Вінцем цього «уничтожения» Мазепи був наказ царя вищим українським і російським церковним ієрархам гетьмана Мазепу «публично в соборной церкви проклятию предать», тобто проголосити церковну анафему на царського ворога, який «оставя православие, к єретикам Шведам ушел… и, вместо защищения також как великой строитель оных был святым церквам, ныне проклятой гонитель оным учинился, понеже недалеко от Новагородка Шведы в одной церкви лошадей поставили…» (цитата з указу царя митрополитові Рязанському, місцеблюстителю патріаршого престолу Росії, українцеві та старому приятелеві гетьмана Мазепи Стефану Яворському від 31 жовтня 1708 року). Невідомо, чому дивуватись більше – відвертій і навіть дещо наївній демагогії царя, якого більшість власних підданих вважали чи то антихристом, чи то його предтечею, але аж ніяк не ревним захисником православ'я, або його бажанню зайвий раз продемонструвати Російській православній церкві, хто є справжнім володарем у державі. Саме безпрецедентній залежності російської духовної влади від світської в епоху Петра українці завдячують недопустимою за власне церковними канонами анафемою політикові, який не вчинив жодного церковного злочину, за який передбачалася подібна середньовічна форма покарання. Питанню правомірності чи неправомірності анафеми на гетьмана Мазепу (яка, як і анафема на Григорія Отреп'єва, Степана Разіна тощо, виголошувалася в церквах колишньої Російської імперії зі згадкою імен до 1869 року, без такої згадки – до 1917 року, але формально була тихо відмінена УПЦ (Московський патріархат) лише в 1992 році) присвячені кілька спеціальних досліджень. Трохи згодом ми спробуємо лише коротко висвітлити дане цікаве питання. Зараз же зазначимо – наказ царя був слухняно виконаний. 12 листопада в Москві, в Успенському соборі – місці коронації московських царів і російських імператорів – у присутності єпископату, царевича Олексія Петровича, бояр та інших осіб митрополит Стефан Яворський виконав церковний обряд прокляття «за измену и вероломство» (виголосивши при цьому відповідний текст, див. нижче) на того, хто завжди був вірним сином православної церкви і найбільшим її покровителем з усіх українських гетьманів.
Того ж дня в Глухові, в Троїцькій соборній церкві, після літургії та молебня в присутності царя і його наближених осіб, а також гетьмана Скоропадського й старшини вище українське духовенство на чолі з митрополитом Йоасафом Кроковським «предало Мазепу вечному проклятию», причому новгородсіверський протопіп Афанасіи Заруцький, давній панегірист, а потім ворог Мазепи, «сказывал казанье, напоминая о прежде бывших изменниках пространно…». Того ж дня царський маніфест оголосив Мазепу «богоотступным изменником», що «от веры православной и Церквей христианских отлучен». З відповідними друкованими посланнями тотожного змісту звернулися до своєї пастви вищі українські ієрархи – митрополит Йоасаф Кроковський, архієпископ Іоан Максимович і єпископ Захарія Корнилович.
Все вищезгадане проводилося незважаючи на той простий факт, що, за канонами православної церкви, відлучення від церкви і церковне прокляття (анафема) можливі лише щодо осіб, які являють собою особливо впертих, нерозкаяних грішників, присутність яких у церковній общині загрожує існуванню общини і які вчинили дії, що можна кваліфікувати як церковний злочин (особливо це стосується так званих єресіархів – засновників і поширювачів єресей). Формально Іван Мазепа під жодну з вищезгаданих категорій не підпадав. Проте деякі російські церковні та світські діячі так не вважали. Як ми вже зазначали, в Росії досить рано оформилось уявлення про сакральний (священний) характер влади царя над підданими. Фактично це мало вигляд так званого цезарепапізму (коли вища духовна і світська влада сполучалася в руках однієї особи – царя). Такий цар прирівнювався придворними ідеологами до намісника Божого на землі, а подекуди (як не цинічно і богохульно це не звучить) – і до самого Господа неба і землі. Звідси з'явилася прозора аналогія – вороги царя суть вороги Божі, а їхні злочини – фактично церковні, а не світські. Політика російського царя вважалася «Божою справою», її вороги – відступниками, подібними до єретиків. Найтяжчим же смертним гріхом вважався гріх Іуди Іскаріота – зрада (подібне уявлення існувало і на Заході; згадаймо, що Данте помістив у найостанніше коло свого пекла саме Іуду та інших відомих в історії зрадників). Метою російської пропаганди було ототожнити Росію з «Новым Сионом», вчинок українського гетьмана – з учинком Іуди (залишаємо за читачем право самому здогадатися, з ким у даному разі ототожнювався цар Петро І). Це досягалося таким чином. Ім'я Мазепи було включене під прямим тиском царя до так званого «Чину православ'я», гетьманові виголошували анафему в першу неділю Великого посту разом із відомими єресіархами перших століть нашої ери Арієм, Несторієм, Євтихієм. Наводимо скорочений варіант тексту: «Обретеся вторый Иуда раб и льстец, обретеся сын погибельный, диавол нравом, а не человек, треклятый отступник Мазепа, иже оставив Христа, Господа и благодетеля своего, и прилепи-ся к супостату, воздавая злая за благая». Цікаво, що ті, хто «не погодився з Іудою Мазепою і душі поклали за свого владику» (прозорий натяк на Кочубея та Іскру), прямо іменувалися «янголами земними» (вельми оригінальний спосіб заохочення писання доносів – якщо вам не повірять і навіть скарають на землі, то небесна нагорода вас точно не обмине).