Вместе с тем в последнее время появились сведения о переводе некоторых отдельных подразделений и даже соединений ВС Азербайджана на так называемые «западные натовские стандарты». В частности, официально объявлено, что с 1 января 2007 года Бакинский корпус, в котором служит примерно 20 % личного состава ВС Азербайджана, переходит на стандарты НАТО, и в нем будут действовать организационно-штатная структура, правила и инструкции, принятые в войсках Североатлантического альянса.
По сравнению с армянскими армиями в составе Вооруженных сил Азербайджана находится довольно большое количество боевых самолетов и вертолетов. Однако значительную часть боевой авиации Азербайджана составляют истребители МиГ-25 различных модификаций (примерно 30 единиц), которые предназначены в основном для воздушных боев или глубокой разведки и не вполне приспособлены к прямым действиям против сухопутных войск. В условиях незначительной численности армянской авиации применение в возможных воздушных боях азербайджанских МиГ-25 может быть весьма ограниченно. Этот недостаток несколько компенсирован поставками в начале 2007 года партии многоцелевых истребителей МиГ-29 из Украины.
Однако надо отметить, что в ВВС Азербайджана есть некоторое количество штурмовиков Су-25, предназначенных для непосредственной огневой поддержки сухопутных сил, и даже фронтовые бомбардировщики Су-24.
Но эффективность применения боевой авиации Азербайджаном в случае возникновения войны в Карабахе значительно снизится ввиду наличия сильной системы ПВО как в Армении, так и в Нагорном Карабахе. Причем армянские силы имеют глубокоэшелонированную систему ПВО, в составе которой есть ракетные комплексы как дальнего и среднего радиуса действий (С-125, С-75, «Куб»), так и ракетные и зенитно-артиллерийские комплексы ближнего радиуса, а также ПЗРК («Оса», ЗСУ-23-4, «Игла», «Стрела»).
Правда, определенную опасность для армянской ПВО, кроме противолокационных ракет, могут представлять внезапные удары Азербайджана (особенно по стационарным объектам ПВО в НКР) РСЗО 9А52 «Смерч» (в 2004–2005 гг. Украиной были поставлены 12 таких 300-мм РСЗО) и дальнобойных артиллерийских систем М-46 и 2А36 «Гиацинт».
Что касается военно-морских сил, то первые суда будущий ВМС Азербайджана получили летом 1992 года, когда состоялся раздел судов Каспийской флотилии, базировавшихся в Баку, между Россией и Азербайджаном. Кроме боевых кораблей и судов практически всех имевшихся у флотилии классов и вспомогательных судов, Азербайджан получил в свое распоряжение обустроенную Бакинскую военно-морскую базу с большими запасами боеприпасов и материальных средств, военный судоремонтный завод № 23 и другие элементы флотской инфраструктуры.
Первым кораблем, поднявшим государственный флаг Азербайджана, стал сторожевой корабль «Бакинец». Произошло это 26 июля 1992 года. С этой даты началось возрождение национальных ВМС Азербайджана (существовали в 1918–1920 гг.). Командующим стал капитан 1-го ранга Рафик Аскеров, а в 1999-м ВМС Азербайджана возглавил выпускник штурманского факультета Каспийского высшего военно-морского краснознаменного училища имени С.М. Кирова, вице-адмирал Шахин Султанов.
В первые годы независимости флот не развивался, а военные моряки направлялись на сухопутный фронт.
Бакинские умельцы, обнаружив на доставшихся им складах Каспийской флотилии несколько старых 130-мм корабельных артиллерийских установок Б-13, поставили их на железнодорожные платформы и отправили для обстрела армянских позиций с участка железной дороги Евлах — Степанакерт. Корабли ВМС Азербайджана участвовали в боевых действиях против сепаратистов на юге страны.
С 1994 года началась модернизация флота. Примечательно, что в 1997 году Милли меджлис (парламент) Азербайджана утвердил систему военно-морских флагов и вымпелов, в дизайн-концепции которых прослеживается явное влияние советской системы. С эстетической точки зрения бело-голубой с якорем и красным полумесяцем кормовой флаг ВМС Азербайджана можно отнести к числу самых красивых в мире. Для кораблей и судов морских частей пограничных войск сегодня принят флаг также традиционного советского дизайна (зеленое поле с военно-морским флагом в крыже).
С назначением на должность командующего ВМС энергичного Ш. Султанова начался качественно новый этап в их истории. Султанов оказался толковым организатором: при нем была восстановлена боеспособность доставшихся Азербайджану кораблей и, кроме того, превращены в боевые единицы некоторые суда вспомогательного назначения.