Роблячи цей радикальний крок до знищення автономії України, Петро І діяв цілком у руслі традиційної московської політики "поділяй і володарюй". У відозві до населення цар заявляв, що колегія "утворена ні для чого іншого, тільки для того, щоби малоросійський народ ні від кого, як неправедними судами, так і від старшин податками, утисків не зазнавав" м. Просторікуючи про полегшення безперечно важкого становища мас, цар проводив в Україні свої централізаторські заходи. Петро І сягнув вершин лицемірства, стверджуючи, що заснування колегії насправді не суперечить умовам договору з Хмельницьким і що, по суті, цей договір дозволяє створення такої установи. Цікаво, що цілковито перекручуючи дух і букву Переяславської угоди, цар іще не був готовий відкинути її зовсім. Але, мабуть, найбільш повно характеризує позицію Петра щодо ролі колегії не те, що він про неї говорив, а місце, яке він визначив для неї у своїй новій бюрократичній системі. На відміну від Малоросійського приказу, який був частиною Посольського приказу, що вказувало на окремішність України, Малоросійська колегія підпорядковувалася Сенатові, тобто органові, створеному для керування внутрішніми справами. Це явно вказувало на те, що тепер цар уважав Україну невіддільною частиною Російської імперської держави.
Узгодженню підлягали всі аспекти життя українського суспільства. Осідок гетьмана перенесено з Батурина до Глухова, який був набагато ближче до Росії. Раніше козаки діяли як автономне військо — тепер над ними поставлено російського командувача. Вже 1715р. змінено практику обрання козацьких урядовців, Полкам і сотням дозволялося обирати двох чи трьох кандидатів, які мали дістати схвалення резидента, а потім одного з них гетьман, порадившись із російськими чиновниками, призначав на вільне місце. Якщо звільнялися важливі уряди полковників, то колегія дбала про обсадження їх чужинцями. Наприклад, серба Милорадовича призначено полковником у Гадяч, а командувати Стародубським, Чернігівським і Ніжинським полками поставлено росіян. Крім того, російській знаті віддано велику частину земель мазегшнців. Найбільшу заповзятливість у набутті земель і селян зиявив О.Меншиков. Приміром, 1704р. йому належав у гетьманщині 1.261 селянин, 1709р. їх кількість зросла до 28.035, а на 1725р, досягла 55.176. Поспішаючи скористатися з такої нагоди, Б.Шереметьєв, Г.Головкін, Г.Долгорукий і П.Шафіров також здобули на півдні великі володіння. Царський уряд усіляко заохочував сербів, молдаван, чорногорців і греків селитися в Україні, особливо на півдні, де було вдосталь землі. До того ж тутешнє українське населення показало себе найбільш непостійним у своїй лояльності до Москви.
Не уникло царевої уваги й суспільно-культурне життя країни. Старшину відраджувано від шлюбів із поляками та литовцями, натомість їй настійно рекомендувалося родичатися з росіянами. Заходи в галузі культури викликали тривогу своєю новизною. Що стосується книгодрукування, то вже 1720р. Сенат постановив в Україні "надалі книжок ніяких, крім церковних попередніх видань, не друкувати. А ті церковні старі книги для цілковитого узгодження з такими ж великоросійськими церковними книгами вмправляти перед друкуванням за тими великоросійськими виданнями, аби ніякої відміни й особливого наріччя в них не було. А інших ніяких книжок, ані попередніх, ані нових видань, не оголосивши про них у Духовній колегії і не взявши від неї дозволу, в тих монастирях не друкувати, щоб не могло в таких книжках жодного в церкві Східній протиріччя та з великоросійськими виданнями незгоди виникнути". Було зрозуміло, що цар, як захоплено згадував 1726р. один із його близьких підлеглих, "має намір прибрати Малоросію до рук".
Оскільки Петро І мав багато проектів і порівняно мало коштів, гроші йому були вкрай потрібні. Безперечно, царя дратувало, що українці, які становили близько 12% його підданих, практично нічого не вносили до державної скарбниці. Аж до Полтавської битви майже нічого не робилося, щоб змінити такий стан справ. Але після битви, коли цар розпочав першу велику хвилю реформ, зроблено узгоджену спробу висмоктати ресурси України.
