На сегодняшний день личный состав ВМС Азербайджана насчитывает порядка 2500–3000 человек. Подготовка офицерских кадров флота и морчастей погранвойск осуществляется в Военно-морской академии Азербайджана (бывшее КВВМКУ имени С.М. Кирова) и военно-учебных заведениях Турции, а мичманов и чавушей (старшин) контрактной службы — в учебном центре ВМС.
Флагман ВМС Азербайджана — построенный в 1967 году 1040-тонный сторожевой корабль «Бакинец» (СКР-16) проекта 159А, переименованный в G121 «Кусар» (по названию азербайджанского города Кусар, в советское время — Кусары). В ходе длительного ремонта с корабля были сняты два 400-мм пятитрубных противолодочных торпедных аппарата ПТА-40-159 (некоторое время спустя в корме были установлены две торпедные трубы), сохранена пара реактивных бомбометных установок РБУ-6000, а артиллерийское вооружение усилено — в дополнение к двум штатным двухорудийным 76-мм артиллерийским установкам АК-726 азербайджанцы установили пару двуствольных 30-мм зенитных автоматов АК-230.
С ракетного катера Р-173 проекта 205У «Цунами» азербайджанцы сняли контейнерные пусковые установки противокорабельных ракет П-15У, переименовали его в Տ-008 и передали в береговую охрану морских частей пограничных войск. Туда же была передана пара артиллерийских катеров проекта 205П «Тарантул» (бывшие АК-234 и АК-374). С катеров проекта 205П сняты 400-мм противолодочные торпедные аппараты.
Чтобы пополнить состав боевых корабельных сил, азербайджанцы переоборудовали в сторожевые катера бывший корабль радиационно-химической разведки проекта 1388Р (бывший КРХ-1), установив на нем две 14,5-мм спаренные зенитно-пулеметные установки 2М7 (он получил бортовой номер Р212), и бывший спасательный катер проекта 368У (бортовой номер Р219). Последний вооружили более серьезно: спаренным 25-мм зенитным автоматом 2МЗМ и 14,5-мм зенитнопулеметной установкой 2М7, а также двумя реактивными бомбометными установками РБУ-1200. Получился своеобразный малый охотник уровня 50-х годов.
Зенитно-пулеметные «спарки» 2М7 получили и три бывших учебно-тренировочных катера Каспийской флотилии польского проекта УК-3 — теперь они также относятся к классу сторожевых и носят бортовые номера Р213, Р214 и Р215. Имеются и два сторожевых катера Р217 и Р218 проекта 722 польской постройки (бывшие советские посыльные катера, после приема в состав ВМС Азербайджана также вооруженные установками 2М7).
Есть в азербайджанском флоте и патрульный катер Р222 хорошо известного во многих странах мира советского проекта 1400М «Гриф» с 12,7-мм спаренной пулеметной установкой «Утес-М».
Единственным зарубежным приобретением азербайджанских ВМС стал старый, 1949 года постройки противолодочный катер Р223 «Араз» — бывший турецкий АВ-34 типа «Тюрк».
Минно-тральные силы ВМС Азербайджана представлены более или менее отвечающими современным требованиям кораблями: тремя базовыми тральщиками проекта 12650 «Яхонт» (М325, М326 и М327) и двумя рейдовыми проекта 1258 «Корунд» (М237 и М328).
В группу амфибийных сил флота входят малые десантные корабли — четыре польской постройки (проекта 771А — D433, проектов 770МА и 770Т — D431, D432 и D434) и два проекта 106К (D435 и D436). Есть также десантный катер D437 проекта 1785.
Вспомогательный флот ВМС Азербайджана представлен более чем двумя десятками разных судов, из которых можно отметить судно обеспечения глубоководных водолазных работ А671 (бывшее «Свияга») проекта 10470, рейдовый танкер Т752 проекта 1844, два малых гидрографических судна проектов 871 (бортовой номер Н561) и 872 (оба польской постройки), два противопожарных судна (бывшие ПЖС-551 и ПЖС-552) проекта 1893, два противопожарных катера А643 и А644 проекта 364, малое кабельное судно Т750 (бывшее «Эмба») финского проекта 1172, водолазные катера проекта 1896 (А641) и проекта 1415 (А648), санитарно-госпитальный катер А649 польского проекта СК-620, рейдовые буксиры проекта 737 (Т757) и проекта 9.8057 (постройки ГДР — Т758) и т. д. Имеется также 106-метровый несамоходный ремонтный плавучий док.
Практически все корабли и суда базируются в Баку (исторический военно-морской район Баилов). В состав ВМС также входят батальон морской пехоты и морской диверсионно-разведывательный центр спецназначения — войсковая часть 641 (отряд боевых пловцов)[91], дислоцирующаяся на берегу моря, в районе Зых на окраине Баку (недалеко от Военно-морской академии). Она создана на материальной основе бывшего морского разведывательного пункта Каспийской флотилии ВМФ СССР.