В последние годы XVI века, когда шотландский король Яков Шестой готовился стать английским королем Яковом Первым по смерти Елизаветы, росслинские Синклеры были признаны верными подданными своего суверена, хотя они хранили спрятанные католические сокровища под часовней. Этим объясняется необычная петиция Шоу от 1600 года. Ее подписал Вильям Шоу, управитель королевских работ и ведущий каменщик всей Шотландии, как за столетие до него Джон Мороу. Кроме него поставили подписи главные лица в строительных профессиях. Документ этот подлинный, он хранится в архиве шотландских масонов. В нем содержится просьба к росслинским Синклерам вновь принять на себя роль наследственных Великих Магистров цехов, гильдий и орденов Шотландии, потому что в последнее десятилетие, когда Синклеры были отстранены от своих обязанностей, произошли серьезные беспорядки. В начале петиции полностью признается власть росслинских баронов в предшествующие столетия:
"Мы, главы цехов, мастера и вольные каменщики королевства Шотландия, с согласия и по поручению Вильяма Шоу, управляющего работ нашего суверенного повелителя короля, — поскольку из века в век Росслинские Лорды были покровителями и защитниками нас и наших привилегий — как наши предшественники повиновались им и признавали их своими покровителями и защитниками…".
Владельцы Росслина временно утратили свое традиционное судейское положение из-за религиозного конфликта и подозрения в том, что они по-прежнему поддерживают католическое дело и род Стюартов. Но близкая смерть королевы Елизаветы и предстоявший переезд Якова Шестого со двором в Лондон делали невыносимой перспективу новых волнений в ремесленных организациях, когда их единственный судья будет находиться в далеком Вестминстере. Синклеры традиционно являлись роялистами, и всегда играли очень важную роль в Шотландии. Это подтверждается другой петицией, переданной им тридцать лет спустя и вновь подписанной всеми ведущими шотландскими масонами. В это время шотландский и английский престолы занимал второй Стюарт, Карл Первый, и оказывавшаяся ими поддержка власти епископов над могущественными прихожанами вновь угрожала вызвать религиозный конфликт; который в итоге закончился Гражданской войной. Росслинские бароны символизировали былую стабильность посреди ненадежною будущего. Как говорилось в петиции:
"Мы от своего имени и от имени наших братьев и ремесленников соглашаемся, чтобы Вильям Сент-Клер из Росслина и его наследники взяли в свои руки судопроизводство над нами и нашими потомками на все будущие времена как покровители и судьи над нами и нашими собратьями в королевстве".
Однако в 1615 году Вильяма Синклера приговорили к смерти за то, что он укрывал у себя иезуита-священника и проводил мессы в Росслине. Но повешен был только священник, приговор владельцу Росслина отменил король Яков Шестой, памятуя о долгой службе этого семейства династии. Вильям Синклер был вынужден бежать в Ирландию. Как писал священник Хэй. "причиной его бегства были главным образом пресвитериане, которые очень досаждали ему из-за его католической веры". Однако девять лет спустя росслинские грамоты были публично зачитаны на Рыночной площади Эдинбурга от имени короля.
Эта церемония повторилась в 1648 году, когда Карл Первый уже проиграл гражданскую войну. Два года спустя, после катастрофы в битве при Данбаре, значение Росслинской часовни было открыто по странному милосердию мстительных английских пуритан. Как всегда, верный Стюартам другой Вильям Синклер погиб, отражая нападение англичан с юга. Его тело привезли в часовню и погребли в доспехах в подвале в день поражения при Данбаре, где сражался его сын и наследник Джон. Священник Хэй видел его труп, когда подвалы в XVII веке открывали в последний раз перед тем, как засыпать песком и гравием, а потом заложить тесаным камнем, в каковом виде мы и нашли их, когда пытались найти тайную усыпальницу и спрятанные там религиозные сокровища.