У 1709—1722pp. Москва вживала для вичерпування багатств Гетьманщини непрямих способів. Українцям наказано утримувати новоприбулі полки тому, що тепер, як заявив цар, вони повинні були вважати ці війська своїми. Підраховано, що видатки на утримання цих десяти полків сягали близько 147 тис. руб. річно. Коштом гетьмана мав також утримуватися полк сербської та калмицької кавалерії. Крім того, козаків використовували як дармову робочу силу для багатьох царевих будівельних проектів. 1716р. 10 тис. українських козаків послано будувати канал між Доном і Волгою. За два роки по тому стільки ж само виряджено на Кавказ споруджувати укріплення. В 1721 та 1722pp. надходили накази виділити по 10 тис. на будівництво Ладозького каналу. Через погане харчування та хвороби рівень смертності серед цих людей становив у середньому 30, а в деяких полках сягав 50 відсотків.
Політика Петра І згубно діяла на українську торгівлю. Раніше українським купцям було вільно торгувати, де вони хочуть, і багато з них розвивали широкі зв'язки в Прибалтиці та Західній Європі. 1714р. їм несподівано наказано переорієнтуватися, незважаючи на пов'язані з цим збитки, на російські або контрольовані росіянами порти — Архангельськ, Ригу і Санкт-Петербург. 1719р. заборонено експорт української пшениці на Захід. Це дало змогу російському урядові за Дуже низьку ціну скуповувати пшеницю для власних потреб. Водночас на західних кордонах України запроваджено ретельно розроблену й сувору систему імпортних мит. Це мало на меті перешкодити ввезенню готової продукції, що могла б конкурувати з виробами російської промисловості, яка ще тільки набирала сили. Нарешті, російським купцям створено сприятливі умови для експорту своїх товарів у Гетьманщину, тоді як українські мали платити за товари, що їх вони везли на північ, податок у розмірі від 10 до 37%. Скориставшися з цієї ситуації, такі люди, як Меншиков і Строганови, відтрутили місцевих купців і захопили панівні позиції в українській торгівлі.
Але найбільшого фінансового удару завдано українцям 1722р., коли Малоросійська колегія запровадила в Гетьманшині пряме оподаткування. Але Вельямінов не мав ані прикладу, ані інформації, ані допомоги від старшини. Перш ніж почати стягнення податків, спантеличений президент поїхав у Петербург до царя з довгим переліком питань і проблем (головною з них був пасивний опір старшини). Але цар не дав йому корисної поради. Повернувшись у Гетьманщину, Вельямінов почав збирати податки де і як міг. Спочатку їх сплачували, м'яко кажучи, нерівномірно. Приміром, 1724р. Болканська сотня Стародубського полку виплатила 7 руб., а приблизно така сама за розміром Коропська сотня Чернігівського полку — 227 руб. Ще разючіша різниця між Полтавською сотнею Полтавського полку та Кременецькою — Миргородського полку. Перша платила 8, друга — 2276 руб.
Незважаючи на цю нерівномірність, Вельямінов уперто просувався вперед, запроваджуючи нововведення, які мали збільшити зібрані суми. Крім започаткованого регулярного збирання податків, важливою новацією колегії було введення до числа платників старшини та вищого духовенства. Оскільки ці дві групи володіли найбільшими багатствами в Україні, не можна було зібрати значних коштів, не стягуючи податків і з них. Аби мати певність, що старшина платить призначені суми, наглядати за збиранням поставлено російських офіцерів. Щоби полегшити стягування податків, від українців вимагали платити готівкою, а не натурою, як гетьманові. Зусилля колегії принесли неабиякі результати: 1722р. зібрано 45 тис. руб. готівкою й 17 тис. натурою; 1723 — 86 тис. готівкою й 27 тис. натурою; 1724р. — 141 тис. руб. готівкою, й 40 тис. натурою.
Як реагувала на ці цареві заходи козацька верхівка Гетьманщини? Гетьман Скоропадський, що був, певною мірою, причетний до Мазепиної "измены" довгий час намагався не давати жодних приводів сумніватися в його вірності цареві Наприклад, під час Орликового походу 1711р. лояльність Скоропадського була безперечною. Але щораз більше нехтування традиційних українських прав й особливо запровадження Малоросійської колегії переповнили чашу терпіння навіть такої обережної людини, як Скоропадський.