Почалася різанина і погром. Столиця Гетьманщини з усіма державними установами, з палацом гетьмана в передмісті й церквами та Крупицьким монастирем, які він збудував та прикрасив, з близькою Мазепиному серцю бібліотекою і збіркою зброї, рівну якій не легко було знайти в Західній Европі (про що писав колись Жан Балюз), з усім тим, що за двадцять літ свого панування зібрав там великий державний і культурний діяч України доби бароко, стало прахом і попелом. Різні за походженням джерела одноголосно свідчать про тотальне зруйнування міста. Про це розповідають шведські учасники походу, які бачи -ли на власні очі згарища Батурина. Про це повідомляли свої уряди чужоземні дипломати в Москві. Прусський посол Кайзерлінг (зауважимо, що Пруссія в Північній війні симпатизувала Петру І) писав своєму королеві 17 листопада 1708 року, що Меншиков у Батурині «вирізав усіх… сплюндрував замок та місто». Це ж стверджує й англійський посол Вітворт («твердять, що місто спалене повністю» – в оригіналі «burnt to the ground»). Це визнають і російські джерела. Новгородський літопис, докладно описуючи події в Україні 1708 – 1709 років, каже, що «великій государь [Петро І]… град его [Мазепи] столний разори до основанія и вся люди посече».
Страшну картину малює український сучасник подій (Лизогубівський літопис): «Много там [у Батурині] людей пропало от меча, понеже збег был от всех сел… Много ж на Сейме потонуло людей, утекаючи чрез лед еще некрепкий; много и погорело, крывшихся по хоромах, в льохах, в погребах, в ямах, где паче подушилися, а по хоромах погорели, ибо хотя и вытрубление було – престать от кровопролития, однак выходящих от покрытия войско заюшеное, а паче рядовые солдаты, понапившися, кололи людей и рубали, а для того боячися, прочіе в скрытых местах сидели, аж когда огонь обойшол весь город, й скрытые пострадали. Мало однак от огня спаслося и только одна хатка, под самою стеною вала стоячая, уцелела, неякогось старушка». На думку Оглобліна, автором Лизо-губівського літопису був сучасник описаних подій Семен Лизогуб, зять майбутнього гетьмана Івана Скоропадського. Звертаємо увагу читача – за наведеним вище свідченням виходить, що місто було фактично віддане переможцям на розграбування і вбивства насправді не припинились навіть після сигналу труби про припинення кровопролиття. Так Батурин потрапив до сумного списку варварським чином знищених в європейських війнах міст разом із німецьким Магдебургом, повністю знищеним католицьким військом фельдмаршала Тіллі в ході Тридцятирічної війни. До речі, своє смертельне поранення від випадкового ядра Йоган Тіллі вважав Божою карою за Магдебург. Цікаво, чи згадував російський «полудержавный властелин» Мен-шиков, животіючи в засланні в селі Березовому, руїни залитого кров'ю Батурина?
Коли 8 листопада Мазепа й шведи побачили руїни і згарища Батурина, ще «крови людской в месте и на предместью было полно калюжами» (Чернігівський літопис). Орлик писав у своєму листі до Яворського: «Ревно плакал по Батурине Мазепа. Теперь все пойдет иначе: Украина, устрашенная судьбою Батурина, будет бояться держаться с нами за одно».
Провину за повне знищення Батурина несуть Менши-ков та особисто цар Петро І. В листі-наказі Меншикову від 5 листопада 1708 року (цей лист опублікований в «Письмах и бумагах императора Петра Великого») цар писав: «А Батурин в знак изменникам (понеже боронились) другим на приклад зжечь весь». Залишки мирного населення Батурина врятувалися втечею, а дехто потрапив до російського полону на довгі роки. Сучасні історики говорять про загибель від 5 до 15 тисяч мешканців міста, і переважної частини п'яти-семитисячного гарнізону. Недавні розкопки в Батурині довели наявність значної кількості людських скелетів у ровах фортеці – саме там було поховано більшість загиблих. Недарма цар загрожував іншим українським містам долею Батурина на випадок їхньої непокори його волі. Долю мешканців міста розділили селяни з навколишніх сіл, що збіглися під захист фортеці. Якійсь частині мешканців удалося врятуватися, пересидівши штурм і різанину в льохах над берегом Сейму, дехто ж вчасно втік із міста в перші хвилини штурму.