства храмов и монастырей России была, увы, плачевной. По приказу новой богоборческой власти в 1926 году была взорвана колокольня Покровского монастыря, разобрана его каменная ограда.
Вскоре закрылись и оба храма, Покровский и Воскресенский. Разрушить их не разрушили, но изуродовали основательно. В годы советской власти стояли церкви без куполов, без крестов, обезображенные нелепыми пристройками. Рядом разбили парк культуры, а в монастырских строениях разместили всевозможные предприятия и организации.
И лишь тогда, когда ушли в прошлое страшные годы безбожия в нашей стране, началось долгожданное возрождение обители. В 1994 году Священным Синодом Русской Православной Церкви было принято решение о возобновлении Покровского монастыря, но теперь уже в качестве женской обители. Но здания монастыря все еще были заняты арендаторами и полностью освобождены, чтобы наконец-то оказаться в распоряжении обители, лишь в 1997 году.