Вся потужна генеральна артилерія (до 70 гармат), військові запаси, чималий скарб (державний і гетьманський), державні клейноди (зокрема кілька булав, бунчук і прапори) та архіви дісталися переможцям. Щоправда, чимало клейнодів гетьман Мазепа забрав із собою до табору Карла XII. «Артилерію, скол ко могли взять, везем с собою, – писав Меншиков Петру І з Конотопа 3 листопада, – а протчую тяшкую, а имянно нес колко самых болших пушек, розорвали».
Трагічною була доля керівників оборони міста та звичайних козаків. Поранений Чечель в останні хвилини перед падінням міста вирвався з частиною гарнізону з палаючої столиці, але був виказаний своїм родичем, козаком Конотопської сотні Яценком, який видав його Меншикову. За кілька днів по тому він разом із Нестеренком та іншими українськими старшинами був колесований в Глухові. Важкопораненому Кенігсеку, що не встиг розташувати своїх артилеристів у належне бойове шикування, «пощастило» – він помер в дорозі, але кара все одно була виконана вже над його мертвим тілом, а голова з виколотими очима настромлена на палю в Сумах. За свідченням шведських джерел (мемуари Седер'єльма), якійсь частині сердюків Батуринського гарнізону після відчайдушного двогодинного бою вдалося вирватися з міста і врятуватися (мова йде про кількасот чоловік, які потім склали в шведському таборі полки під тими самими назвами, що були у гетьмана раніше). П'яним переможцям залишилося лише вбивати беззбройних старих і дітей та ґвалтувати жінок.
Цар належним чином оцінив «подвиги» свого «православного Христолюбивого воїнства» – згодом на спеціальному параді з нагоди святкування річниці Полтавської перемоги, організованому за давньоримським зразком, було провезено і статую, що мала зображати Батурин, з таким латинським написом [переклад мій. – Д. Ж.]: «Гніздо бунту Батурин, знищене мечем». Бачимо, що тогочасні російські військові і політики не вважали за потрібне перекручувати правду або виправдовуватися перед будь-ким за знищення української столиці, її гарнізону та мешканців – цю ма-лопочесну функцію взяли на себе їхні сьогоднішні духовні нащадки. За сухуватим свідченням писаря часів Петра І Петра Крекшина, в 1708 – 1709 роках в Україні було «изменников порублено до 30 тысяч». Цю цифру важко підтвердити чи відкинути, але не слід забувати, що згодом долю Батурина (знищення міста разом із мешканцями) розділили ще кілька українських міст – Нехвороща, Маячка, Перевод очна, Старий та Новий Кодаки… І якщо кількість жертв російських репресій серед козацької старшини вимірюється сотнями, то серед звичайних селян і міщан Лівобережжя, Правобережжя та земель Війська Запорозького Низового це число дійсно має сягати багатьох тисяч.
Про трагічну загибель Батурина писала тогочасна європейська преса. Якщо німецькі та австрійські видання, толерантно налаштовані щодо Росії, стримано згадували про знищення української столиці (подібну звістку подав австрійський часопис «Віденський щоденник»), то, наприклад, французькі газети (Gazette de France, Paris Gazette, Mercure Historique et Politique, Lettres Historique, La Chef du Cabinet), посилаючись на звіти своїх дипломатів, рясніли заголовками на кшталт «Страшна різанина», «Руїна України», «Вбивство жінок і дітей», «Усі мешканці Батурина без різниці віку і статі вбиті», «Так чинять нелюдяні московити», «Меншиков показав страхіття московського варварства». Навіть враховуючи певну політичну ангажованість цих видань, не можна не зазначити, що в тогочасній Європі подібне знищення котроїсь із столиць розцінювалося як варварський, злочинний акт, яким і було насправді сплюндрування Батурина.
