Користуючись підтримкою Мазепи, якому він, можливо, чимось допомагав ще за догетьманських часів, Скоропадський зробив непогану маєткову кар'єру. Мазепа нерідко посилав його з різними дорученнями до Польщі (1690 рік), Москви (1693, 1696 роки), Запорозької Січі (1703 рік) тощо. У 1698 році Іван Скоропадський став генеральним бунчужним, приблизно в 1700 році – генеральним осавулом, а 1706-го Мазепа призначив його стародубським полковником.
У 1699 році гетьман «респектом… пана бунчучного войскового генералного Ивана Скоропадского значних и працовитых при боку наглом услуг» надав йому село Івашків, що перед тим належало тестеві Скоропадського – Калениченку. Одруження (в 1700 році) з дочкою багатого прилуцького хрещеного єврея, орендаря Марка Аврамовича (засновника відомої старшинської династії Марковичів), вдовою колишнього генерального бунчужного Костянтина Голуба (швагра Самойловича), ще більше зміцнило маєтковий стан Скоропадського, бо Анастасія Марківна мала значні маєтності.
Уже саме призначення Скоропадського стародубським полковником свідчить про те, що Мазепа цілком йому довіряв. Північний, добре захищений від татарських нападів, Стародубський полк був важливою економічною частиною Гетьманщини і, завдяки своєму прикордонному положенню, мав особливе політичне і стратегічне значення. Підтримка стародубської старшини й міщан була дуже важлива для політичних планів Мазепи. Стародубський полковник І. Скоропадський і стародубський війт С. Ширай, очевидно, мали бути надійними виконавцями політики Мазепи на півночі Гетьманщини.
Мазепа був цілком впевнений у позиції Скоропадського, коли 30 жовтня 1708 року писав йому з шведського табору, щоб той намагався «всеми способами, по данном себе от Бога разуму и искусству, московское войско з Стародуба искоренит». На випадок, «если бы… до искоренения того гварнизону московского, в Стародубе зостаючого, толко силы и способу не мел, теды радим… оттуль уходити и до боку нашого в Батурин з товариством поспишати, жебы не попал з неповетованным жалем нашим в московский руки». Скоропадський не одержав цього листа – запорожець Тимофій Полугер, що віз його, потрапив до рук росіян і був відправлений на розправу в Лебедин. З огляду на те, що це єдиний лист гетьмана цього періоду, нижче ми наводимо його текст (лист опубліковано в «Письмах и бумагах императора Петра Великого»).
«Мій ласкавий приятелю, пане полковнику стародубівський! Нехай буде відомо вашій милості те, що ми, гетьман, бачачи Вітчизну нашу Малоросійську, що приходить до крайньої згуби, коли ворожа нам здавна сила московська те, що поклала була від багатьох літ при всезлобному своєму намірі, тепер почала досягати із занепадом останніх прав та вольностей наших, коли без жодного з нами погодження почала забирати малоросійські городи в своє посідання, людей наших, пограбованих і до кінця знищених, із них повиганявши, а своїми військами осаджувати. І нехай би те чинили в полках Стародубському, Чернігівському та Ніжинському, маючи й вигадуючи з притаманної собі хитрості брехливі причини, начебто те чинять для оборони від наступу шведських військ, але й біля дальніх міст, куди шведські війська не мислять ніколи наступати, заходилися були, як до Полтави з Білгорода ординовано два полки. І над іншими містами те б виповнилося, коли б ми, за звичною нашою горливістю до Малоросійської Вітчизни, тому їхньому лихому намірові не запобігли. А до того не тільки маємо від зичливих приятелів таємні перестороги, але й самі те явними доказами бачачи і цілковито відаючи, що нас, гетьмана, генеральну старшину, полковників і весь керівний склад Запорозького війська, хочуть за притаманними їм звабами до рук прибрати і запровадити у тиранську свою неволю, ім'я Запорозького війська згладити, а козаків у драгунію та солдат перевернути, народ же малоросійський навіки віддати у рабство. І коли б не Господь поміг од тиранських їхніх рук врятуватися, то, певне, й той би їхній намір ворожий дійшов би до здійснення, адже ні для чого іншого Олександр Меншиков та князь Дмитрій Михайлович Голіцин зі своїми військами до нас поспішали, ні для чого іншого звабами своїми спершу з військом, а потім і так само і зі старшиною до обозів своїх московських вабили, тільки щоб нас усіх могли забрати у тяжку неволю (а не дай Боже!) і на тиранські муки. Бачачи понад те, що московська потенція безсильна і невоєнна завжди втечею рятується від непоборних шведських військ, прибігла сюди не боронити нас від наступу тих-таки шведських військ, але вогнем, грабунками і немилосердним мордуванням прийшла руйнувати, а міста відбирати в своє посідання; ми ж тож удалися за згодою і спільною постановою спільно з панами генеральними особами, полковниками та старшиною всього Запорозького війська в непоборну потенцію Найяснішого Короля Його Милості Шведського, маючи непосоромну надію у всемогутньому Бозі, єдиному заступнику ображених, що любить правду і ненавидить лжу, що Його Королівська Величність завжди оборонить щасливою зброєю від того московського тиранського ira Вітчизну нашу Малоросійську і Запорозьке військо звільнить, а забрані наші права та вольності не тільки приверне, але із загальною користю і з безсмертною славою Запорозького війська на майбутній вік примножить і розширить, у чому нас утвердив і упевнив своїм ніколи не змінним королівським словом і даною на письмі асекурацією. За чим і ваша милість, оскільки є правдивий своєї Вітчизни син не зичачи їй крайньої погибелі, знищення та руїни, берися до єдиної з нами всіма згоди і до спільної оборони тієї ж своєї Вітчизни, також дбай усіма способами, за даним тобі від Бога розумом та мистецтвом, викоренити московське військо із Стародуба, згодившись щодо того із панами полковниками переяславським та ніжинським, певний, того бувши, що московська сила нічого не зможе там вашій милості та місту Стародубу зашкодити, бо вона невзабарі буде зброєю Королівської Величності Шведської загнана у свої межі. А коли б ваша милість до викорінення того московського гарнізону, що лишається у Стародубі, стільки сили і способу не мав, то радимо вашій милості звідтіля іти і поспішати до боку нашого з товариством у Батурин, аби не потрапив із невіджалованим нашим жалем у московські руки. Того від вашої милості повторно і пильно жадаючи, зобов'язуючи й наказуючи горливістю та любов'ю до Вітчизни, йому ж зичимо від Господа Бога здоров'я.