Взяття Січі вплинуло на долю всієї весняно-літньої кампанії. Це розуміли і гетьман Мазепа, і російський цар. Ініціатива остаточно перейшла до росіян. Петро І влаштував у російському таборі під Полтавою гарматний салют на честь «виктории над запорожцами». Головкін швидко вислав «нарочного куриера» до російського посла в Константинополі П. Толстого, «дабы он тамо у Порты кому належит объявил, что те злодеи, от которых между обойми государствы происходили ссоры, погибли…». У Москві вістку про знищення Січі прийняли «со многою радостию» та «со многим тріумфом тріумфовали». «Оное проклятое гнездо, – писав Петрові 2 червня 1709 року, поздоровляючи царя з «таковым щастием», адмірал Ф. Апраксій, – я чаю, до последняго отчаяния проклятого Мазепу привело, и народ Малоросийской к Вашему Величествию утвердило». Сповнилися давні гіркі передбачення запорожців про те, що як росіяни виженуть Запорозьке військо з Січі, то «конечно на вічні часи всі українські люди будуть Москві невільниками, чого… давно держава Московська бажає й на те шукає способів».
Попри цитовані вище слова Апраксіна, гетьман Мазепа не впав відчай – у нього було достатньо турбот. Приєднання Запорозької Січі до українсько-шведського союзу висунуло на перший план проблему Полтави. Мазепа вже давно вказував Карлу XII на особливе значення цієї фортеці та торговельного центру. Невелике місто-фортеця Полтава мало, проте, велике стратегічне значення, бо стояло на перехресті важливих шляхів на Запорожжя, Крим та Туреччину, на Правобережжя і Польщу, на Слобожанщину та далі на Москву та на Дон. Володін -ня Полтавою забезпечувало панування над усією південною частиною Лівобережжя. Нарешті, в Полтаві були запаси провіанту та фуражу, а також сукна, потрібного для війська, – шведське військо, за спогадами офіцерів-каролінців, виглядало страшенно обдертим після важкої зимівлі 1708/1709 року.
У Полтаві завжди були досить міцні українські автономістичні настрої. «Полтава издавна нестатечная, и теперь з ней добра не сподіватися», – писав канцлерові Головкіну в середині листопада 1708 року прихильник Москви – охтирський полковник Федір Осипов. Він вважав, що в цьому місті «знайдутся Мазепины й Орликовы приятели». «Справа Кочубея» та кадрова чистка, яку в зв'язку з цими подіями провів Мазепа в Полтавському полку навесні та влітку 1708 року, усунули від влади опозиційні елементи, і на чолі полтавської старшини стали такі прихильники Мазепи, як полковий обозний Дорош, полковий суддя Іван Красноперич, полковий писар Олександр Чуйкевич тощо. Щоправда, полтавський полковник Іван Левенець не був близький до Мазепи, який йому не довіряв, але він не належав і до супротивників гетьмана і тому був зрештою затриманий російськими чиновниками в Харкові навесні 1709 року. Крім того, в Полтаві була (до листопада 1708 року) дуже впливова родина покійного полтавського полковника Павла Герцика, тестя генерального писаря П. Орлика, зокрема син полковника Григорій Герцик, відомий мазепинець, який вже колись виконував обов'язки наказного полковника.
Наприкінці листопада 1708 року Мазепа намагався закріпити за собою Полтаву, закликаючи Левенця до співпраці, а згодом надіслав туди генерального бунчужного Ф. Мировича з універсалами до населення. Але Левенець визнав нового гетьмана Скоропадського, а на початку грудня до Полтави було введено російський гарнізон, яким командував Олексій Келін.
Перебування Полтави в руках царя загрожувало всім операціям союзників. Полтава потрібна була як опірний пункт для організації нової кампанії проти Москви. Спираючися на це місто, король і гетьман могли б чекати на прихід короля Станіслава та генерала Крассау, а також на приєднання Туреччини та Криму. Полтава була також потрібна для оборони запорозьких земель. Також, облягаючи Полтаву, шведський король сподівався, що Петро І нарешті наважиться дати йому генеральну битву, яку Карл XII сподівався виграти, одним ударом забезпечивши виграш й усієї кампанії.