За таких обставин «прокримське» угруповання на Запорожжі, користуючись відсутністю на Січі Гордієнка та майже всіх його активних прибічників (які перебували в таборі Карла XII та Мазепи), спробувало взяти владу в свої руки та зміцнити свої відносини з Кримом (як колись Петрик), у чому, врешті-решт, були зацікавлені всі члени українсько-шведсько-польського союзу, не виключаючи самого Гордієнка та його козаків.
У дипломатичній боротьбі за симпатії запорожців Петро І зазнав поразки. Розуміючи це, він розпочав військовий наступ проти Запорозької Січі з метою знищити «злое гнездо», як називали Січ в тогочасних російських урядових колах. Було запроваджено економічну блокаду Запорожжя. Ще 31 березня гетьманові Скоропадському було наказано не пропускати жодних харчових припасів на Січ «и в пристойных местах поставить и заставы, чтоб никто из малороссийскаго народа к ним, запорожцам, как водою, так и сухим путем, ни с чем отнюдь не ездил».
Проти Січі та повстанців на півдні Гетьманщини були послані значні російські військові сили. Карл XII, зайнятий облогою Полтави і боротьбою проти партизан, реальної допомоги повстанцям надати не міг, і повстання на півдні Гетьманщини було незабаром придушене. 12 квітня під містечком Сокілкою на лівому березі Ворскли відбулася досить значна битва між російським корпусом генерал-лейтенанта Ренне (7 тисяч драгунів та піхоти) і шведсько-українським загоном (2730 шведських кавалеристів, 500 компанійців гетьмана Мазепи та 3 тисячі піших запорожців Гордієнка. Шведсько-українським військом командував шведський генерал-майор Крузе). За шведськими даними (хроніка Нордберга), шведам і пішим запорожцям вдалось збити росіян з позицій і гнати кілька миль, причому козаки спалили і пограбували російський обоз. Росіяни втратили 400 вояків убитими, до 1 тисячі пораненими. За російськими джерелами, все було з точністю до навпаки – відступили шведи і запорожці (щоправда, ми не надто схильні довіряти переможній реляції Меншикова про цю битву, адже російській пропаганді вкрай потрібна була хоч якась перемога над запорожцями і шведами саме в той період, аби змусити українське населення розчаруватися в скандинавах та січовиках).
Водночас 13 квітня 1709 року фельдмаршал Шереметев задоволено писав Скоропадському: «Посланная наша партия из Голтвы под Новый Сенжаров… счастливое нападение учинила и многих запорожцев и мужиков, которые показали себя в противности, порубила и поколола, а несколько живьем взяла, а достальные ушли в замок и заперлись, а которые не могли уйтить в замок, и те многие, бежав от страхования чрез реку Ворскл, перетопли».
Але власне Січ трималася. На початку квітня російське військо (три полки піхоти) під командою полковника П. Яковлева вирушило з Києва Дніпром до Січі. 16 квітня була взята штурмом і спалена фортечка Келеберда. Значний опір зустрів Яковлев у Переволочні, гарнізон якої складався з тисячі запорожців на чолі з полковником Зін-цем та двох тисяч озброєних мешканців. У Переволочні була велика запорозька флотилія, яка забезпечувала позиції шведсько-українського війська на Дніпрі, а також комунікації з Правобережжям. На допомогу Яковлеву прийшов загін князя Волконського. Запорожці зустріли ворогів гарматним вогнем, після чого Яковлев розпочав штурм фортеці. 18 квітня «по двучасном многом огню… Переволочинской замок взяли», – доповідав Яковлев. Понад 1000 запорожців і більшість мешканців міста було порубано, «кроме тех, что по куреням побито и пожжено. А достальные, бежав, топились в реках – в Днепре и в Ворскле». Переможцям дісталося 3 гармати, прапор, 4 козацьких значки (прапорці) і 12 полонених старшин («понеже живых их брали мало, но всех рубили»). При цьому було спалено замок і передмістя Переводочни, знищено навколишні млини та запорозьку флотилію (останній чинник згодом виявиться фатальним для долі відступаючої з-під Полтави після знаменитої битви шведсько-української армії). Дорога на Січ була відкрита.