Запорожці готувалися до оборони. Кошовий Сорочинський був у Криму. Його заступник наказний кошовий отаман Михайло Симонченко з невеликим загоном вирушив на північ, щоб організувати оборону Старого й Нового Кодака, але, внаслідок зради, натрапив на засідку – загін російських драгунів і козаків Ґалаґана, який координував боротьбу проти запорожців з боку Скоропадського. У бою загін Симонченка був розбитий: «И всех их побили, – писав Шереметев цареві 11 травня, – и самого кошевого живьем взяли и с ним 14 человек, но за тяжелыми ранами тому кошевому отсекли голову, послали к полковнику Яковлеву… для посылки в Сечю иным на страх…» Старий і Новий Кодаки були взяті Яковлевим майже без бою.
11 травня Яковлев був уже поблизу Січі, яка тоді, під час весняної повені, була оточена водою і виявилася міцним горішком. Тригодинний штурм козацької твердині «и на лодках, и на судах» був відбитий з великими втратами для царських військ – за даними, що їх подав у листі від 26 травня того ж року сам цар, росіяни втратили вбитими від 300 до 400 чоловік, серед них полковника Урна. Кількох ворогів запорожці захопили в полон, і, помщаючись за смерть свого наказного кошового та інших товаришів, яких росіяни не брали в полон, «срамно и тирански умертвили в Сечи». Лише за допомогою Гната Ґалаґана, що добре знав топографію місцевості та укріплення Січі, росіяни 14 травня знову атакували. За твердженням Д. Яворницького, запорожці, відбивши ворожу атаку, зробили необачну вилазку, під час якої війська Яковлева та Ґалаґана увірвалися всередину січових укріплень. Невеликий гарнізон Січі вирішив стояти до кінця, але Ґалаґан та російські офіцери присягнули, що січовики можуть розраховувати на почесну капітуляцію. Одразу після здачі кількома сотнями запорожців зброї російські вояки вчинили різанину. Живими було захоплено близько 300 козаків та старшин, а також 160 жінок і дітей із передмість Січі та зимівників, які теж нищилися Яковлевим та Ґалаґаном. Під час бою загинув кошовий отаман (наказний) Кирик Конелевський і багато козаків. Радісно доповідаючи про все це цареві 19 травня 1709 року, Меншиков писав: «Живьем взято старшин и казаков с 300 человек, пушек, також и амуниции взято в оном городи многое число… А ис помянутых живьем взятых воров знатнейших велел я удержать, а протчих по достойности казнить и над Сечею прежней указ исполнить, також и все их места разорить, дабы оное изменническое гнездо весма выкоренить».
«Прежний указ» – це злочинний наказ про знищення Батурина, долі якого зазнала тепер і Стара (Чортомлицька) Січ, заснована ще за часів Івана Сірка.
Наказ царя був виконаний повністю. «Последней корень Мазепин» (слова. Петра І) Січ була, зруйнована дощенту, й усі будівлі, включно з січовою церквою, спалені. Переможці жадібно хапали все, що потрапляло під руку, – іконостаси, хрести, книги, мідні казани, навіть мідний металобрухт. Дехто почав розкопувати запорозькі поховання, шукаючи скарби і навмисно оскверняючи прах давно померлих січовиків. У той же час Гнат Ґалаґан займався не менш огидною справою – вислужуючись перед своїми новими господарями, він вправно відшукував запорозькі хутори в степу (зимівники) і розправлявся з їхніми мешканцями. Запорожці, що жили в зимівниках, були здебільшого одружені, і на поталу зрадникові дісталися здебільшого жінки та діти його колишніх товаришів по зброї. Ґалаґан заслужив своє підвищення по службі – Петро І згодом уважно стежив, аби колишній компанійський полковник не загубився серед усіх, хто наввипередки заявляв після Полтавської битви про свої заслуги перед російським царем у справі боротьби з «изменой Мазепиной». Але головною нагородою Ґалаґанові була ненависть і презирство більшості його земляків. Фамільна легенда XIX століття твердила про прокляття, накладене на рід Ґалаґанів за вчинки їхнього родоначальника (сюжет, дуже близький до відомої «Страшної помсти» Гоголя).
Так «зостало Запороже пустое». Мало хто врятувався. «У нас в Сичи, – писав згодом кошовий отаман Степаненко гетьманові Скоропадському, – по присязе Кгала-гановой и московской товариству нашому головы луплено, шию до плахи рубано, вешано и иные тиранские смерти задавано, а надто що и в поганстве за древних мучителей не поводилося, мертвых из гробов многих не тилко товариства, но и чернецов откопувано, головы оным утинано, шкуры луплено и вешано». Огидні вчинки російського війська важко пояснити з позицій здорового глузду і правил ведення війни, але психологічно вони були викликані люттю вояків Яковлева через свої значні втрати та бажанням раз і назавжди залякати українців, і зокрема запорожців, що зрештою зробити не вдалося – січовики, дізнавшись про подробиці взяття їхньої фортеці, не вдалися до дезертирства, а при першій-ліпшій нагоді жорстоко металися воякам Петра І за їхній відвертий садизм у ставленні до полонених і навіть вбитих ворогів.