Розповсюджена колись здогадка, нібито Іван Мазепа обіймав посаду генерального писаря при гетьманові Дорошенку, у наш час спростована Д. Дорошенком та О. Оглобліним. Проте вплив молодого старшини в Чигирині поступово зростав. Він не раз їздив із дорученнями до Криму (де й вивчив татарську мову), виконував інші важливі місії. Тоді ж (десь у 1668 – 1669 роках) в особистому житті Івана Мазепи сталася значна подія – він одружився з трохи старшою за себе вдовою білоцерківського полковника Самійла Фридрикевича – Ганною. Якщо здогадка українського дослідника І. Токаржевського-Карашевича вірна, цей Самійло (інший варіант імені – Кузьма) Фридрикевич був поєднаний родинними зв'язками з відомою українською шляхетською родиною Корничів, представників котрої за відчайдушну хоробрість називали «бісами». їхнім гербовим гаслом було: «Благослови, Господи!» Покійний Фридрикевич був близьким приятелем Дорошенка, і одруження з його вдовою означало, що Іван Мазепа потрапляв до вузького кола найближчих до гетьмана осіб. Варто врахувати також те, що Ганна походила з відомого українського старшинського роду Половців, що виводили себе від половецького хана Шаруканя.
Як це не дивно, ми дуже мало знаємо про те, чи були в Івана Мазепи діти. За одними даними, у подружжя народилися донька Варвара та син Іван, які померли в ранньому дитинстві. Принаймні про доньку гетьмана в 1704 році писав гамбурзький тижневик «Historische Remarks» (не слід недооцінювати обізнаності тогочасної європейської преси в українських справах). Ганна Фридрикевич-Мазепина не втручалася в політичні справи свого чоловіка ні за часів гетьманування Дорошенка, ні тоді, коли Іван Степанович сам став гетьманом. Вона займалася господарством у власних маєтках та численних володіннях чоловіка, ми нічого не знаємо і про її меценатську чи громадську діяльність. Щоправда, деякі її родичі (Дмитро Зеленський, Степан Трощинський) отримали за гетьманування Мазепи полковницькі посади, а її син від Фридрикевича, Криштоф, став сотником. Померла Ганна Мазепина в 1702 році.
На Правобережжі Іван Мазепа намагався втілювати в життя політичний курс гетьмана Дорошенка, але і йому, і більшості старшин ставало дедалі зрозуміліше, що цей курс не має шансів на майбутнє. Непопулярний союз Дорошенка з Туреччиною та Кримським ханством, загострення громадянської війни серед козаків, військове втручання Москви й Польщі майже вичерпали ресурси Правобережжя. Надовго приєднати Лівобережну Україну (не настільки спустошену війною) не вдалося – там булавою заволодів колишній соратник Дорошенка Дем'ян Многогрішний (гетьманував у 1668 – 1672 роках), а згодом – Іван Самойлович. Правобережжя лежало в руїнах, старшина і звичайні українці все більше і більше розчаровувалися в своєму гетьманові. Багато хто зі старшини (Лизогуби, Кандиби, Ханенки, Гамалії) подумував про перехід на Лівобережжя до Самойловича, якого підтримувала Москва. Був серед них і Василь Кочубей – майбутній генеральний суддя за часів Мазепи, друг і ворог гетьмана.
Проте кар'єру Івана Мазепи в Чигирині обірвав Його Величність Випадок. У березні 1674 року Мазепа, уповноважений Дорошенком, вів переговори з російськими представниками та лівобережною старшиною про можливе об'єднання України і зречення Дорошенка. У червні того ж року Іван Степанович очолив загін татар та козаків Дорошенка, які мали відвезти до Криму листи та п'ятнадцять полонених українців з Лівобережжя у дарунок ханові. Такою була жорстока політична реальність тих часів – український гетьман платив кримському ханові за допомогу українськими ж рабами. Проте ні полоненим, ні Мазепі не судилося дістатися Криму. Десь поблизу річки Інгул 11 червня загін потрапив у засідку, влаштовану запорожцями – тогочасний кошовий отаман, славнозвісний Іван Сірко, виступав проти українсько-турецького союзу, завдаючи дошкульних ударів по Кримському ханству і руйнуючи плани Дорошенка. Розлютовані запорожці, схоже, не церемонилися з татарами та людьми Дорошенка, але Мазепу залишили живим – за легендою, переказаною літописцем Самійлом Величком, Івана Степановича врятував особисто Сірко, нібито зауваживши, що ця людина ще знадобиться Україні. Таке «пророцтво» здається дуже схожим на пізнішу легенду, але фактом є те, що Сірко не хотів віддавати Мазепу (таланти якого, вочевидь, оцінив) гетьманові Самойловичу. Той, дізнавшись, що генеральний осавул Дорошенка потрапив у полон до запорожців, вимагав його видачі. Лише дипломатичний тиск Москви, з якою Січ у цей момент не бажала псувати відносини, допоміг Сіркові відправити свого бранця до Батурина – столиці лівобережних гетьманів. Сталося це в липні 1674 року.