Трагічна доля міста була великим ударом і для українсько-шведського союзу. Шведський учасник походу 1708 – 1709 років полковник граф Юлленшерна писав у своїх спогадах: «Вбивства, які тут [у Батурині] були вчинені, навели такий терор на цілу країну, що не тільки більша частина України, а в тому числі й ті, що з прихильності до шведів рішилися були на повстання, залишилися по своїх домах, але й переважаюча кількість війська, що прийшло до шведів з Мазепою, перейшла до ворога, а це викликало у нас великі недостачі і перешкоди в усіх наших пізніших акціях». Останній момент викликає деяку недовіру – навесні 1709 року, ще до переходу на бік Мазепи і Карла запорожців, за свідченням Георга Нордберга, у гетьмана було так само близько 3 – 4 тисяч козаків (сердюків і реєстровців). Проте в цілому тактика царя почала давати свої плоди – терор і обіцянки виявилися достатньо дієвими в Україні.
Протягом наступних місяців у Гетьманщині відбувалися численні слідства й жорстокі кари над усіма, хто був причетний або тільки запідозрений у причетності до справи Мазепи. Це мало місце скрізь, де стояли російські гарнізони (зокрема в Києві), але особливо страшну пам'ять, яка була жива ще у добу «Історії Русів» (перша чверть XIX століття), залишила по собі діяльність слідчої канцелярії в Лебедині (на території слобідського Сумського полку, недалеко від границі Гетьманщини). Там досить довго знаходилась царська ставка і було зосереджено більшість слідчих справ, що провадилися з особливою ретельністю й жорстокими тортурами (місцевим краєзнавцям добре відомий так званий «цвинтар мазепинців», де поховано, за різними даними, від кількох десятків до кількох сотень чоловік). За даними С. Павленка, тут гинули десятки людей, причетність котрих до справи повстання Мазепи була справді доведена чи лише гіпотетична. Це були агенти, кур'єри, розвідники, що працювали на користь гетьмана і короля, члени родин відомих мазепинців, їхні знайомі, близькі, на яких було написано доноса. Так, в Лебедині було допитано, піддано тортурам і згодом страчено або заслано: запорозького отамана Тимофія Полугера, лохвицького сотника Якова Яременка, козака Н. Лютого з двома компанійцями, які везли листи до шведського короля, селянина Прокопа Іваненка, що вбив російського драгуна, такого собі Феська з Переяславського полку, що разом із двома товаришами вів антицарську агітацію, глухівського міщанина Данила Тарашенка, який сміливо висловив своє обурення з приводу різанини, вчиненої Меншиковим у гетьманській столиці: «Москва Батурин розорила и людей тамошних перебила, даже и малых детей не пощадила; за это и мы не зарекаемся в московской крови по колена бродить, потому что за разорение Батурина вся Украина встанет». Допити, катування і страти провадилися і в інших значних містах Гетьманщини – спійманих мазепинців відвозили до Миргорода, Глухова, Гадяча – всіх міст, де були російські гарнізони. В Україні панував справжнісінький терор, атмосфера зрад, доносів, коли довіряти не можна було навіть родичам і найближчим друзям. За таких умов вражає відвага людей, які свідомо йшли на муки і смерть в ім'я того, у що вірили. Так, шептаківський війт на прізвище Опоченок (його ім'я, на жаль, нам не відоме) допоміг Івану Бистрицькому в його місії до Карпа, а потім за своєю ініціативою агітував на вулицях Новгорода-Сіверського проти російської влади і аби городяни не боялися шведів, що йдуть як союзники і визволителі. Сміливого війта схопили і закатували російські «майстри заплічних справ» у Лебедині. Такою ж була доля роменського міщанина. Флюса, котрий був перехоплений із листами від гетьмана до Станіслава Лещинського, та козака Григорія Пархомова, який їздив із посланням від гетьмана до Чернігівського архієпископа. Кого тільки не було серед заарештованих – ченці і черниці, старшини, козаки, селяни, міщани, купці…