Перехід запорожців на бік Мазепи і Карла XII викликав виступи українського населення проти російської влади та військ, що одразу охопили майже увесь прикордонний із запорозькими землями Полтавський полк, Правобережжя і навіть невелику частину Слобожанщини, створивши певну загрозу для російського війська. Російський генерал Ренне писав Меншикову (лист від 25 березня 1709 року): «Оные [запорожці], также и тамошние мужики все отложились и уже давно нам неприятели». 30 березня він писав цареві: «Здесь болшой огонь разгараетца, которой надобно заранее гасить». До запорожців приєдналися міста Пере-волочна, Келеберда, Нехвороща, Маячка, Царичанка, Нові Санжари та інші – практично вся територія, на якій колись відбувалося повстання Петрика. Незабаром між Ворсклою, Ореллю і Дніпром вже діяло 15-тисячне військо повстанців.
Повстання в Полтавському полку і з'єднання повстанців із запорожцями мали чималий вплив на Правобережжі, яке раніше вагалося між українсько-шведською і проросійською орієнтацією. Становище змінилося після прилучення Запорожжя до Мазепи. Запорожці відразу звернули увагу на Правобережжя. «Кошевой вор пишет универсалы за Днепр в Чигирин, прелщая к Мазепиной стороне», – писав князь Г. Долгорукий Меншикову 16 березня 1709 року. А 3 квітня він же доповідав цареві, що Гордієнко «яд свой злой еще продолжает изливать, на другую сторону за Днепр непрестанно прелестно пишет, дабы побивали свою старшину [прихильну до царя і Скоропадського], а сами б до него за Днепр переходили, что уже такая каналія тамо за Дніпром купами збираетца й разбивает пасеки…». Це «чигиринское смятение» дуже непокоїло царя. Щоб «тамошней край удержать и до бунту не допускать и тамошних доброжелаемых охранить», до Чигирина з Клева був відряджений драгунський полк генерала князя Г. Волконського, а з Лівобережжя – два драгунських полки і козаки Стародубського та Ніжинського полків. Чигиринським полковником був призначений сумно відомий Гнат Ґалаґан (в листах царя він фігурує як «Кгалаган» або навіть «Калагін»).
Тим часом на Січі відбувалися досить дивні події, які не могли не послабити загальні позиції Запорожжя. На початку квітня на кошового отамана, замість Гордієнка, було обрано вже літнього Петра Сорочинського. Це викликало заколоти і «непрестанные между ними [запорожцями] бои», як повідомляв Петра І Меншиков 14 квітня 1709 року. Сорочинського росіяни вважали за «самаго добраго [для себе] человека» і тому сподівалися на радикальні зміни в політиці Запорожжя, зокрема розриву запорозько-шведського союзу. Але сталося зовсім інакше. Сорочинський не тільки не був прихильником царя, але ще й сам виїхав до Криму, щоб дістати там допомогу проти росіян.
Питання про причини цих змін на Запорожжі в історичній науці дотепер не з'ясоване як слід. Дуже схоже, що тут попрацювали російські агенти, які давно вже намагалися позбутися Гордієнка. Окрім закликів, прокламацій та листів Б. Шереметева та О. Меншикова до запорожців «об отвращении от неприятельской стороны», уряд Петра І вживав також інші засоби, про які радянський історик В. Шутой писав: «В это же время [на початку березня 1709 року] в Сечь прибыло посольство от Апостола. По указанию русского командования Апостол тщательно готовил это посольство. Он отобрал из своего полка «добрых Козаков», т. е. таких, которые были раньше в Сечи кошевыми и были известны запорожцам, причем посольство было снабжено значительными денежными суммами. Задача послов состояла в том, чтобы разойтись по разным куреням и там «диверсии учинить» против мазепинцев, постараться свергнуть Гордиенко и судью». Але ця місія «апостольців» не пройшла так легко: їх було виявлено, прикуто до гармат, а листи, які вони привезли від Апостола, були послані до Гордієнка. Згодом «апостольцям» пощастило втекти з Січі, але на раді 6 квітня Гордієнко був замінений Сорочинським.
Можливо (цю думку обережно висловлював у свій час Оглоблін), ця зміна була пов'язана з боротьбою угруповань та зовнішньополітичних концепцій на Запорожжі. Очевидно, Гордієнко і Сорочинський були представниками різних груп козаків, що мали відмінні погляди на справи внутрішньої і зовнішньої політики Запорожжя. Сорочинський міг висловлювати погляди старшої, більш консервативної частини козацтва; Гордієнко – молодшої, більш радикальної та активної. Можливо, розкол між ними стався на грунті зовнішньої політики. Здавна на Запорожжі, так само як і в Гетьманщині, існували й боролися між собою кілька зовнішньополітичних «орієнтацій», серед яких з ростом загрози для Січі з боку Росії все більшого авторитету набувають кримська і польська, що мали також певний зв'язок і з внутрішніми (зокрема економічними) проблемами Запорожжя (так, прихильники орієнтації на Крим думали і про значний потенціал торгівлі запорозьких земель і південної Гетьманщини з ханством). Приєднання Гордієнка до союзу Мазепи з Карлом XII і Станіславом Лещинським неминуче давало перевагу «пропольському» угрупованню на Січі. Цікаво, що Гордієнко кілька разів (зокрема 5 і 15 березня 1709 року, а потім після укладення запорозько-шведської угоди) звертався до Станіслава Ле-щинського, закликаючи його скоріше прибути в Україну. Деякі посланці Гордієнка разом з листами були перехоплені вже відомим читачеві польським коронним гетьманом Сенявським (прихильником Августа II і Петра І) і потрапили до рук росіян, які доручили гетьманові Скоропадському опублікувати ці листи, щоб скомпрометувати Гордієнка в очах супротивників ідеї союзу з Польщею, яких було чимало, наприклад, на Правобережжі.